#!/usr/bin/env python
import numpy as np
import sys
sys.path.append("../math_tricks/")
sys.path.append("../graphs/")
import read_pdb_tools as rpt
import math_vect_tools as mymath
import network_hb_from_md_traj as pdbnet
assert( len(sys.argv)>1)
infile = sys.argv[1]
outfile = open('hh_%s.txt'%infile.split('.')[0],'w')
ref1 = rpt.PdbStruct("first")
ref1.AddPdbData("%s"%infile)
ref1.PrintPdbInfo()
matrix_diag_dist = np.zeros()
while ref1.current < ref1.seqlength:
res = ref1.next()
if res.chain == "A":
res.PrintResSummary()
#net = pdbnet.Network("first")
#net.set_nodes_on_frame(ref, mute=True)
#net.set_arists_on_nodes()
#line = "# frame: %-4s Nodes: %-6s Edges: %-10s"%(trj.current ,net.count_nodes() ,net.count_arists())
#print line
#outfile.write('%s\n# Edge Distance[A]\n'%line)
#net.write_arist_short(outfile, trj.current, short=True)
from functools import partial
# Inicio de tiempo
timenow_bueno = datetime.datetime.now()
timenow = datetime.datetime.now()
# lectura de archivo
file1 = 'pdbs/2mhu.pdb' # sys.argv[1]
file2 = 'pdbs/2mrt.pdb' # sys.argv[2]
# numero de cliques, preguntar en el software para generalizarlo INPUT...
number_elements_clique = 3
# se define la estructura
pdb1 = rpt.PdbStruct(file1)
pdb2 = rpt.PdbStruct(file2)
# se lee el pdb y se agrega al objeto
pdb1.AddPdbData("%s" % file1)
pdb2.AddPdbData("%s" % file2)
# Se calculan sus vecinos mas cercanos
pdb1.GetNeighbors()
pdb2.GetNeighbors()
# se obtienen los residuos que perteneces a la cadena de interes por default chain = 'A'
pdb11 = pdb1.GetResChain()
pdb22 = pdb2.GetResChain()
# Siempre la proteina 1 es el que se rota y traslada para embonar en la proteina 2
# sys.path.append("../math_tricks/")
# import math_vect_tools as mymath
# assert( len(sys.argv) > 1)
# lectura de archivo
file1 = '1xxa.pdb' # sys.argv[1]
file2 = '1tig.pdb' # sys.argv[2]
# numero de cliques, preguntar en el software para generalizarlo...
num_cliques = 3
# outfile = open('hh_%s.txt'%infile.split('.')[0],'w')
# se define la estructura
pdb1 = rpt.PdbStruct("first")
pdb2 = rpt.PdbStruct("second")
# se lee el pdb y se agrega al objeto
pdb1.AddPdbData("%s" % file1)
pdb2.AddPdbData("%s" % file2)
# se obtienen los residuos que perteneces a la cadena de interes por default chain = 'A'
pdb11 = pdb1.GetResChain()
pdb22 = pdb2.GetResChain()
ss1 = pdb1.Get_SS(file1)
ss2 = pdb1.Get_SS(file2)
# se crea atributo a cada residuo
for i, j in zip(pdb11, ss1.structure.values):
