def _maybe_add_ericscript_files(algorithm, sample, out): config = EricScriptConfig(sample) if os.path.exists(config.sample_out_dir): out.append({ 'path': config.sample_out_dir, 'type': 'directory', 'ext': 'ericscript', }) return out
def es_config(self, utils): sample = { 'rgnames': { 'lane': 'TEST_LANE' }, 'dirs': { 'work': 'TEST_WORK_DIR' }, 'config': { 'resources': { 'ericscript': { 'env': '/path/to/envs/ericscript', 'db': '/path/to/ericscript_db', }, } } } yield EricScriptConfig(sample)