from net.imagej.ops.convert import ConvertPixCopy
###############################################################
# Step 1: Rolling ball background subtraction (still uses IJ1)
###############################################################
# wrap as ImagePlus
imp=ImageJFunctions.wrap(inputData, "wrapped")
# create and call background subtractor
bgs=BackgroundSubtracter()
bgs.rollingBallBackground(imp.getProcessor(), 50.0, False, False, True, True, True)
# wrap the result of background subtraction as Img
iplus=ImagePlus("bgs", imp.getProcessor())
imgBgs=ImageJFunctions.wrapShort(iplus)
###############################################################
# Step 2: Laplacian of Gaussian Filtering
###############################################################
# convert to 32 bit
imgBgs32=ops.run("createimg", imgBgs, FloatType())
ops.convert(imgBgs32, imgBgs, ConvertPixCopy() )
# create the Laplacian of Gaussian filter
kernel = DetectionUtils.createLoGKernel( 3.0, 2, array([1.0, 1.0], 'd' ) )
# create the output Img for convolution
log=ImgPlus( ops.run("createimg", inputData.getImgPlus(), FloatType() ) )
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# Step 1: Rolling ball background subtraction (still uses IJ1)
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# wrap as ImagePlus
imp = ImageJFunctions.wrap(inputData, "wrapped")
# create and call background subtractor
bgs = BackgroundSubtracter()
bgs.rollingBallBackground(imp.getProcessor(), 50.0, False, False, True, True,
True)
# wrap the result of background subtraction as Img
iplus = ImagePlus("bgs", imp.getProcessor())
imgBgs = ImageJFunctions.wrapShort(iplus)
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# Step 2: Laplacian of Gaussian Filtering
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# convert to 32 bit
imgBgs32 = ops.run("createimg", imgBgs, FloatType())
ops.convert(imgBgs32, imgBgs, ConvertPixCopy())
# create the Laplacian of Gaussian filter
kernel = DetectionUtils.createLoGKernel(3.0, 2, array([1.0, 1.0], 'd'))
# create the output Img for convolution
log = ImgPlus(ops.run("createimg", inputData.getImgPlus(), FloatType()))
