def get_task(task_name):
cell = vasp.parse_poscar(Si_str.split('\n'))
# Vasp settings
incar = vasp.incar()
incar.set_structure_optimization()
incar.set_nsw(20)
incar.set_encut(300)
incar_ph_rx = vasp.incar()
incar_ph_rx.set_structure_optimization()
incar_ph_rx.set_nsw(20)
incar_ph_rx.set_encut(300)
incar_ph_rx.set_isif(4) # volume constant
incar_ph_dsp = vasp.incar()
incar_ph_dsp.set_electronic_structure()
incar_ph_dsp.set_encut(300)
# Queue
job = ge.job(script="mpirun vasp5212mpi",
shell="/bin/zsh",
jobname=task_name,
pe="mpi* 8",
stdout="std.log",
stderr="err.log")
# Task
task = vasp.quasiharmonic_phonon(max_iteration=10,
min_iteration=1,
sampling_mesh=[20, 20, 20],
supercell_matrix=np.diag([2, 2, 2]),
cell=cell,
pseudo_potential_map=ps_map,
incar=[incar,
incar_ph_rx,
incar_ph_dsp],
k_mesh=[[8, 8, 8],
[8, 8, 8],
[4, 4, 4]],
job=[job,
job.copy(task_name + "-ph_relax"),
job.copy(task_name + "-ph")],
traverse=False)
return task
def get_task(task_name):
cell = vasp.parse_poscar(Si_str.split('\n'))
# Vasp settings
incar = vasp.incar()
incar.set_structure_optimization()
incar.set_nsw(20)
incar.set_encut(300)
incar_ph_rx = vasp.incar()
incar_ph_rx.set_structure_optimization()
incar_ph_rx.set_nsw(20)
incar_ph_rx.set_encut(300)
incar_ph_rx.set_isif(4) # volume constant
incar_ph_dsp = vasp.incar()
incar_ph_dsp.set_electronic_structure()
incar_ph_dsp.set_encut(300)
# Queue
job = ge.job(script="mpirun vasp5212mpi",
shell="/bin/zsh",
jobname=task_name,
pe="mpi* 8",
stdout="std.log",
stderr="err.log")
# Task
task = vasp.quasiharmonic_phonon(max_iteration=10,
min_iteration=1,
sampling_mesh=[20, 20, 20],
supercell_matrix=np.diag([2, 2, 2]),
cell=cell,
pseudo_potential_map=ps_map,
incar=[incar, incar_ph_rx, incar_ph_dsp],
k_mesh=[[8, 8, 8], [8, 8, 8], [4, 4, 4]],
job=[
job,
job.copy(task_name + "-ph_relax"),
job.copy(task_name + "-ph")
],
traverse=False)
return task
1.0
3.2882532570702230 0.0000000000000000 0.0000000000000000
-1.6441266285351115 2.8477108546997352 0.0000000000000000
0.0000000000000000 0.0000000000000000 5.3061089751235242
2 2
Direct
0.3333333333333333 0.6666666666666667 0.9996795200513500
0.6666666666666666 0.3333333333333333 0.4996795200513500
0.3333333333333333 0.6666666666666667 0.3787634652515464
0.6666666666666666 0.3333333333333333 0.8787634652515464
"""
task_name = "ZnO"
# Vasp settings
cell = vasp.parse_poscar(poscar.split('\n'))
ps_map = {'Zn': 'Zn_PBE', 'O': 'O_PBE'}
incar = vasp.incar()
incar.set_structure_optimization()
incar.set_nsw(20)
incar_phonon = vasp.incar()
incar_phonon.set_electronic_structure()
# Grid engine job
job = ge.job(script="mpirun vasp5212mpi",
shell="/bin/zsh",
jobname=task_name,
pe="mpi* 4",
stdout="std.log",
stderr="err.log")
1.0
3.2882532570702230 0.0000000000000000 0.0000000000000000
-1.6441266285351115 2.8477108546997352 0.0000000000000000
0.0000000000000000 0.0000000000000000 5.3061089751235242
2 2
Direct
0.3333333333333333 0.6666666666666667 0.9996795200513500
0.6666666666666666 0.3333333333333333 0.4996795200513500
0.3333333333333333 0.6666666666666667 0.3787634652515464
0.6666666666666666 0.3333333333333333 0.8787634652515464
"""
task_name = "ZnO"
# Vasp settings
cell = vasp.parse_poscar(poscar.split('\n'))
ps_map = {'Zn': 'Zn_PBE',
'O': 'O_PBE'}
incar = vasp.incar()
incar.set_structure_optimization()
incar.set_nsw(20)
incar_phonon = vasp.incar()
incar_phonon.set_electronic_structure()
# Grid engine job
job = ge.job(script="mpirun vasp5212mpi",
shell="/bin/zsh",
jobname=task_name,
pe="mpi* 4",
stdout="std.log",
