Python TermForTermEnrichmentFinder.TermForTermEnrichmentFinderの例

コード例 #1

ファイル: test_Ontology.py プロジェクト: umath92/biopython

 def setUp(self):
     self.go_graph = OntoIO.read("Ontology/go_test.obo", "obo")
     self.assocs = OntoIO.read("Ontology/ga_test.fb", "gaf")
     self.ef = TermForTermEnrichmentFinder(self.assocs, self.go_graph)

コード例 #2

ファイル: run_enrichment.py プロジェクト: szymczakpau/biopython

def run_term(assocs, go_graph, gene_list, corrections):
    from Bio.Ontology import TermForTermEnrichmentFinder

    ef = TermForTermEnrichmentFinder(assocs, go_graph)
    result = ef.find_enrichment(gene_list, corrections)
    return result