def lancePipeSamtoolsJing(ficSam,ref):
# transfo du .sam en .bam
ficBam = ficSam.replace("sam","bam")
cmd1 = "%s view -bT %s %s > %s" % (csys.SAMTOOLS,ref,ficSam,ficBam)
# transfo du .bam en -rel.bam
ficBamRel = ficBam.replace(".bam","-rel.bam")
cmd2 = "%s view -b -q 1 %s > %s" % (csys.SAMTOOLS,ficBam,ficBamRel)
# trie du fichier bam
out3 = ficBamRel.replace("bam","sorted")
cmd3 = "%s sort %s %s" % (csys.SAMTOOLS,ficBamRel,out3)
# indexation du fichier bam trie
out4 = "%s.bam" % (out3)
cmd4 = "%s index %s" % (csys.SAMTOOLS,out4)
# stats sur les alignements
out5 = "%s.readstat" % (out4)
cmd5 = "%s flagstat %s > %s" % (csys.SAMTOOLS,out4, out5)
# stats sur le recouvrement par chrom
out6 = "%s.chromstat" % (out4)
cmd6 = "%s idxstats %s > %s" % (csys.SAMTOOLS,out4, out6)
# pileup
# attention, si on compare a GATC, genre pos 8938 on a une diff (GATC : a M, nous : a A)
# est sans doute base
out7 = "%s.pileupI" % out4
cmd7 = "%s pileup -c -f %s %s > %s" % (csys.SAMTOOLS,ref,out4,out7)
out7B = "%s.pileup" % out4
# varfilter
out8 = "%s.varfilter" % out7B
cmd8 = "%s varFilter -q 25 -d 20 -D 200000 -W 30 -N 10 %s &> %s" % (csys.SAMTOOLSPl,out7B,out8)
# varfilter -p
out9 = "%s-p.varfilter" % out7B
cmd9 = "%s varFilter -p -q 25 -d 20 -D 200000 -W 30 -N 10 %s &> %s" % (csys.SAMTOOLSPl,out7B,out9)
#decomposeVarfiler(out8)
os.system(cmd1)
os.system(cmd2)
os.system(cmd3)
os.system(cmd4)
os.system(cmd5)
os.system(cmd6)
os.system(cmd7)
traitementSamtools.cleanPileup(out7,out7B)
os.system(cmd8)
os.system(cmd9)
os.remove(ficBam)
os.remove(ficBamRel)
return out8
def lanceDemiPipeSamtools(ficBam, ref):
# pileup
# attention, si on compare a GATC, genre pos 8938 on a une diff (GATC : a M, nous : a A)
# est sans doute base
out7 = "%s.pileupI" % ficBam
cmd7 = "%s pileup -c -f %s %s > %s" % (csys.SAMTOOLS, ref, ficBam, out7)
out7B = "%s.pileup" % ficBam
# varfilter
out8 = "%s.varfilter" % out7B
cmd8 = "%s varFilter -q 25 -d 20 -D 200000 -W 30 -N 10 %s &> %s" % (csys.SAMTOOLSPl, out7B, out8)
# varfilter -p
out9 = "%s-p.varfilter" % out7B
cmd9 = "%s varFilter -p -q 25 -d 20 -D 200000 -W 30 -N 10 %s &> %s" % (csys.SAMTOOLSPl, out7B, out9)
#decomposeVarfiler(out8)
os.system(cmd7)
traitementSamtools.cleanPileup(out7, out7B)
os.system(cmd8)
os.system(cmd9)
return out8
def lanceSamtoolsSurDenovo(ficSam, ref):
# transfo du .sam en .bam
ficBam = ficSam.replace("sam", "bam")
cmd1 = "%s view -bT %s %s > %s" % (csys.SAMTOOLS, ref, ficSam, ficBam)
# trie du fichier bam
out3 = ficBam.replace("bam", "sorted")
cmd3 = "%s sort %s %s" % (csys.SAMTOOLS, ficBam, out3)
# indexation du fichier bam trie
out4 = "%s.bam" % (out3)
cmd4 = "%s index %s" % (csys.SAMTOOLS, out4)
# stats sur les alignements
out5 = "%s.readstat" % (out4)
cmd5 = "%s flagstat %s > %s" % (csys.SAMTOOLS, out4, out5)
# stats sur le recouvrement par chrom
out6 = "%s.chromstat" % (out4)
cmd6 = "%s idxstats %s > %s" % (csys.SAMTOOLS, out4, out6)
# pileup
out7 = "%s.pileupI" % out4
cmd7 = "%s pileup -c -f %s %s > %s" % (csys.SAMTOOLS, ref, out4, out7)
out7B = "%s.pileup" % out4
# varfilter
out8 = "%s.varfilter" % out7
cmd8 = "%s varFilter -q 25 -d 1 -D 200000 -N 10 %s &> %s" % (csys.SAMTOOLSPl, out7B, out8)
# varfilter -p
out9 = "%s-p.varfilter" % out7B
cmd9 = "%s varFilter -p -q 25 -d 1 -D 200000 -N 10 %s &> %s" % (csys.SAMTOOLSPl, out7B, out9)
os.system(cmd1)
os.system(cmd3)
os.system(cmd4)
os.system(cmd5)
os.system(cmd6)
os.system(cmd7)
traitementSamtools.cleanPileup(out7, out7B)
os.system(cmd8)
traitementSamtools.fromVarfilter2tsvLike(out8)
