def test__inchi_geometry(): """ test automol.inchi.geometry """ ref_ich = 'InChI=1S/H2S/h1H2' ich = automol.geom.inchi(automol.inchi.geometry(ref_ich)) assert ich == ref_ich ref_ich = 'InChI=1S/Cl2/c1-2' ich = automol.geom.inchi(automol.inchi.geometry(ref_ich)) assert ich == ref_ich ref_ich = 'InChI=1S/C2H6O/c1-2-3/h3H,2H2,1H3' pbm = pybel.from_inchi(ref_ich) ich = pybel.to_inchi(pbm) assert ich == ref_ich rdm = rdkit.from_inchi(ref_ich) ich = automol.geom.inchi(rdkit.to_geometry(rdm)) assert ich == ref_ich ref_ich = 'InChI=1S/Ar' rdm = rdkit.from_inchi(ref_ich) ich = automol.geom.inchi(rdkit.to_geometry(rdm)) assert ich == ref_ich
def _gen2(ich): pbm = _pybel.from_inchi(ich) geo = _pybel.to_geometry(pbm) return geo