def init_argparser(): p = arg_parser("relabel sequences with numerics") p.add_argument('-o', '--outfile') p.add_argument('-t', '--tabfile') p.add_argument("files", nargs='+') return p
def init_argparser(): p = arg_parser("translate dna sequences") p.add_argument('-o', '--outfile', required=True) p.add_argument('--start_codon', default=1, type=int) p.add_argument('files', nargs='+') return p
def init_argparser(): p = arg_parser("translate dna sequences") p.add_argument('-o', '--outfile', required=True) p.add_argument('-r', '--report', default=None) p.add_argument('infile') return p
def init_argparser(): p = arg_parser( 'perform some simple statistics on a multiple sequence alignment') p.add_argument('infile') return p
def init_argparser(p=None): if not p: p = arg_parser("raltplot - plot ratio of alternate allele") p.add_argument('-o', '--outplot', default="outplot.ralt.png") p.add_argument('infile') return p
def init_argparser(): p = arg_parser("Convert VCF to ratio of alternate ref dataset") p.add_argument('--autofilename', default=False, action='store_true') p.add_argument('--mindepth', default=1, type=int) p.add_argument('-o', '--outfile', default='outdata') p.add_argument('infile') return p
def init_argparser(): p = arg_parser('generate new fasta file suitable for BEAST') p.add_argument('-o', '--outfile') p.add_argument('--tabfile') p.add_argument('infile') return p
def init_argparser(): p = arg_parser('generate feature table from Genbank records') p.add_argument('-o', '--outfile') p.add_argument('--tabfile') p.add_argument("files", nargs='+') return p
def init_argparser(): p = arg_parser("Create PCoA plot based on distance matrix file") p.add_argument('--max', type=float, default=0.0) p.add_argument('--dpi', type=int, default=600) p.add_argument('-o', '--outplot', default="outplot.pcoa.png") p.add_argument('infile') return p
def init_argparser(): p = arg_parser("recircularized dna sequence based on a reference sequence") p.add_argument('-o', '--outfile', required=True) p.add_argument('-r', '--reffile', required=True) p.add_argument('--max_mismatch', default=0.05, type=float) p.add_argument('--minlen', default=-1, type=int) p.add_argument('infile') return p
def init_argparser(): p = arg_parser('Convert VCF file to sequence file (eg. fasta)') p.add_argument('-o', '--outfile', default='-') p.add_argument('--heterozygosity', type=float, default=0.0) p.add_argument('--chr', default='') p.add_argument('--opts', default='') p.add_argument('vcffile') return p
def init_argparser(): p = arg_parser("Convert VCF to genotype dataset") p.add_argument('-o', '--outfile', default='outdata') p.add_argument('--filter', default='') p.add_argument('--majority', default=False, action='store_true') p.add_argument('--minhetratio', default=0.25, type=float) p.add_argument('infile') return p
def init_argparser(): p = arg_parser( 'trimming capillary read and save as fasta file (fastq in future)') p.add_argument('--winsize', type=int, default=10) p.add_argument('--qual_threshold', type=int, default=20) p.add_argument('-o', '--outfile') p.add_argument('files', nargs='+') return p
def init_argparser(p=None): if p is None: p = arg_parser('seq2pi.py - calculate nucleotide diversity (pi)') p = grpparser.init_argparser(p) p.add_argument('-o', '--outfile', default='outfile.pi.txt') p.add_argument('infile') return p
def init_argparser(): p = arg_parser("read from various sequence format") p.add_argument('-o', '--outfile') p.add_argument('--collect', type=int, default=0) p.add_argument('--reffile') p.add_argument('--dbfile') p.add_argument('treefile') return p
def init_argparser(p=None): if p is None: p = arg_parser("Genotype file parser") p.add_argument('--samplefile', required=True) p.add_argument('--legendfile', required=True) p.add_argument('--gff3file', required=True) p.add_argument('infile') return p
def init_argparser(): p = arg_parser( "rescaffold dna sequence based on available contigs and a ref sequence" ) p.add_argument('-o', '--outfile', required=True) p.add_argument('-r', '--reffile', required=True) p.add_argument('--max_mismatch', default=0.1, type=float) p.add_argument('contigsfile') return p
