Exemplos de concatenate_and_fix_bams em Python

Exemplo n.º 1

Arquivo: __init__.py Projeto: GWW/cellranger_211_mirror

def concatenate_sort_and_index_bams(out_bam, bams):
    tmp_bam = out_bam.replace('.bam', '_tmp.bam')
    # Drop the UMI tag since it's useless
    vdj_utils.concatenate_and_fix_bams(tmp_bam, bams, drop_tags=[PROCESSED_UMI_TAG])
    # Wrap filenames in str() to prevent pysam crash on unicode input
    tk_bam.sort_and_index(str(tmp_bam), str(out_bam.replace('.bam', '')))
    cr_utils.remove(tmp_bam, allow_nonexisting=True)

Exemplo n.º 2

Arquivo: __init__.py Projeto: yu1033704806/cellranger

def concatenate_bams(out_bam, bams):
    # Drop the UMI tag since it's useless
    vdj_utils.concatenate_and_fix_bams(out_bam,
                                       bams,
                                       drop_tags=[PROCESSED_UMI_TAG])