from collections import OrderedDict
import MoNeT_MGDrivE as monet
STATES_NUM = 36
EPI_STATES = ('S', 'T', 'D', 'A', 'U', 'P', 'ICA', 'IB', 'ID', 'clin_inc')
epiLabels = monet.flatten_list(
[[j+str(i) for i in range(STATES_NUM+1)] for j in EPI_STATES]
)
locus = (0, )
###############################################################################
# Ecology genotype counts
###############################################################################
HUM_DICT = OrderedDict((
('S', (('S', locus), )),
))
HUM_S = monet.geneFrequencies(HUM_DICT, epiLabels)
###############################################################################
# Health genotype counts
###############################################################################
HLT_DICT = OrderedDict((
('H*', (('H', locus), )),
('O-', (('W', locus), ('R', locus), ('B', locus)))
))
LDR_HLT = monet.carrierFrequencies(HLT_DICT, genotypes)
###############################################################################
# Trash genotype counts
###############################################################################
TRS_DICT = OrderedDict((
('RB*', (('R', locus), ('B', locus) )),
'MWPB', 'WGWG', 'PGWG', 'MGWG', 'WGWR', 'PRWG', 'MRWG', 'WBWG',
'PBWG', 'MBWG', 'MGPG', 'PGWR', 'MRPG', 'PGWB', 'MBPG', 'MGWR',
'MGPR', 'MGWB', 'MGPB', 'WRWR', 'PRWR', 'MRWR', 'WBWR', 'PBWR',
'MBWR', 'MRPR', 'PRWB', 'MBPR', 'MRWB', 'MRPB', 'WBWB', 'PBWB',
'MBWB', 'MBPB')
(locusA, locusB, locusF) = ((0, 2), (1, 3), (0, 1, 2, 3))
###############################################################################
# Ecology genotype counts
###############################################################################
ECO_DICT = OrderedDict(
(('WA', (('W', locusA), )), ('P', (('P', locusA), )),
('M', (('M', locusA), )), ('WB', (('W', locusB), )),
('G', (('G', locusB), )), ('B', (('B', locusB), )), ('R', (('R',
locusB), ))))
CRS_ECO = monet.geneFrequencies(ECO_DICT, genotypes)
###############################################################################
# Health genotype counts
###############################################################################
HLT_DICT = OrderedDict((('H*', (('G', locusB), )),
('O-', (('W', locusB), ('B', locusB), ('R', locusB)))))
CRS_HLT = monet.carrierFrequencies(HLT_DICT, genotypes)
###############################################################################
# Trash genotype counts
###############################################################################
TRS_DICT = OrderedDict(
(('C*', (('P', locusA), ('M', locusA))), ('O-', (('W', locusA), ))))
CRS_TRS = monet.carrierFrequencies(TRS_DICT, genotypes)
"RBWB", "BBWB", "PBPB", "MBPB", "PBRB", "BBPB", "MBMB", "MBRB", "BBMB",
"RBRB", "BBRB", "BBBB")
(locA, locB) = ((0, 2), (1, 3))
###############################################################################
# Ecology genotype counts
###############################################################################
ECO_DICT = OrderedDict((
('W', (('W', locA), )),
('P', (('P', locA), )),
('M', (('M', locA), )),
('R', (('R', locB), )),
('B', (('B', locB), )),
('G', (('G', locB), )),
))
TGD_ECO = monet.geneFrequencies(ECO_DICT, genotypes)
###############################################################################
# Health genotype counts
###############################################################################
HLT_DICT = OrderedDict(
(('G*', (('G', locB), )), ('O-', (('W', locB), ('R', locB), ('B', locB)))))
TGD_HLT = monet.carrierFrequencies(HLT_DICT, genotypes)
###############################################################################
# Trash genotype counts
###############################################################################
TRS_DICT = OrderedDict((('C*', (('P', locA), ('M', locA))),
('O-', (('W', locA), ('R', locA), ('B', locA)))))
# TGD_TRS = monet.carrierFrequencies(TRS_DICT, genotypes)
TGD_TRS = monet.geneFrequencies(TRS_DICT, genotypes)
