Python Cluster.get_cluster_string Exemples

Exemple #1

Fichier : cluster_tests.py Projet : jeldred/svtools

    def test_get_cluster_string(self):
        bedpe = [ '1', '200', '300', '2', '300', '400', '777_1', '57', '+', '-', 'BND', 'PASS', 'MISSING', 'SVTYPE=BND;AF=0.2' ]
        b = Bedpe(bedpe)

        c = Cluster()

        with self.assertRaises(ValueError):
            c.get_cluster_string()
        
        c.add(b, None)
        self.assertEqual(c.get_cluster_string(), str(b))

Exemple #2

Fichier : cluster_tests.py Projet : zyworship/svtools

    def test_get_cluster_string(self):
        bedpe = [
            '1', '200', '300', '2', '300', '400', '777_1', '57', '+', '-',
            'BND', 'PASS', '.', '.', '.', '.', '.', '.', 'MISSING',
            'SVTYPE=BND;AF=0.2'
        ]
        b = Bedpe(bedpe)

        c = Cluster()

        with self.assertRaises(ValueError):
            c.get_cluster_string()

        c.add(b, None)
        self.assertEqual(c.get_cluster_string(), str(b))