special_table = CodonTable(forward_table={
'TTT': 'F',
'TTC': 'F',
'TTA': 'L',
'TTG': 'L',
'TCT': 'S',
'TCC': 'S',
'TCA': 'S',
'TCG': 'S',
'TAT': 'Y',
'TAC': 'Y',
'TAA': 'O',
'TGT': 'C',
'TGC': 'C',
'TGA': 'O',
'TGG': 'W',
'CTT': 'L',
'CTC': 'L',
'CTA': 'L',
'CTG': 'L',
'CCT': 'P',
'CCC': 'P',
'CCA': 'P',
'CCG': 'P',
'CAT': 'H',
'CAC': 'H',
'CAA': 'Q',
'CAG': 'Q',
'CGT': 'R',
'CGC': 'R',
'CGA': 'R',
'CGG': 'R',
'ATT': 'I',
'ATC': 'I',
'ATA': 'I',
'ATG': 'M',
'ACT': 'T',
'ACC': 'T',
'ACA': 'T',
'ACG': 'T',
'AAT': 'N',
'AAC': 'N',
'AAA': 'K',
'AAG': 'K',
'AGT': 'S',
'AGC': 'S',
'AGA': 'R',
'AGG': 'R',
'GTT': 'V',
'GTC': 'V',
'GTA': 'V',
'GTG': 'V',
'GCT': 'A',
'GCC': 'A',
'GCA': 'A',
'GCG': 'A',
'GAT': 'D',
'GAC': 'D',
'GAA': 'E',
'GAG': 'E',
'GGT': 'G',
'GGC': 'G',
'GGA': 'G',
'GGG': 'G'
},
start_codons=['TAA', 'TAG', 'TGA'],
stop_codons=['TAG'])
blepharisma_table = CodonTable(forward_table={
'TTT': 'F',
'TTC': 'F',
'TTA': 'L',
'TTG': 'L',
'TCT': 'S',
'TCC': 'S',
'TCA': 'S',
'TCG': 'S',
'TAT': 'Y',
'TAC': 'Y',
'TGT': 'C',
'TGC': 'C',
'TGA': 'W',
'TGG': 'W',
'CTT': 'L',
'CTC': 'L',
'CTA': 'L',
'CTG': 'L',
'CCT': 'P',
'CCC': 'P',
'CCA': 'P',
'CCG': 'P',
'CAT': 'H',
'CAC': 'H',
'CAA': 'Q',
'CAG': 'Q',
'CGT': 'R',
'CGC': 'R',
'CGA': 'R',
'CGG': 'R',
'ATT': 'I',
'ATC': 'I',
'ATA': 'I',
'ATG': 'M',
'ACT': 'T',
'ACC': 'T',
'ACA': 'T',
'ACG': 'T',
'AAT': 'N',
'AAC': 'N',
'AAA': 'K',
'AAG': 'K',
'AGT': 'S',
'AGC': 'S',
'AGA': 'R',
'AGG': 'R',
'GTT': 'V',
'GTC': 'V',
'GTA': 'V',
'GTG': 'V',
'GCT': 'A',
'GCC': 'A',
'GCA': 'A',
'GCG': 'A',
'GAT': 'D',
'GAC': 'D',
'GAA': 'E',
'GAG': 'E',
'GGT': 'G',
'GGC': 'G',
'GGA': 'G',
'GGG': 'G'
},
start_codons=['ATG'],
stop_codons=['TAA', 'TAG'])
from Bio.Seq import Seq, UnknownSeq, MutableSeq, translate
from Bio.Data.CodonTable import TranslationError, CodonTable
# This is just the standard table with less stop codons
# (replaced with coding for O as an artificial example)
special_table = CodonTable(forward_table={
"TTT": "F", "TTC": "F", "TTA": "L", "TTG": "L",
"TCT": "S", "TCC": "S", "TCA": "S", "TCG": "S",
"TAT": "Y", "TAC": "Y", "TAA": "O",
"TGT": "C", "TGC": "C", "TGA": "O", "TGG": "W",
"CTT": "L", "CTC": "L", "CTA": "L", "CTG": "L",
"CCT": "P", "CCC": "P", "CCA": "P", "CCG": "P",
"CAT": "H", "CAC": "H", "CAA": "Q", "CAG": "Q",
"CGT": "R", "CGC": "R", "CGA": "R", "CGG": "R",
"ATT": "I", "ATC": "I", "ATA": "I", "ATG": "M",
"ACT": "T", "ACC": "T", "ACA": "T", "ACG": "T",
"AAT": "N", "AAC": "N", "AAA": "K", "AAG": "K",
"AGT": "S", "AGC": "S", "AGA": "R", "AGG": "R",
"GTT": "V", "GTC": "V", "GTA": "V", "GTG": "V",
"GCT": "A", "GCC": "A", "GCA": "A", "GCG": "A",
"GAT": "D", "GAC": "D", "GAA": "E", "GAG": "E",
"GGT": "G", "GGC": "G", "GGA": "G", "GGG": "G"},
start_codons=["TAA", "TAG", "TGA"],
stop_codons=["TAG"])
Chilodonella_uncinata_table = CodonTable(forward_table={
"TTT": "F", "TTC": "F", "TTA": "L", "TTG": "L",
"TCT": "S", "TCC": "S", "TCA": "S", "TCG": "S",
"TAT": "Y", "TAC": "Y", "TAG": "Q", # noqa: E241
"TGT": "C", "TGC": "C", "TGA": "W", "TGG": "W",