def init_argparser():
p = arg_parser("relabel sequences with numerics")
p.add_argument('-o', '--outfile')
p.add_argument('-t', '--tabfile')
p.add_argument("files", nargs='+')
return p
def init_argparser():
p = arg_parser("translate dna sequences")
p.add_argument('-o', '--outfile', required=True)
p.add_argument('--start_codon', default=1, type=int)
p.add_argument('files', nargs='+')
return p
def init_argparser():
p = arg_parser("translate dna sequences")
p.add_argument('-o', '--outfile', required=True)
p.add_argument('-r', '--report', default=None)
p.add_argument('infile')
return p
def init_argparser():
p = arg_parser(
'perform some simple statistics on a multiple sequence alignment')
p.add_argument('infile')
return p
def init_argparser(p=None):
if not p:
p = arg_parser("raltplot - plot ratio of alternate allele")
p.add_argument('-o', '--outplot', default="outplot.ralt.png")
p.add_argument('infile')
return p
def init_argparser():
p = arg_parser("Convert VCF to ratio of alternate ref dataset")
p.add_argument('--autofilename', default=False, action='store_true')
p.add_argument('--mindepth', default=1, type=int)
p.add_argument('-o', '--outfile', default='outdata')
p.add_argument('infile')
return p
def init_argparser():
p = arg_parser('generate new fasta file suitable for BEAST')
p.add_argument('-o', '--outfile')
p.add_argument('--tabfile')
p.add_argument('infile')
return p
def init_argparser():
p = arg_parser('generate feature table from Genbank records')
p.add_argument('-o', '--outfile')
p.add_argument('--tabfile')
p.add_argument("files", nargs='+')
return p
def init_argparser():
p = arg_parser("Create PCoA plot based on distance matrix file")
p.add_argument('--max', type=float, default=0.0)
p.add_argument('--dpi', type=int, default=600)
p.add_argument('-o', '--outplot', default="outplot.pcoa.png")
p.add_argument('infile')
return p
def init_argparser():
p = arg_parser("recircularized dna sequence based on a reference sequence")
p.add_argument('-o', '--outfile', required=True)
p.add_argument('-r', '--reffile', required=True)
p.add_argument('--max_mismatch', default=0.05, type=float)
p.add_argument('--minlen', default=-1, type=int)
p.add_argument('infile')
return p
def init_argparser():
p = arg_parser('Convert VCF file to sequence file (eg. fasta)')
p.add_argument('-o', '--outfile', default='-')
p.add_argument('--heterozygosity', type=float, default=0.0)
p.add_argument('--chr', default='')
p.add_argument('--opts', default='')
p.add_argument('vcffile')
return p
def init_argparser():
p = arg_parser("Convert VCF to genotype dataset")
p.add_argument('-o', '--outfile', default='outdata')
p.add_argument('--filter', default='')
p.add_argument('--majority', default=False, action='store_true')
p.add_argument('--minhetratio', default=0.25, type=float)
p.add_argument('infile')
return p
def init_argparser():
p = arg_parser(
'trimming capillary read and save as fasta file (fastq in future)')
p.add_argument('--winsize', type=int, default=10)
p.add_argument('--qual_threshold', type=int, default=20)
p.add_argument('-o', '--outfile')
p.add_argument('files', nargs='+')
return p
def init_argparser(p=None):
if p is None:
p = arg_parser('seq2pi.py - calculate nucleotide diversity (pi)')
p = grpparser.init_argparser(p)
p.add_argument('-o', '--outfile', default='outfile.pi.txt')
p.add_argument('infile')
return p
def init_argparser():
p = arg_parser("read from various sequence format")
p.add_argument('-o', '--outfile')
p.add_argument('--collect', type=int, default=0)
p.add_argument('--reffile')
p.add_argument('--dbfile')
p.add_argument('treefile')
return p
def init_argparser(p=None):
if p is None:
p = arg_parser("Genotype file parser")
p.add_argument('--samplefile', required=True)
p.add_argument('--legendfile', required=True)
p.add_argument('--gff3file', required=True)
p.add_argument('infile')
return p
def init_argparser():
p = arg_parser(
"rescaffold dna sequence based on available contigs and a ref sequence"
)
p.add_argument('-o', '--outfile', required=True)
p.add_argument('-r', '--reffile', required=True)
p.add_argument('--max_mismatch', default=0.1, type=float)
p.add_argument('contigsfile')
return p
def init_argparser(p=None):
if p is None:
p = arg_parser('fas2table.py - generate mutation table')
