def run(input_dir, output_dir, config_dir, debug: bool):
setup_logging(debug)
csr2transmart(
input_dir,
output_dir,
config_dir,
'CSR',
'\\Central Subject Registry\\',
)
def run(input_dir, ngs_dir, output_dir, debug: bool):
setup_logging(debug)
csr2cbioportal(input_dir, ngs_dir, output_dir)
def run(input_dir, output_dir, config_dir, debug: bool):
setup_logging(debug)
sources2csr(input_dir, output_dir, config_dir)