def scan_status(identifier): """ Funkcja komunikuje się ze skanerem PET i sprawdza status wykonywanej procedury. Gdy skan zostaje ukończony, funkcja aktualizuje status badania w systemie. :param pat_name: Identyfikator. """ examination = Catalog.get(identifier) #Zmiana statusu w bazie danych examination.status=Status.finished_scanning Catalog.commit() UI.communique("The Scan was executed") return
def start_reconstruction(identifier): """ Metoda ustawiająca dane konkretnego id do systemu kolejkowego w celu rekonstrukcji danych :param pat_name: Identyfikator. """ examination = Catalog.get(identifier) #Zmiana statusu w bazie danych examination.status=Status.reco_queued Catalog.commit() UI.communique("Reconstruction queued") return
def register(identifier): """ Metoda odpowiedzialna za komunikacje z klastrem obliczeniowym. Zarejestrowanie rekonstrukcji obrazu medycznego :param pat_name: Identyfikator. """ #Generowanie identyfikatora zadania na klastrze i zapis do bazy danych examination = Catalog.get(identifier) #Zmiana statusu w bazie danych examination.status=Status.reco_registered Catalog.commit() UI.communique("Reconstruction registered") return
def find_study(pat_name, pat_surname): """ Funkcja wykonuje zapytanie C-FIND do Radiology Information System (RIS) które wyszukuje worklisty o zadanych parametrach. :param pat_name: Imię pacjenta. :param pat_surname: Nazwisko pacjenta :return: Lista obiektów DICOM opisujących pasujące Studies zwrócona przez RIS. """ list_of_files=[] dicom_file= pydicom.dcmread("worklist_rsp.dcm", force=True) list_of_files.append(dicom_file) UI.communique(list_of_files) return list_of_files
def scan(identifier): """ Funkcja komunikuje się ze skanerem PET wykorzystując dedykowany niskopoziomowy protokół. Wysyła polecenie rozpoczęcia badania wraz z plikiem DICOM opisującym przeprowadzaną procedurę. :param pat_name: Identyfikator. """ examination = Catalog.get(identifier) #Zmiana statusu w bazie danych examination.status=Status.scanning Catalog.commit() UI.communique("Scanning patient") return
def get_output_data(identifier, file_path_cluster): """ Metoda odpowiedzialna za wysłanie wyjsciowych plików z klastra obliczeniowego do kontrolera modalnosci :param pat_name: Identyfikator. """ final_image_controller = "C:\\Users\\Anna\\Desktop\\pynetdicom_git_clone\\pynetdicom3\\pynetdicom3\\apps\\findscu\\controller\\" shutil.copy(file_path_cluster,final_image_controller) examination = Catalog.get(identifier) #Zmiana statusu w bazie danych examination.status=Status.send_final_data Catalog.commit() UI.communique("The results have been sent") return
def build_final_image(identifier, path2): """ Metoda build_final_image odpowiedzialna jest za budowanie końcowego obrazu oraz deanonimizacje :param pat_name: Identyfikator. """ cluster_path='C:\\Users\\Anna\\Desktop\\pynetdicom_git_clone\\pynetdicom3\\pynetdicom3\\apps\\findscu\\cluster\\' final_file_cluster_path = os.path.join( cluster_path, str(identifier)+"_final") os.rename(path2,final_file_cluster_path) examination = Catalog.get(identifier) #Zmiana statusu w bazie danych examination.status=Status.build_final_image Catalog.commit() UI.communique("Final image construction in progress") return final_file_cluster_path
def mpps_discontinued(identifier): """ Funkcja N-CREATE zmieniająca status na discontinued- oznacza, ze badanie zostalo anulowane. :param pat_name: Identyfikator. """ pydicom.dcmread("mpps_discontinued.dcm", force=True) examination= Catalog.get(identifier) #Zapis pliku mpps_discontinued.dcm do bazy danych examination.path="C:\\Users\\Anna\\Desktop\\pynetdicom_git_clone\\pynetdicom3\\pynetdicom3\\apps\\findscu\\mpps_discontinued.dcm" #Zmiana statusu w bazie danych examination.status=Status.failed UI.communique("The test failed") Catalog.commit() return
def send_input_data(identifier, path): """ Metoda odpowiedzialna za wysyłanie wejsciowych danych z kontrolera modalnosci do klastra :param pat_name: Identyfikator. """ cluster_path = "C:\\Users\\Anna\\Desktop\\pynetdicom_git_clone\\pynetdicom3\\pynetdicom3\\apps\\findscu\\cluster" file_cluster_path=shutil.copy(path,cluster_path) examination = Catalog.get(identifier) #Zmiana statusu w bazie danych examination.status=Status.reco_data_ready Catalog.commit() UI.communique("Downloading input data for reconstruction") return file_cluster_path
def save_final_data(identifier,file_path_cluster): """ Metoda savefinal_data obsługuje funkcję C-STORE pozwalającą na wysłanie obrazów z kontrolera modalnosci do serwera np. PACS. :param pat_name: Identyfikator. """ final_image_controller = "C:\\Users\\Anna\\Desktop\\pynetdicom_git_clone\\pynetdicom3\\pynetdicom3\\apps\\findscu\\controller\\" final_file=shutil.copy(file_path_cluster,final_image_controller) examination= Catalog.get(identifier) #Zapis pliku do bazy danych examination.final_image=final_file #Zmiana statusu w bazie danych examination.status=Status.procedure_completed Catalog.commit() UI.communique("Final data are saved") return
