def test_wish_init_wrong_type(self): with self.assertRaises(TypeError): wish.Wish("data/test_df_merge1.csv", "data/test_df_merge1.csv") wish.Wish(self.test_dir / Path("data/fasta_test_data"), "data/test_df_merge1.csv") wish.Wish("data/test_df_merge1.csv", self.test_dir / Path("data/fasta_test_data"))
def test_wish_init_not_dir(self): with self.assertRaises(ValueError): wish.Wish(self.test_dir / Path("data/test_df_merge1.csv"), self.test_dir / Path("data/test_df_merge1.csv")) wish.Wish(self.test_dir / Path("data/fasta_test_data"), self.test_dir / Path("data/test_df_merge1.csv")) wish.Wish(self.test_dir / Path("data/test_df_merge1.csv"), self.test_dir / Path("data/fasta_test_data"))
def test_wish_init_wrong_path(self): with self.assertRaises(FileNotFoundError): wish.Wish(self.test_dir / Path("not_existing"), self.test_dir / Path("data/fasta_test_data")) wish.Wish(self.test_dir / Path("data/fasta_test_data"), self.test_dir / Path("not_existing")) wish.Wish(self.test_dir / Path("not_existing"), self.test_dir / Path("not_existing"))
def test_builds(self): ws = wish.Wish(self.test_dir / Path("data/fasta_test_data"), self.test_dir / Path("data/blast_query_data")) ws.build(Path("utest_model_dir")) self.assertTrue((Path("utest_model_dir").exists())) self.assertTrue( (Path("utest_model_dir/test_genome_spacers|1.mm")).exists()) shutil.rmtree(Path("utest_model_dir"))
def test_predicts(self): ws = wish.Wish(self.test_dir / Path("data/fasta_test_data"), self.test_dir / Path("data/blast_query_data")) ws.build(Path("utest_model_dir")) res = ws.predict(Path("utest_model_dir"), Path("utest_output_dir")) self.assertTrue( (Path("utest_output_dir") / Path("prediction.list")).exists()) self.assertTrue( (Path("utest_output_dir") / Path("llikelihood.matrix")).exists()) shutil.rmtree(Path("utest_output_dir")) shutil.rmtree(Path("utest_model_dir"))
def test_wish_init_ok(self): try: wish.Wish(self.test_dir / Path("data/fasta_test_data"), self.test_dir / Path("data/blast_query_data")) except: self.fail("Init failed with valid args")