p.add_argument('-o', '--outfile', default='outfile.txt')
p.add_argument('--reffile', required=True)
p.add_argument('infile')
return p
def init_argparser():
p = arg_parser("Create depth plot")
p.add_argument('-t', '--title', default='depth')
p.add_argument('-d', '--mindepth', type=int, default=3)
p.add_argument('--outgap', default='')
p.add_argument('--statfile', default='')
p.add_argument('-o', '--outfile', default='outplot.png')
p.add_argument('infile')
return p
def init_argparser():
p = arg_parser("Report het proportion per sample")
p.add_argument('-o', '--outfile', default='outhet.txt')
g = p.add_mutually_exclusive_group(required=True)
g.add_argument('--minhetratio', default=0.25, type=float)
g.add_argument('--usegt', default=False, action='store_true')
p.add_argument('infile')
return p
def init_argparser():
p = arg_parser("Select CHROM and POS based on some criteria")
p.add_argument('--topmax', type=int, default=100)
p.add_argument('--topmin', type=int, default=None)
p.add_argument('--minthreshold', type=float, default=None)
p.add_argument('--column', required=True)
p.add_argument('-o', '--outfile', default="outfile.pos.txt")
p.add_argument('infile')
return p
def init_argparser(p=None):
if not p:
p = arg_parser('dist2clonalqc.py')
p.add_argument('--qualfile', default=None)
p.add_argument('--datafile', default=None)
p.add_argument('--fmt', default='npy')
p.add_argument('--threshold', type=float, default=0.01 / 100)
p.add_argument('-o', '--outfile', default=None)
p.add_argument('infile')
return p
def init_argparser(p=None):
if p is None:
p = arg_parser('Group file parser')
p.add_argument('--groupfile', default='')
p.add_argument('--metafile', default='')
p.add_argument('--colourfile', default='')
p.add_argument('--column', default='1,2')
return p
def init_argparser(p=None):
if p is None:
p = arg_parser('groupinfo.py - provide group information')
p = grpparser.init_argparser(p)
p.add_argument('--fmt',
default='text',
choices=['pickle', 'npy', 'text', 'list'])
p.add_argument('infile')
return p
def init_argparser():
p = arg_parser("Create multiple manhattan plot from columnar data")
p.add_argument('--column', default=None)
p.add_argument('--dpi', type=int, default=600)
p.add_argument('--dotsize', type=float, default=0.25)
p.add_argument('--autoyscale', default=False, action='store_true')
p.add_argument('-o', '--outfile', default="outplot.png")
p.add_argument('infile')
return p
def init_argparser():
p = arg_parser('prepare GISAID submission files')
p.add_argument('--covv_assembly_method', default='custom minimap2 + iVar pipeline')
p.add_argument('--covv_seq_technology', default='Illumina NextSeq 550')
p.add_argument('--metafile', required=True)
p.add_argument('--seqfile', required=True)
p.add_argument('--outprefix', required=True)
p.add_argument('infile')
return p
def init_argparser():
p = arg_parser("concatenate from various sequence alignments")
p.add_argument('-o', '--outfile')
p.add_argument('--src-isolate', action='store_true')
p.add_argument('--src', action='append')
p.add_argument('--definition')
p.add_argument('--summary', action='store_true')
p.add_argument('--translatename', action='append_const', dest='io_opts',
const='translatename', help = 'translate name in NEXUS format')
p.add_argument("files", nargs='+')
return p
def init_argparser(p=None):
if not p:
p = arg_parser("pos2bed - convert SNP position file to BED format")
p.add_argument('--namecol', type=int, default=-1)
p.add_argument('--refcol', type=int, default=-1)
p.add_argument('--microhaps', action='store_true', default=False)
p.add_argument('-o', '--outfile', default='out.pos2bed.txt')
p.add_argument('infile')
return p
def init_argparser(p=None):
if p is None:
p = arg_parser('Genotype file parser')
p = grpparser.init_argparser(p)
p.add_argument('--posfile', default=None)
p.add_argument('--includepos', default='')
p.add_argument('infile')
return p
def init_argparser(p=None):
if p is None:
p = arg_parser('gather_consensus.py - gather consensus')
p.add_argument('--add', default=None)
p.add_argument('-o', '--outdir', default='')
p.add_argument('-c', '--consfile', default='cons/consensus.fas')
p.add_argument('-s', '--statfile', default='logs/stats.tsv')
p.add_argument('indir')
return p
