Python extract_cterminusの例

コード例 #1

ファイル: integration_orderfinder.py プロジェクト: mibig-secmet/antismash-mibig

 def test_c_terminals_with_end(self):
     residues = orderfinder.extract_cterminus(
         self.data_dir, self.features, self.features_by_id["STAUR_3982"])
     assert residues == {
         'STAUR_3972': 'ES',
         'STAUR_3983': 'DS',
         'STAUR_3984': 'DS',
         'STAUR_3985': 'DS'
     }

コード例 #2

ファイル: integration_orderfinder.py プロジェクト: mibig-secmet/antismash-mibig

 def test_c_terminals_no_end(self):
     residues = orderfinder.extract_cterminus(self.data_dir, self.features,
                                              "")
     assert residues == {
         'STAUR_3972': 'ES',
         'STAUR_3982': 'GK',
         'STAUR_3983': 'DS',
         'STAUR_3984': 'DS',
         'STAUR_3985': 'DS'
     }

コード例 #3

 def test_c_terminals_with_end(
         self):  # TODO: move to integration or mock muscle
     residues = orderfinder.extract_cterminus(
         self.data_dir, self.features, self.features_by_id["STAUR_3982"])
     assert residues == {
         'STAUR_3972': 'ES',
         'STAUR_3983': 'DS',
         'STAUR_3984': 'DS',
         'STAUR_3985': 'DS'
     }