Python EricScriptConfigの例

コード例 #1

ファイル: __init__.py プロジェクト: Humaasif/bcbio-nextgen

def _maybe_add_ericscript_files(algorithm, sample, out):
    config = EricScriptConfig(sample)
    if os.path.exists(config.sample_out_dir):
        out.append({
            'path': config.sample_out_dir,
            'type': 'directory',
            'ext': 'ericscript',
        })
    return out

コード例 #2

ファイル: test_ericscript.py プロジェクト: biocyberman/bcbio-nextgen

 def es_config(self, utils):
     sample = {
         'rgnames': {
             'lane': 'TEST_LANE'
         },
         'dirs': {
             'work': 'TEST_WORK_DIR'
         },
         'config': {
             'resources': {
                 'ericscript': {
                     'env': '/path/to/envs/ericscript',
                     'db': '/path/to/ericscript_db',
                 },
             }
         }
     }
     yield EricScriptConfig(sample)