from collections import OrderedDict import MoNeT_MGDrivE as monet STATES_NUM = 36 EPI_STATES = ('S', 'T', 'D', 'A', 'U', 'P', 'ICA', 'IB', 'ID', 'clin_inc') epiLabels = monet.flatten_list( [[j+str(i) for i in range(STATES_NUM+1)] for j in EPI_STATES] ) locus = (0, ) ############################################################################### # Ecology genotype counts ############################################################################### HUM_DICT = OrderedDict(( ('S', (('S', locus), )), )) HUM_S = monet.geneFrequencies(HUM_DICT, epiLabels) ############################################################################### # Health genotype counts ############################################################################### HLT_DICT = OrderedDict(( ('H*', (('H', locus), )), ('O-', (('W', locus), ('R', locus), ('B', locus))) )) LDR_HLT = monet.carrierFrequencies(HLT_DICT, genotypes) ############################################################################### # Trash genotype counts ############################################################################### TRS_DICT = OrderedDict(( ('RB*', (('R', locus), ('B', locus) )),
'MWPB', 'WGWG', 'PGWG', 'MGWG', 'WGWR', 'PRWG', 'MRWG', 'WBWG', 'PBWG', 'MBWG', 'MGPG', 'PGWR', 'MRPG', 'PGWB', 'MBPG', 'MGWR', 'MGPR', 'MGWB', 'MGPB', 'WRWR', 'PRWR', 'MRWR', 'WBWR', 'PBWR', 'MBWR', 'MRPR', 'PRWB', 'MBPR', 'MRWB', 'MRPB', 'WBWB', 'PBWB', 'MBWB', 'MBPB') (locusA, locusB, locusF) = ((0, 2), (1, 3), (0, 1, 2, 3)) ############################################################################### # Ecology genotype counts ############################################################################### ECO_DICT = OrderedDict( (('WA', (('W', locusA), )), ('P', (('P', locusA), )), ('M', (('M', locusA), )), ('WB', (('W', locusB), )), ('G', (('G', locusB), )), ('B', (('B', locusB), )), ('R', (('R', locusB), )))) CRS_ECO = monet.geneFrequencies(ECO_DICT, genotypes) ############################################################################### # Health genotype counts ############################################################################### HLT_DICT = OrderedDict((('H*', (('G', locusB), )), ('O-', (('W', locusB), ('B', locusB), ('R', locusB))))) CRS_HLT = monet.carrierFrequencies(HLT_DICT, genotypes) ############################################################################### # Trash genotype counts ############################################################################### TRS_DICT = OrderedDict( (('C*', (('P', locusA), ('M', locusA))), ('O-', (('W', locusA), )))) CRS_TRS = monet.carrierFrequencies(TRS_DICT, genotypes)
"RBWB", "BBWB", "PBPB", "MBPB", "PBRB", "BBPB", "MBMB", "MBRB", "BBMB", "RBRB", "BBRB", "BBBB") (locA, locB) = ((0, 2), (1, 3)) ############################################################################### # Ecology genotype counts ############################################################################### ECO_DICT = OrderedDict(( ('W', (('W', locA), )), ('P', (('P', locA), )), ('M', (('M', locA), )), ('R', (('R', locB), )), ('B', (('B', locB), )), ('G', (('G', locB), )), )) TGD_ECO = monet.geneFrequencies(ECO_DICT, genotypes) ############################################################################### # Health genotype counts ############################################################################### HLT_DICT = OrderedDict( (('G*', (('G', locB), )), ('O-', (('W', locB), ('R', locB), ('B', locB))))) TGD_HLT = monet.carrierFrequencies(HLT_DICT, genotypes) ############################################################################### # Trash genotype counts ############################################################################### TRS_DICT = OrderedDict((('C*', (('P', locA), ('M', locA))), ('O-', (('W', locA), ('R', locA), ('B', locA))))) # TGD_TRS = monet.carrierFrequencies(TRS_DICT, genotypes) TGD_TRS = monet.geneFrequencies(TRS_DICT, genotypes)