def post(self): oligoz_args = { 'infile': self.request.get('fasta', default_value=''), 'extraL': self.request.get('extraL', default_value=''), 'extraR': self.request.get('extraR', default_value=''), 'approx': self.request.get('approx', default_value=False) } is_allpairs = self.request.get('allpairs', default_value=False) pairs = oligoz.fasta_search( oligoz_args['infile'], extraL = oligoz_args['extraL'], extraR = oligoz_args['extraR'], approx = oligoz_args['approx'] ) oligoz_out = oligoz.main(pairs, allpairs=is_allpairs) template_values = { 'oligos': oligoz_out } template = jinja_environment.get_template('index.html') self.response.out.write(template.render(template_values))
def test_fasta_search(self): print oligoz.fasta_search(open('seq.fasta'), extraL='GATAGG', extraR='GAGAG')
def test_fasta_search(self): print oligoz.fasta_search(open('seq.fasta'))