Python get_connectionの例

コード例 #1

ファイル: seqdb.py プロジェクト: deepreds/pygr

 def __init__(self, url, name, *args, **kwargs):
     import coordinator
     self.server = coordinator.get_connection(url, name)
     self.url = url
     self.name = name
     self.seqInfoDict = _SeqLenDictWrapper(self)
     SequenceDB.__init__(self, *args, **kwargs)

コード例 #2

ファイル: seqdb.py プロジェクト: mamanambiya/pygr

 def __init__(self, url, name, *args, **kwargs):
     import coordinator
     self.server = coordinator.get_connection(url, name)
     self.url = url
     self.name = name
     self.seqInfoDict = _SeqLenDictWrapper(self)
     SequenceDB.__init__(self, *args, **kwargs)

コード例 #3

ファイル: xnestedlist.py プロジェクト: jqian/pygr

    def __init__(self, url=None, name=None, idDictClass=dict, **kwargs):
        cnestedlist.NLMSA.__init__(self, mode="xmlrpc", idDictClass=idDictClass, **kwargs)
        import coordinator

        self.server = coordinator.get_connection(url, name)  # GET CONNECTION TO THE SERVER
        self.url = url
        self.name = name
        l = self.server.getInfo()  # READ NS INFO TABLE
        for nsID, is_lpo, nsLength, is_union in l:
            ns = cnestedlist.NLMSASequence(self, None, None, "onDemand", is_union, nsLength)  # is_lpo AUTOMATIC
            self.addToSeqlist(ns)  # ADD THIS TO THE INDEX

コード例 #4

ファイル: xnestedlist.py プロジェクト: mamanambiya/pygr

 def __init__(self, url=None, name=None, idDictClass=dict, **kwargs):
     cnestedlist.NLMSA.__init__(self, mode='xmlrpc',
                                idDictClass=idDictClass, **kwargs)
     import coordinator
     self.server = coordinator.get_connection(url, name)
     self.url = url
     self.name = name
     l = self.server.getInfo() # READ NS INFO TABLE
     for nsID, is_lpo, nsLength, is_union in l:
         # is_lpo is automatic below.
         ns = cnestedlist.NLMSASequence(self, None, None, 'onDemand',
                                        is_union, nsLength)
         self.addToSeqlist(ns) # ADD THIS TO THE INDEX

コード例 #5

ファイル: annotation.py プロジェクト: antonwang/pygr

 def __init__(self, url, name, seqDB,itemClass=AnnotationSeq,
              itemSliceClass=AnnotationSlice, autoGC=True, **kwargs):
     if autoGC: # automatically garbage collect unused objects
         self._weakValueDict = classutil.RecentValueDictionary(autoGC)
     else:
         self._weakValueDict = {} # object cache
     self.autoGC = autoGC
     import coordinator
     self.server = coordinator.get_connection(url, name)
     self.url = url
     self.name = name
     self.seqDB = seqDB
     self.sliceDB = AnnotationClientSliceDB(self)
     self.itemClass = itemClass
     self.itemSliceClass = itemSliceClass

コード例 #6

ファイル: annotation.py プロジェクト: mamanambiya/pygr

 def __init__(self,
              url,
              name,
              seqDB,
              itemClass=AnnotationSeq,
              itemSliceClass=AnnotationSlice,
              autoGC=True,
              **kwargs):
     if autoGC:  # automatically garbage collect unused objects
         self._weakValueDict = classutil.RecentValueDictionary(autoGC)
     else:
         self._weakValueDict = {}  # object cache
     self.autoGC = autoGC
     import coordinator
     self.server = coordinator.get_connection(url, name)
     self.url = url
     self.name = name
     self.seqDB = seqDB
     self.sliceDB = AnnotationClientSliceDB(self)
     self.itemClass = itemClass
     self.itemSliceClass = itemSliceClass

コード例 #7

ファイル: seqdb.py プロジェクト: sivarajankumar/pygr

 def _init_subclass(cls, db, url, name, **kwargs):
     import coordinator
     db.server = coordinator.get_connection(url, name)
     db.url = url
     db.name = name
     db.seqInfoDict = SeqLenDictWrapper(db)

コード例 #8

ファイル: seqdb.py プロジェクト: amuralle/pygr

 def _init_subclass(cls, db, url, name, **kwargs):
     import coordinator
     db.server = coordinator.get_connection(url,name)
     db.url = url
     db.name = name
     db.seqInfoDict = SeqLenDictWrapper(db)