def scan_status(identifier):
"""
Funkcja komunikuje się ze skanerem PET i sprawdza status wykonywanej procedury. Gdy skan zostaje ukończony, funkcja aktualizuje status badania w systemie.
:param pat_name: Identyfikator.
"""
examination = Catalog.get(identifier)
#Zmiana statusu w bazie danych
examination.status=Status.finished_scanning
Catalog.commit()
UI.communique("The Scan was executed")
return
def start_reconstruction(identifier):
"""
Metoda ustawiająca dane konkretnego id do systemu kolejkowego w celu rekonstrukcji danych
:param pat_name: Identyfikator.
"""
examination = Catalog.get(identifier)
#Zmiana statusu w bazie danych
examination.status=Status.reco_queued
Catalog.commit()
UI.communique("Reconstruction queued")
return
def register(identifier):
"""
Metoda odpowiedzialna za komunikacje z klastrem obliczeniowym. Zarejestrowanie rekonstrukcji obrazu medycznego
:param pat_name: Identyfikator.
"""
#Generowanie identyfikatora zadania na klastrze i zapis do bazy danych
examination = Catalog.get(identifier)
#Zmiana statusu w bazie danych
examination.status=Status.reco_registered
Catalog.commit()
UI.communique("Reconstruction registered")
return
def find_study(pat_name, pat_surname):
"""
Funkcja wykonuje zapytanie C-FIND do Radiology Information System (RIS) które wyszukuje worklisty o zadanych parametrach.
:param pat_name: Imię pacjenta.
:param pat_surname: Nazwisko pacjenta
:return: Lista obiektów DICOM opisujących pasujące Studies zwrócona przez RIS.
"""
list_of_files=[]
dicom_file= pydicom.dcmread("worklist_rsp.dcm", force=True)
list_of_files.append(dicom_file)
UI.communique(list_of_files)
return list_of_files
def scan(identifier):
"""
Funkcja komunikuje się ze skanerem PET wykorzystując dedykowany niskopoziomowy protokół. Wysyła polecenie rozpoczęcia badania wraz z plikiem DICOM opisującym przeprowadzaną procedurę.
:param pat_name: Identyfikator.
"""
examination = Catalog.get(identifier)
#Zmiana statusu w bazie danych
examination.status=Status.scanning
Catalog.commit()
UI.communique("Scanning patient")
return
def get_output_data(identifier, file_path_cluster):
"""
Metoda odpowiedzialna za wysłanie wyjsciowych plików z klastra obliczeniowego do kontrolera modalnosci
:param pat_name: Identyfikator.
"""
final_image_controller = "C:\\Users\\Anna\\Desktop\\pynetdicom_git_clone\\pynetdicom3\\pynetdicom3\\apps\\findscu\\controller\\"
shutil.copy(file_path_cluster,final_image_controller)
examination = Catalog.get(identifier)
#Zmiana statusu w bazie danych
examination.status=Status.send_final_data
Catalog.commit()
UI.communique("The results have been sent")
return
def build_final_image(identifier, path2):
"""
Metoda build_final_image odpowiedzialna jest za budowanie końcowego obrazu oraz deanonimizacje
:param pat_name: Identyfikator.
"""
cluster_path='C:\\Users\\Anna\\Desktop\\pynetdicom_git_clone\\pynetdicom3\\pynetdicom3\\apps\\findscu\\cluster\\'
final_file_cluster_path = os.path.join( cluster_path, str(identifier)+"_final")
os.rename(path2,final_file_cluster_path)
examination = Catalog.get(identifier)
#Zmiana statusu w bazie danych
examination.status=Status.build_final_image
Catalog.commit()
UI.communique("Final image construction in progress")
return final_file_cluster_path
def mpps_discontinued(identifier):
"""
Funkcja N-CREATE zmieniająca status na discontinued- oznacza, ze badanie zostalo anulowane.
:param pat_name: Identyfikator.
"""
pydicom.dcmread("mpps_discontinued.dcm", force=True)
examination= Catalog.get(identifier)
#Zapis pliku mpps_discontinued.dcm do bazy danych
examination.path="C:\\Users\\Anna\\Desktop\\pynetdicom_git_clone\\pynetdicom3\\pynetdicom3\\apps\\findscu\\mpps_discontinued.dcm"
#Zmiana statusu w bazie danych
examination.status=Status.failed
UI.communique("The test failed")
Catalog.commit()
return
def send_input_data(identifier, path):
"""
Metoda odpowiedzialna za wysyłanie wejsciowych danych z kontrolera modalnosci do klastra
:param pat_name: Identyfikator.
"""
cluster_path = "C:\\Users\\Anna\\Desktop\\pynetdicom_git_clone\\pynetdicom3\\pynetdicom3\\apps\\findscu\\cluster"
file_cluster_path=shutil.copy(path,cluster_path)
examination = Catalog.get(identifier)
#Zmiana statusu w bazie danych
examination.status=Status.reco_data_ready
Catalog.commit()
UI.communique("Downloading input data for reconstruction")
return file_cluster_path
def save_final_data(identifier,file_path_cluster):
"""
Metoda savefinal_data obsługuje funkcję C-STORE pozwalającą na wysłanie obrazów z kontrolera modalnosci do serwera np. PACS.
:param pat_name: Identyfikator.
"""
final_image_controller = "C:\\Users\\Anna\\Desktop\\pynetdicom_git_clone\\pynetdicom3\\pynetdicom3\\apps\\findscu\\controller\\"
final_file=shutil.copy(file_path_cluster,final_image_controller)
examination= Catalog.get(identifier)
#Zapis pliku do bazy danych
examination.final_image=final_file
#Zmiana statusu w bazie danych
examination.status=Status.procedure_completed
Catalog.commit()
UI.communique("Final data are saved")
return
def send_scan_results(identifier):
"""
Wysłanie danych ze skanera PET do kontrolera modalnosci. Gdy dane zostaną wysłane funkcja zmienia status badania w systemie.
