Esempio n. 1
0
def test_ligand():
    r = PandasPDB.rmsd(pl1.df['HETATM'], pl2.df['HETATM'], s='hydrogen', invert=True)
    assert r == 2.6444, r
Esempio n. 2
0
def test_invalid_query():
    r = PandasPDB.rmsd(p1t48.df['ATOM'].loc[1:, :], p1t48.df['ATOM'], s='bla')
Esempio n. 3
0
def test_protein():
    r = PandasPDB.rmsd(p1t48.df['ATOM'], p1t49.df['ATOM'], s='c-alpha', invert=False)
    assert r == 0.4785, r
Esempio n. 4
0
def test_incompatible():
    r = PandasPDB.rmsd(p1t48.df['ATOM'].loc[1:, :], p1t48.df['ATOM'], s=None)
Esempio n. 5
0
def test_wrong_arg():
    r = PandasPDB.rmsd(p1t48.df['ATOM'].loc[1:, :], p1t48.df['ATOM'], s='bla')
Esempio n. 6
0
def test_equal():
    r = PandasPDB.rmsd(p1t48.df['ATOM'], p1t48.df['ATOM'], s=None)
    assert r == 0.000, r
Esempio n. 7
0
def test_ligand_default():
    r = PandasPDB.rmsd(pl1.df['HETATM'], pl2.df['HETATM'], s=None)
    assert r == 2.6444, r
Esempio n. 8
0
def test_ligand_default():
    r = PandasPDB.rmsd(pl1.df['HETATM'], pl2.df['HETATM'],
                       s=None)
    assert r == 2.6444, r