from __future__ import print_function import os import unittest from molbiox.algor.translate import CodonTable from molbiox.frame.signature import Sig from molbiox.frame.regexon import Regexon from molbiox.kb.translate import get_transl_table sub = Regexon.new(r'[^a-zA-Z]', '') test_data = { 'dna': """ TTGATGGCTAAGAGTAAAATCTTAAAAAACACACTGGTTCTATATTTTCGTCAAGTTTTG ATTGTATTAATTACTCTCTATTCAATGAGAGTTGTATTAAATGAATTAGGTGTGGATGAT TTTGGTATTTATAGCGTTGTGGCTGGTTTTGTAACTTTACTTGCATTTTTACCCGGAAGC ATGGCGAGTGCAACGCAGCGGTTTTTCTCTTTTGCGATGGGGAAATCGGATATAGTAAAA TTAAAGCAAACCTTCAGTGTTAATTTAGTTATGTATACTGGCATAGCCTTGTTAGCATAT ATAACATTTCAAACTATCGGATTTTGGTATGTTGATGAATATCTAAAAATACCTCATAAC CGCTTTCATGCAGCCTTGGAATTATATCACTATGTGTCTTTATCATTTATTTTTTCAATT TTTTCTGCGCCTTTTATCGCGATTTTAATTGCGCACGAAGATATGCACATTTATGCGATC TTCTCGGTTTTTGATGCATTTTTAAAACTAGTAGCCGCAATTTCTTTAGACTATGTGAAC TATGATTTGTTAGCTTATTATGGAGTGGCTCTTTTGATTGTATCTGGATTGCTTGCTTTC GCGTATATTTTTATATGTATAAAGAAATATCCAGAGTGTCAAATGAAAAAGCTTTATTGG AGTTCGAGTATACTGAAAGAAATTATTGGTTTCACGATATGGACTTTGCTAGGTCAATTG AGCACTGTTTTTAGAAATCAGGCAGTAACTGTTCTTGTAAACCAAATGTTTAATCCTTCA ATTGTGGCAGCTCGTGCAATTGCCTTGAATGTGGCTAGTCAAGTTGGAATTTTTTCGAAT AATTTAAATACAGGGTTATATCCACCAATTATAAAAGCTTACGCAGCAAATCAAAAAGAG GAAATGCTGAGTTTAGTTTTTAATGGTTCTAAACTGACTTTCTTCTTGATGTGGGTATGT GCATTACCCATGTTGCTTGAAATGGAAACGATATTAACACTTTGGCTAAAAACACCACCA TCAGAAGCGATATTATTTACTCAGTTAGCGATTGTTGAATCCTTGATACTGGCTATAAGC