def init_argparser(p=None): if p is None: p = arg_parser('fas2table.py - generate mutation table') p.add_argument('-o', '--outfile', default='outfile.txt') p.add_argument('--reffile', required=True) p.add_argument('infile') return p
def init_argparser(): p = arg_parser("Create depth plot") p.add_argument('-t', '--title', default='depth') p.add_argument('-d', '--mindepth', type=int, default=3) p.add_argument('--outgap', default='') p.add_argument('--statfile', default='') p.add_argument('-o', '--outfile', default='outplot.png') p.add_argument('infile') return p
def init_argparser(): p = arg_parser("Report het proportion per sample") p.add_argument('-o', '--outfile', default='outhet.txt') g = p.add_mutually_exclusive_group(required=True) g.add_argument('--minhetratio', default=0.25, type=float) g.add_argument('--usegt', default=False, action='store_true') p.add_argument('infile') return p
def init_argparser(): p = arg_parser("Select CHROM and POS based on some criteria") p.add_argument('--topmax', type=int, default=100) p.add_argument('--topmin', type=int, default=None) p.add_argument('--minthreshold', type=float, default=None) p.add_argument('--column', required=True) p.add_argument('-o', '--outfile', default="outfile.pos.txt") p.add_argument('infile') return p
def init_argparser(p=None): if not p: p = arg_parser('dist2clonalqc.py') p.add_argument('--qualfile', default=None) p.add_argument('--datafile', default=None) p.add_argument('--fmt', default='npy') p.add_argument('--threshold', type=float, default=0.01 / 100) p.add_argument('-o', '--outfile', default=None) p.add_argument('infile') return p
def init_argparser(p=None): if p is None: p = arg_parser('Group file parser') p.add_argument('--groupfile', default='') p.add_argument('--metafile', default='') p.add_argument('--colourfile', default='') p.add_argument('--column', default='1,2') return p
def init_argparser(p=None): if p is None: p = arg_parser('groupinfo.py - provide group information') p = grpparser.init_argparser(p) p.add_argument('--fmt', default='text', choices=['pickle', 'npy', 'text', 'list']) p.add_argument('infile') return p
def init_argparser(): p = arg_parser("Create multiple manhattan plot from columnar data") p.add_argument('--column', default=None) p.add_argument('--dpi', type=int, default=600) p.add_argument('--dotsize', type=float, default=0.25) p.add_argument('--autoyscale', default=False, action='store_true') p.add_argument('-o', '--outfile', default="outplot.png") p.add_argument('infile') return p
def init_argparser(): p = arg_parser('prepare GISAID submission files') p.add_argument('--covv_assembly_method', default='custom minimap2 + iVar pipeline') p.add_argument('--covv_seq_technology', default='Illumina NextSeq 550') p.add_argument('--metafile', required=True) p.add_argument('--seqfile', required=True) p.add_argument('--outprefix', required=True) p.add_argument('infile') return p
def init_argparser(): p = arg_parser("concatenate from various sequence alignments") p.add_argument('-o', '--outfile') p.add_argument('--src-isolate', action='store_true') p.add_argument('--src', action='append') p.add_argument('--definition') p.add_argument('--summary', action='store_true') p.add_argument('--translatename', action='append_const', dest='io_opts', const='translatename', help = 'translate name in NEXUS format') p.add_argument("files", nargs='+') return p
def init_argparser(p=None): if not p: p = arg_parser("pos2bed - convert SNP position file to BED format") p.add_argument('--namecol', type=int, default=-1) p.add_argument('--refcol', type=int, default=-1) p.add_argument('--microhaps', action='store_true', default=False) p.add_argument('-o', '--outfile', default='out.pos2bed.txt') p.add_argument('infile') return p
def init_argparser(p=None): if p is None: p = arg_parser('Genotype file parser') p = grpparser.init_argparser(p) p.add_argument('--posfile', default=None) p.add_argument('--includepos', default='') p.add_argument('infile') return p
def init_argparser(p=None): if p is None: p = arg_parser('gather_consensus.py - gather consensus') p.add_argument('--add', default=None) p.add_argument('-o', '--outdir', default='') p.add_argument('-c', '--consfile', default='cons/consensus.fas') p.add_argument('-s', '--statfile', default='logs/stats.tsv') p.add_argument('indir') return p