Esempio n. 1
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def test__inchi_geometry():
    """ test automol.inchi.geometry
    """
    ref_ich = 'InChI=1S/H2S/h1H2'
    ich = automol.geom.inchi(automol.inchi.geometry(ref_ich))
    assert ich == ref_ich

    ref_ich = 'InChI=1S/Cl2/c1-2'
    ich = automol.geom.inchi(automol.inchi.geometry(ref_ich))
    assert ich == ref_ich

    ref_ich = 'InChI=1S/C2H6O/c1-2-3/h3H,2H2,1H3'
    pbm = pybel.from_inchi(ref_ich)
    ich = pybel.to_inchi(pbm)
    assert ich == ref_ich
    rdm = rdkit.from_inchi(ref_ich)
    ich = automol.geom.inchi(rdkit.to_geometry(rdm))
    assert ich == ref_ich

    ref_ich = 'InChI=1S/Ar'
    rdm = rdkit.from_inchi(ref_ich)
    ich = automol.geom.inchi(rdkit.to_geometry(rdm))
    assert ich == ref_ich
Esempio n. 2
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 def _gen2(ich):
     pbm = _pybel.from_inchi(ich)
     geo = _pybel.to_geometry(pbm)
     return geo