def get_task(task_name): cell = vasp.parse_poscar(Si_str.split('\n')) # Vasp settings incar = vasp.incar() incar.set_structure_optimization() incar.set_nsw(20) incar.set_encut(300) incar_ph_rx = vasp.incar() incar_ph_rx.set_structure_optimization() incar_ph_rx.set_nsw(20) incar_ph_rx.set_encut(300) incar_ph_rx.set_isif(4) # volume constant incar_ph_dsp = vasp.incar() incar_ph_dsp.set_electronic_structure() incar_ph_dsp.set_encut(300) # Queue job = ge.job(script="mpirun vasp5212mpi", shell="/bin/zsh", jobname=task_name, pe="mpi* 8", stdout="std.log", stderr="err.log") # Task task = vasp.quasiharmonic_phonon(max_iteration=10, min_iteration=1, sampling_mesh=[20, 20, 20], supercell_matrix=np.diag([2, 2, 2]), cell=cell, pseudo_potential_map=ps_map, incar=[incar, incar_ph_rx, incar_ph_dsp], k_mesh=[[8, 8, 8], [8, 8, 8], [4, 4, 4]], job=[job, job.copy(task_name + "-ph_relax"), job.copy(task_name + "-ph")], traverse=False) return task
def get_task(task_name): cell = vasp.parse_poscar(Si_str.split('\n')) # Vasp settings incar = vasp.incar() incar.set_structure_optimization() incar.set_nsw(20) incar.set_encut(300) incar_ph_rx = vasp.incar() incar_ph_rx.set_structure_optimization() incar_ph_rx.set_nsw(20) incar_ph_rx.set_encut(300) incar_ph_rx.set_isif(4) # volume constant incar_ph_dsp = vasp.incar() incar_ph_dsp.set_electronic_structure() incar_ph_dsp.set_encut(300) # Queue job = ge.job(script="mpirun vasp5212mpi", shell="/bin/zsh", jobname=task_name, pe="mpi* 8", stdout="std.log", stderr="err.log") # Task task = vasp.quasiharmonic_phonon(max_iteration=10, min_iteration=1, sampling_mesh=[20, 20, 20], supercell_matrix=np.diag([2, 2, 2]), cell=cell, pseudo_potential_map=ps_map, incar=[incar, incar_ph_rx, incar_ph_dsp], k_mesh=[[8, 8, 8], [8, 8, 8], [4, 4, 4]], job=[ job, job.copy(task_name + "-ph_relax"), job.copy(task_name + "-ph") ], traverse=False) return task
1.0 3.2882532570702230 0.0000000000000000 0.0000000000000000 -1.6441266285351115 2.8477108546997352 0.0000000000000000 0.0000000000000000 0.0000000000000000 5.3061089751235242 2 2 Direct 0.3333333333333333 0.6666666666666667 0.9996795200513500 0.6666666666666666 0.3333333333333333 0.4996795200513500 0.3333333333333333 0.6666666666666667 0.3787634652515464 0.6666666666666666 0.3333333333333333 0.8787634652515464 """ task_name = "ZnO" # Vasp settings cell = vasp.parse_poscar(poscar.split('\n')) ps_map = {'Zn': 'Zn_PBE', 'O': 'O_PBE'} incar = vasp.incar() incar.set_structure_optimization() incar.set_nsw(20) incar_phonon = vasp.incar() incar_phonon.set_electronic_structure() # Grid engine job job = ge.job(script="mpirun vasp5212mpi", shell="/bin/zsh", jobname=task_name, pe="mpi* 4", stdout="std.log", stderr="err.log")
1.0 3.2882532570702230 0.0000000000000000 0.0000000000000000 -1.6441266285351115 2.8477108546997352 0.0000000000000000 0.0000000000000000 0.0000000000000000 5.3061089751235242 2 2 Direct 0.3333333333333333 0.6666666666666667 0.9996795200513500 0.6666666666666666 0.3333333333333333 0.4996795200513500 0.3333333333333333 0.6666666666666667 0.3787634652515464 0.6666666666666666 0.3333333333333333 0.8787634652515464 """ task_name = "ZnO" # Vasp settings cell = vasp.parse_poscar(poscar.split('\n')) ps_map = {'Zn': 'Zn_PBE', 'O': 'O_PBE'} incar = vasp.incar() incar.set_structure_optimization() incar.set_nsw(20) incar_phonon = vasp.incar() incar_phonon.set_electronic_structure() # Grid engine job job = ge.job(script="mpirun vasp5212mpi", shell="/bin/zsh", jobname=task_name, pe="mpi* 4", stdout="std.log",