Exemplos de CodonTable em Python

Exemplo n.º 1

Arquivo: test_Seq_objs.py Projeto: yuanxinxing123/biopython

special_table = CodonTable(forward_table={
    'TTT': 'F',
    'TTC': 'F',
    'TTA': 'L',
    'TTG': 'L',
    'TCT': 'S',
    'TCC': 'S',
    'TCA': 'S',
    'TCG': 'S',
    'TAT': 'Y',
    'TAC': 'Y',
    'TAA': 'O',
    'TGT': 'C',
    'TGC': 'C',
    'TGA': 'O',
    'TGG': 'W',
    'CTT': 'L',
    'CTC': 'L',
    'CTA': 'L',
    'CTG': 'L',
    'CCT': 'P',
    'CCC': 'P',
    'CCA': 'P',
    'CCG': 'P',
    'CAT': 'H',
    'CAC': 'H',
    'CAA': 'Q',
    'CAG': 'Q',
    'CGT': 'R',
    'CGC': 'R',
    'CGA': 'R',
    'CGG': 'R',
    'ATT': 'I',
    'ATC': 'I',
    'ATA': 'I',
    'ATG': 'M',
    'ACT': 'T',
    'ACC': 'T',
    'ACA': 'T',
    'ACG': 'T',
    'AAT': 'N',
    'AAC': 'N',
    'AAA': 'K',
    'AAG': 'K',
    'AGT': 'S',
    'AGC': 'S',
    'AGA': 'R',
    'AGG': 'R',
    'GTT': 'V',
    'GTC': 'V',
    'GTA': 'V',
    'GTG': 'V',
    'GCT': 'A',
    'GCC': 'A',
    'GCA': 'A',
    'GCG': 'A',
    'GAT': 'D',
    'GAC': 'D',
    'GAA': 'E',
    'GAG': 'E',
    'GGT': 'G',
    'GGC': 'G',
    'GGA': 'G',
    'GGG': 'G'
},
                           start_codons=['TAA', 'TAG', 'TGA'],
                           stop_codons=['TAG'])

Exemplo n.º 2

Arquivo: 5_GCodeTranslate.py Projeto: jeandavidgrattepanche/KatzLab_postTranscriptomic

blepharisma_table = CodonTable(forward_table={
    'TTT': 'F',
    'TTC': 'F',
    'TTA': 'L',
    'TTG': 'L',
    'TCT': 'S',
    'TCC': 'S',
    'TCA': 'S',
    'TCG': 'S',
    'TAT': 'Y',
    'TAC': 'Y',
    'TGT': 'C',
    'TGC': 'C',
    'TGA': 'W',
    'TGG': 'W',
    'CTT': 'L',
    'CTC': 'L',
    'CTA': 'L',
    'CTG': 'L',
    'CCT': 'P',
    'CCC': 'P',
    'CCA': 'P',
    'CCG': 'P',
    'CAT': 'H',
    'CAC': 'H',
    'CAA': 'Q',
    'CAG': 'Q',
    'CGT': 'R',
    'CGC': 'R',
    'CGA': 'R',
    'CGG': 'R',
    'ATT': 'I',
    'ATC': 'I',
    'ATA': 'I',
    'ATG': 'M',
    'ACT': 'T',
    'ACC': 'T',
    'ACA': 'T',
    'ACG': 'T',
    'AAT': 'N',
    'AAC': 'N',
    'AAA': 'K',
    'AAG': 'K',
    'AGT': 'S',
    'AGC': 'S',
    'AGA': 'R',
    'AGG': 'R',
    'GTT': 'V',
    'GTC': 'V',
    'GTA': 'V',
    'GTG': 'V',
    'GCT': 'A',
    'GCC': 'A',
    'GCA': 'A',
    'GCG': 'A',
    'GAT': 'D',
    'GAC': 'D',
    'GAA': 'E',
    'GAG': 'E',
    'GGT': 'G',
    'GGC': 'G',
    'GGA': 'G',
    'GGG': 'G'
},
                               start_codons=['ATG'],
                               stop_codons=['TAA', 'TAG'])

Exemplo n.º 3

from Bio.Seq import Seq, UnknownSeq, MutableSeq, translate
from Bio.Data.CodonTable import TranslationError, CodonTable


# This is just the standard table with less stop codons
# (replaced with coding for O as an artificial example)
special_table = CodonTable(forward_table={
    "TTT": "F", "TTC": "F", "TTA": "L", "TTG": "L",
    "TCT": "S", "TCC": "S", "TCA": "S", "TCG": "S",
    "TAT": "Y", "TAC": "Y", "TAA": "O",
    "TGT": "C", "TGC": "C", "TGA": "O", "TGG": "W",
    "CTT": "L", "CTC": "L", "CTA": "L", "CTG": "L",
    "CCT": "P", "CCC": "P", "CCA": "P", "CCG": "P",
    "CAT": "H", "CAC": "H", "CAA": "Q", "CAG": "Q",
    "CGT": "R", "CGC": "R", "CGA": "R", "CGG": "R",
    "ATT": "I", "ATC": "I", "ATA": "I", "ATG": "M",
    "ACT": "T", "ACC": "T", "ACA": "T", "ACG": "T",
    "AAT": "N", "AAC": "N", "AAA": "K", "AAG": "K",
    "AGT": "S", "AGC": "S", "AGA": "R", "AGG": "R",
    "GTT": "V", "GTC": "V", "GTA": "V", "GTG": "V",
    "GCT": "A", "GCC": "A", "GCA": "A", "GCG": "A",
    "GAT": "D", "GAC": "D", "GAA": "E", "GAG": "E",
    "GGT": "G", "GGC": "G", "GGA": "G", "GGG": "G"},
    start_codons=["TAA", "TAG", "TGA"],
    stop_codons=["TAG"])

Chilodonella_uncinata_table = CodonTable(forward_table={
    "TTT": "F", "TTC": "F", "TTA": "L", "TTG": "L",
    "TCT": "S", "TCC": "S", "TCA": "S", "TCG": "S",
    "TAT": "Y", "TAC": "Y",             "TAG": "Q",  # noqa: E241
    "TGT": "C", "TGC": "C", "TGA": "W", "TGG": "W",