def lancePipeSamtoolsJing(ficSam,ref):

	# transfo du .sam en .bam
	ficBam = ficSam.replace("sam","bam")
	cmd1 = "%s view -bT %s %s > %s" % (csys.SAMTOOLS,ref,ficSam,ficBam)
	# transfo du .bam en -rel.bam
	ficBamRel = ficBam.replace(".bam","-rel.bam")
	cmd2 = "%s view -b -q 1 %s > %s" % (csys.SAMTOOLS,ficBam,ficBamRel)   
	
	# trie du fichier bam
	out3 = ficBamRel.replace("bam","sorted")
	cmd3 = "%s sort %s %s" % (csys.SAMTOOLS,ficBamRel,out3)
	# indexation du fichier bam trie
	out4 = "%s.bam" % (out3)
	cmd4 = "%s index %s" % (csys.SAMTOOLS,out4)
	# stats sur les alignements
	out5 = "%s.readstat" % (out4)
	cmd5 = "%s flagstat %s > %s" % (csys.SAMTOOLS,out4, out5)
	# stats sur le recouvrement par chrom
	out6 = "%s.chromstat" % (out4)
	cmd6 = "%s idxstats %s > %s" % (csys.SAMTOOLS,out4, out6)
	# pileup
	# attention, si on compare a GATC, genre pos 8938 on a une diff (GATC : a M, nous : a A)
        # est sans doute base 
	out7 = "%s.pileupI" % out4
	cmd7 = "%s pileup -c -f %s %s > %s" % (csys.SAMTOOLS,ref,out4,out7)

	out7B = "%s.pileup" % out4


	# varfilter
	out8 = "%s.varfilter" % out7B
	cmd8 = "%s varFilter -q 25 -d 20 -D 200000 -W 30 -N 10 %s &> %s" % (csys.SAMTOOLSPl,out7B,out8)
	
	# varfilter -p
	out9 = "%s-p.varfilter" % out7B
	cmd9 = "%s varFilter -p -q 25 -d 20 -D 200000 -W 30 -N 10 %s &> %s" % (csys.SAMTOOLSPl,out7B,out9)
    
#decomposeVarfiler(out8)
	
	os.system(cmd1)
	os.system(cmd2)
	os.system(cmd3)
	os.system(cmd4)
	os.system(cmd5)
	os.system(cmd6)
	os.system(cmd7)
	traitementSamtools.cleanPileup(out7,out7B)
	os.system(cmd8)
	os.system(cmd9)

	os.remove(ficBam)
	os.remove(ficBamRel)

	return out8
示例#2
0
def lanceDemiPipeSamtools(ficBam, ref):
    # pileup
    # attention, si on compare a GATC, genre pos 8938 on a une diff (GATC : a M, nous : a A)
    # est sans doute base
    out7 = "%s.pileupI" % ficBam
    cmd7 = "%s pileup -c -f %s %s > %s" % (csys.SAMTOOLS, ref, ficBam, out7)
    out7B = "%s.pileup" % ficBam

    # varfilter
    out8 = "%s.varfilter" % out7B
    cmd8 = "%s varFilter -q 25 -d 20 -D 200000 -W 30 -N 10 %s &> %s" % (csys.SAMTOOLSPl, out7B, out8)

    # varfilter -p
    out9 = "%s-p.varfilter" % out7B
    cmd9 = "%s varFilter -p -q 25 -d 20 -D 200000 -W 30 -N 10 %s &> %s" % (csys.SAMTOOLSPl, out7B, out9)

    #decomposeVarfiler(out8)

    os.system(cmd7)
    traitementSamtools.cleanPileup(out7, out7B)
    os.system(cmd8)
    os.system(cmd9)

    return out8
示例#3
0
def lanceSamtoolsSurDenovo(ficSam, ref):
    # transfo du .sam en .bam
    ficBam = ficSam.replace("sam", "bam")
    cmd1 = "%s view -bT %s %s > %s" % (csys.SAMTOOLS, ref, ficSam, ficBam)
    # trie du fichier bam
    out3 = ficBam.replace("bam", "sorted")
    cmd3 = "%s sort %s %s" % (csys.SAMTOOLS, ficBam, out3)
    # indexation du fichier bam trie
    out4 = "%s.bam" % (out3)
    cmd4 = "%s index %s" % (csys.SAMTOOLS, out4)
    # stats sur les alignements
    out5 = "%s.readstat" % (out4)
    cmd5 = "%s flagstat %s > %s" % (csys.SAMTOOLS, out4, out5)
    # stats sur le recouvrement par chrom
    out6 = "%s.chromstat" % (out4)
    cmd6 = "%s idxstats %s > %s" % (csys.SAMTOOLS, out4, out6)
    # pileup
    out7 = "%s.pileupI" % out4
    cmd7 = "%s pileup -c -f %s %s > %s" % (csys.SAMTOOLS, ref, out4, out7)
    out7B = "%s.pileup" % out4
    # varfilter
    out8 = "%s.varfilter" % out7
    cmd8 = "%s varFilter -q 25 -d 1 -D 200000 -N 10 %s &> %s" % (csys.SAMTOOLSPl, out7B, out8)
    # varfilter -p
    out9 = "%s-p.varfilter" % out7B
    cmd9 = "%s varFilter -p -q 25 -d 1 -D 200000 -N 10 %s &> %s" % (csys.SAMTOOLSPl, out7B, out9)

    os.system(cmd1)
    os.system(cmd3)
    os.system(cmd4)
    os.system(cmd5)
    os.system(cmd6)
    os.system(cmd7)
    traitementSamtools.cleanPileup(out7, out7B)
    os.system(cmd8)
    traitementSamtools.fromVarfilter2tsvLike(out8)