Python concatenate_and_fix_bamsの例

コード例 #1

ファイル: __init__.py プロジェクト: GWW/cellranger_211_mirror

def concatenate_sort_and_index_bams(out_bam, bams):
    tmp_bam = out_bam.replace('.bam', '_tmp.bam')
    # Drop the UMI tag since it's useless
    vdj_utils.concatenate_and_fix_bams(tmp_bam, bams, drop_tags=[PROCESSED_UMI_TAG])
    # Wrap filenames in str() to prevent pysam crash on unicode input
    tk_bam.sort_and_index(str(tmp_bam), str(out_bam.replace('.bam', '')))
    cr_utils.remove(tmp_bam, allow_nonexisting=True)

コード例 #2

ファイル: __init__.py プロジェクト: yu1033704806/cellranger

def concatenate_bams(out_bam, bams):
    # Drop the UMI tag since it's useless
    vdj_utils.concatenate_and_fix_bams(out_bam,
                                       bams,
                                       drop_tags=[PROCESSED_UMI_TAG])