コード例 #1
0
ファイル: test_rmsd.py プロジェクト: BenJamesbabala/biopandas 
def test_ligand():
    r = PandasPDB.rmsd(pl1.df['HETATM'], pl2.df['HETATM'], s='hydrogen', invert=True)
    assert r == 2.6444, r
コード例 #2
0
ファイル: test_rmsd.py プロジェクト: BenJamesbabala/biopandas 
def test_invalid_query():
    r = PandasPDB.rmsd(p1t48.df['ATOM'].loc[1:, :], p1t48.df['ATOM'], s='bla')
コード例 #3
0
ファイル: test_rmsd.py プロジェクト: BenJamesbabala/biopandas 
def test_protein():
    r = PandasPDB.rmsd(p1t48.df['ATOM'], p1t49.df['ATOM'], s='c-alpha', invert=False)
    assert r == 0.4785, r
コード例 #4
0
ファイル: test_rmsd.py プロジェクト: BenJamesbabala/biopandas 
def test_incompatible():
    r = PandasPDB.rmsd(p1t48.df['ATOM'].loc[1:, :], p1t48.df['ATOM'], s=None)
コード例 #5
0
ファイル: test_rmsd.py プロジェクト: BenJamesbabala/biopandas 
def test_wrong_arg():
    r = PandasPDB.rmsd(p1t48.df['ATOM'].loc[1:, :], p1t48.df['ATOM'], s='bla')
コード例 #6
0
ファイル: test_rmsd.py プロジェクト: BenJamesbabala/biopandas 
def test_equal():
    r = PandasPDB.rmsd(p1t48.df['ATOM'], p1t48.df['ATOM'], s=None)
    assert r == 0.000, r
コード例 #7
0
def test_ligand_default():
    r = PandasPDB.rmsd(pl1.df['HETATM'], pl2.df['HETATM'], s=None)
    assert r == 2.6444, r
コード例 #8
0
ファイル: test_rmsd.py プロジェクト: rasbt/biopandas 
def test_ligand_default():
    r = PandasPDB.rmsd(pl1.df['HETATM'], pl2.df['HETATM'],
                       s=None)
    assert r == 2.6444, r