:param pat_name: Identyfikator.
"""
scanner_pet_path = "C:\\Users\\Anna\\Desktop\\pynetdicom_git_clone\\pynetdicom3\\pynetdicom3\\apps\\findscu\\scanner\\"
controller_path = "C:\\Users\\Anna\\Desktop\\pynetdicom_git_clone\\pynetdicom3\\pynetdicom3\\apps\\findscu\\controller\\"
file_scanner_path = os.path.join( scanner_pet_path, str(identifier))
file_controller_path=shutil.copy(file_scanner_path,controller_path)
examination = Catalog.get(identifier)
#Zapis pliku do bazy danych
examination.raw_data_file=file_controller_path
#Zmiana statusu w bazie danych
examination.status=Status.send_raw_data
Catalog.commit()
UI.communique("The results were sent to the controller")
return file_controller_path
def run():
"""
Rdzen mechanizmu
"""
#Zapytanie przez UI personel medyczny w formie imienia i nazwiska pacjenta
name, surname=UI.query()
#Na UI zwracana jest lista badan pacjentow o podanym imieniu i nazwisku
list_of_examinations=Controller.find_study(name,surname)
#Personel medyczny wybiera, dla ktorego pacjenta przygotowywany bedzie protokol
number=UI.do_study(list_of_examinations)
#Pętla po elementach w scheduled procedure step sequence
i=0
for step in list_of_examinations[number].ScheduledProcedureStepSequence:
if step.ScheduledStationAETitle=='FILMDIGITIZE':
break
i=+1
if i>len(list_of_examinations[number].ScheduledProcedureStepSequence):
UI.communique("AE title not found")
return
# Tworzenie obiektu badanie, ktory bedzie dodany do bazy danych:
examination_id= Catalog.newstudy(patient_name=str(list_of_examinations[number].PatientName),
patient_id=list_of_examinations[number].PatientID,
patients_sex=list_of_examinations[number].PatientSex,
start_date=datetime.datetime.strptime(list_of_examinations[number].ScheduledProcedureStepSequence[i].ScheduledProcedureStepStartDate,'%Y%m%d'),
end_date=datetime.datetime.strptime(list_of_examinations[number].ScheduledProcedureStepSequence[i].ScheduledProcedureStepEndDate,'%Y%m%d'),
aetitle=list_of_examinations[number].ScheduledProcedureStepSequence[i].ScheduledStationAETitle,
accession_number=list_of_examinations[number].AccessionNumber,
requested_procedure_id=list_of_examinations[number].RequestedProcedureID,
final_image=None,
raw_data_file=None,
path_mpps=None)
#Pętla przetwarza badanie, aż nie zakończy się poprawnie lub zgłosi błąd. Dla każdego stanu wykorzystywana jest odpowiednia funkcja, która taki stan obsługuje.
loop=True
while(loop):
examination=Catalog.get(examination_id)
if examination.status==Status.new:
#Przesłanie n-create oraz zmiana statusu na inprogress
Controller.mpps_inprogress(examination_id)
elif examination.status==Status.dicom_inprogress:
#Wykonywany jest skan pacjenta
Scanner.scan(examination_id)
elif examination.status==Status.scanning:
#Sprawdzany jest status skanowania
Scanner.scan_status(examination_id)
elif examination.status==Status.finished_scanning:
#Wysyłanie surowych danych ze skanera do kontrolera modalnosci
path_controller=Scanner.send_scan_results(examination_id)
elif examination.status==Status.send_raw_data:
#Następuje anonimizacja danych
Cluster.anonymisation(examination_id)
elif examination.status==Status.finished_anonymisation:
#Przez API rejestrowane są nowe zadania obliczeniowe. Klaster ma za zadanie zweryfikować nas, że podaje nam identyfikator zadania i czeka na wrzucenie danych
Cluster.register(examination_id)
elif examination.status==Status.reco_registered:
#Przesylane sa dane wejsciowe z kontrolera modalnosci na klaster obliczeniowy
path_file_cluster=Cluster.send_input_data(examination_id, path_controller)
elif examination.status==Status.reco_data_ready:
#Rekonstrukcja obrazu oczekuje w systemie kolejkowym na klastrze obliczeniowym na przydzielenie zasobow obliczeniowych
Cluster.start_reconstruction(examination_id)
elif examination.status==Status.reco_queued or examination.status == Status.reco_running:
# Po ukonczeniu rekonstrukcji nastepuje aktualizacja statusu w bazie danych
Cluster.status(examination_id)
elif examination.status==Status.reco_finished:
#Wysłanie danych z klastra do kontrolera modalnosci
Cluster.get_output_data(examination_id, path_file_cluster)
elif examination.status==Status.send_final_data:
# Budowanie koncowego obrazu na klastrze obliczeniowym
final_file_cluster=Controller.build_final_image(examination_id,path_file_cluster )
elif examination.status==Status.build_final_image:
#Wysłanie danych z klastra do kontrolera modalnosci
Controller.save_final_data(examination_id,final_file_cluster)
elif examination.status==Status.procedure_completed:
#Wysłanie n-create ze statusem completed, co w rzeczywistosci oznacza ukonczenie badania
Controller.mpps_completed(examination_id)
elif examination.status==Status.dicom_completed:
#Zakończenie pętli
loop=False
elif examination.status==Status.failed:
# Wysłanie n-create ze statusem discontinued, co oznacza, że badanie zostało anulowane
Controller.mpps_discontinued(examination_id)
#Zakończenie pętli
loop=False
time.sleep(3)
return