def send_scan_results(identifier): """ Wysłanie danych ze skanera PET do kontrolera modalnosci. Gdy dane zostaną wysłane funkcja zmienia status badania w systemie. :param pat_name: Identyfikator. """ scanner_pet_path = "C:\\Users\\Anna\\Desktop\\pynetdicom_git_clone\\pynetdicom3\\pynetdicom3\\apps\\findscu\\scanner\\" controller_path = "C:\\Users\\Anna\\Desktop\\pynetdicom_git_clone\\pynetdicom3\\pynetdicom3\\apps\\findscu\\controller\\" file_scanner_path = os.path.join( scanner_pet_path, str(identifier)) file_controller_path=shutil.copy(file_scanner_path,controller_path) examination = Catalog.get(identifier) #Zapis pliku do bazy danych examination.raw_data_file=file_controller_path #Zmiana statusu w bazie danych examination.status=Status.send_raw_data Catalog.commit() UI.communique("The results were sent to the controller") return file_controller_path
def run(): """ Rdzen mechanizmu """ #Zapytanie przez UI personel medyczny w formie imienia i nazwiska pacjenta name, surname=UI.query() #Na UI zwracana jest lista badan pacjentow o podanym imieniu i nazwisku list_of_examinations=Controller.find_study(name,surname) #Personel medyczny wybiera, dla ktorego pacjenta przygotowywany bedzie protokol number=UI.do_study(list_of_examinations) #Pętla po elementach w scheduled procedure step sequence i=0 for step in list_of_examinations[number].ScheduledProcedureStepSequence: if step.ScheduledStationAETitle=='FILMDIGITIZE': break i=+1 if i>len(list_of_examinations[number].ScheduledProcedureStepSequence): UI.communique("AE title not found") return # Tworzenie obiektu badanie, ktory bedzie dodany do bazy danych: examination_id= Catalog.newstudy(patient_name=str(list_of_examinations[number].PatientName), patient_id=list_of_examinations[number].PatientID, patients_sex=list_of_examinations[number].PatientSex, start_date=datetime.datetime.strptime(list_of_examinations[number].ScheduledProcedureStepSequence[i].ScheduledProcedureStepStartDate,'%Y%m%d'), end_date=datetime.datetime.strptime(list_of_examinations[number].ScheduledProcedureStepSequence[i].ScheduledProcedureStepEndDate,'%Y%m%d'), aetitle=list_of_examinations[number].ScheduledProcedureStepSequence[i].ScheduledStationAETitle, accession_number=list_of_examinations[number].AccessionNumber, requested_procedure_id=list_of_examinations[number].RequestedProcedureID, final_image=None, raw_data_file=None, path_mpps=None) #Pętla przetwarza badanie, aż nie zakończy się poprawnie lub zgłosi błąd. Dla każdego stanu wykorzystywana jest odpowiednia funkcja, która taki stan obsługuje. loop=True while(loop): examination=Catalog.get(examination_id) if examination.status==Status.new: #Przesłanie n-create oraz zmiana statusu na inprogress Controller.mpps_inprogress(examination_id) elif examination.status==Status.dicom_inprogress: #Wykonywany jest skan pacjenta Scanner.scan(examination_id) elif examination.status==Status.scanning: #Sprawdzany jest status skanowania Scanner.scan_status(examination_id) elif examination.status==Status.finished_scanning: #Wysyłanie surowych danych ze skanera do kontrolera modalnosci path_controller=Scanner.send_scan_results(examination_id) elif examination.status==Status.send_raw_data: #Następuje anonimizacja danych Cluster.anonymisation(examination_id) elif examination.status==Status.finished_anonymisation: #Przez API rejestrowane są nowe zadania obliczeniowe. Klaster ma za zadanie zweryfikować nas, że podaje nam identyfikator zadania i czeka na wrzucenie danych Cluster.register(examination_id) elif examination.status==Status.reco_registered: #Przesylane sa dane wejsciowe z kontrolera modalnosci na klaster obliczeniowy path_file_cluster=Cluster.send_input_data(examination_id, path_controller) elif examination.status==Status.reco_data_ready: #Rekonstrukcja obrazu oczekuje w systemie kolejkowym na klastrze obliczeniowym na przydzielenie zasobow obliczeniowych Cluster.start_reconstruction(examination_id) elif examination.status==Status.reco_queued or examination.status == Status.reco_running: # Po ukonczeniu rekonstrukcji nastepuje aktualizacja statusu w bazie danych Cluster.status(examination_id) elif examination.status==Status.reco_finished: #Wysłanie danych z klastra do kontrolera modalnosci Cluster.get_output_data(examination_id, path_file_cluster) elif examination.status==Status.send_final_data: # Budowanie koncowego obrazu na klastrze obliczeniowym final_file_cluster=Controller.build_final_image(examination_id,path_file_cluster ) elif examination.status==Status.build_final_image: #Wysłanie danych z klastra do kontrolera modalnosci Controller.save_final_data(examination_id,final_file_cluster) elif examination.status==Status.procedure_completed: #Wysłanie n-create ze statusem completed, co w rzeczywistosci oznacza ukonczenie badania Controller.mpps_completed(examination_id) elif examination.status==Status.dicom_completed: #Zakończenie pętli loop=False elif examination.status==Status.failed: # Wysłanie n-create ze statusem discontinued, co oznacza, że badanie zostało anulowane Controller.mpps_discontinued(examination_id) #Zakończenie pętli loop=False time.sleep(3) return