#!/usr/bin/env python import numpy as np import sys sys.path.append("../math_tricks/") sys.path.append("../graphs/") import read_pdb_tools as rpt import math_vect_tools as mymath import network_hb_from_md_traj as pdbnet assert( len(sys.argv)>1) infile = sys.argv[1] outfile = open('hh_%s.txt'%infile.split('.')[0],'w') ref1 = rpt.PdbStruct("first") ref1.AddPdbData("%s"%infile) ref1.PrintPdbInfo() matrix_diag_dist = np.zeros() while ref1.current < ref1.seqlength: res = ref1.next() if res.chain == "A": res.PrintResSummary() #net = pdbnet.Network("first") #net.set_nodes_on_frame(ref, mute=True) #net.set_arists_on_nodes() #line = "# frame: %-4s Nodes: %-6s Edges: %-10s"%(trj.current ,net.count_nodes() ,net.count_arists()) #print line #outfile.write('%s\n# Edge Distance[A]\n'%line) #net.write_arist_short(outfile, trj.current, short=True)
from functools import partial # Inicio de tiempo timenow_bueno = datetime.datetime.now() timenow = datetime.datetime.now() # lectura de archivo file1 = 'pdbs/2mhu.pdb' # sys.argv[1] file2 = 'pdbs/2mrt.pdb' # sys.argv[2] # numero de cliques, preguntar en el software para generalizarlo INPUT... number_elements_clique = 3 # se define la estructura pdb1 = rpt.PdbStruct(file1) pdb2 = rpt.PdbStruct(file2) # se lee el pdb y se agrega al objeto pdb1.AddPdbData("%s" % file1) pdb2.AddPdbData("%s" % file2) # Se calculan sus vecinos mas cercanos pdb1.GetNeighbors() pdb2.GetNeighbors() # se obtienen los residuos que perteneces a la cadena de interes por default chain = 'A' pdb11 = pdb1.GetResChain() pdb22 = pdb2.GetResChain() # Siempre la proteina 1 es el que se rota y traslada para embonar en la proteina 2
# sys.path.append("../math_tricks/") # import math_vect_tools as mymath # assert( len(sys.argv) > 1) # lectura de archivo file1 = '1xxa.pdb' # sys.argv[1] file2 = '1tig.pdb' # sys.argv[2] # numero de cliques, preguntar en el software para generalizarlo... num_cliques = 3 # outfile = open('hh_%s.txt'%infile.split('.')[0],'w') # se define la estructura pdb1 = rpt.PdbStruct("first") pdb2 = rpt.PdbStruct("second") # se lee el pdb y se agrega al objeto pdb1.AddPdbData("%s" % file1) pdb2.AddPdbData("%s" % file2) # se obtienen los residuos que perteneces a la cadena de interes por default chain = 'A' pdb11 = pdb1.GetResChain() pdb22 = pdb2.GetResChain() ss1 = pdb1.Get_SS(file1) ss2 = pdb1.Get_SS(file2) # se crea atributo a cada residuo for i, j in zip(pdb11, ss1.structure.values):