def test_wish_init_wrong_type(self):
with self.assertRaises(TypeError):
wish.Wish("data/test_df_merge1.csv", "data/test_df_merge1.csv")
wish.Wish(self.test_dir / Path("data/fasta_test_data"),
"data/test_df_merge1.csv")
wish.Wish("data/test_df_merge1.csv",
self.test_dir / Path("data/fasta_test_data"))
def test_wish_init_not_dir(self):
with self.assertRaises(ValueError):
wish.Wish(self.test_dir / Path("data/test_df_merge1.csv"),
self.test_dir / Path("data/test_df_merge1.csv"))
wish.Wish(self.test_dir / Path("data/fasta_test_data"),
self.test_dir / Path("data/test_df_merge1.csv"))
wish.Wish(self.test_dir / Path("data/test_df_merge1.csv"),
self.test_dir / Path("data/fasta_test_data"))
def test_wish_init_wrong_path(self):
with self.assertRaises(FileNotFoundError):
wish.Wish(self.test_dir / Path("not_existing"),
self.test_dir / Path("data/fasta_test_data"))
wish.Wish(self.test_dir / Path("data/fasta_test_data"),
self.test_dir / Path("not_existing"))
wish.Wish(self.test_dir / Path("not_existing"),
self.test_dir / Path("not_existing"))
def test_builds(self):
ws = wish.Wish(self.test_dir / Path("data/fasta_test_data"),
self.test_dir / Path("data/blast_query_data"))
ws.build(Path("utest_model_dir"))
self.assertTrue((Path("utest_model_dir").exists()))
self.assertTrue(
(Path("utest_model_dir/test_genome_spacers|1.mm")).exists())
shutil.rmtree(Path("utest_model_dir"))
def test_predicts(self):
ws = wish.Wish(self.test_dir / Path("data/fasta_test_data"),
self.test_dir / Path("data/blast_query_data"))
ws.build(Path("utest_model_dir"))
res = ws.predict(Path("utest_model_dir"), Path("utest_output_dir"))
self.assertTrue(
(Path("utest_output_dir") / Path("prediction.list")).exists())
self.assertTrue(
(Path("utest_output_dir") / Path("llikelihood.matrix")).exists())
shutil.rmtree(Path("utest_output_dir"))
shutil.rmtree(Path("utest_model_dir"))
def test_wish_init_ok(self):
try:
wish.Wish(self.test_dir / Path("data/fasta_test_data"),
self.test_dir / Path("data/blast_query_data"))
except:
self.fail("Init failed with valid args")