コード例 #1
0
ファイル: binary.py プロジェクト: BhairavValera/pdacs
 def set_peek( self, dataset, is_multi_byte=False ):
     if not dataset.dataset.purged:
         dataset.peek  = "Binary UCSC %s file" % self._name
         dataset.blurb = data.nice_size( dataset.get_size() )
     else:
         dataset.peek = 'file does not exist'
         dataset.blurb = 'file purged from disk'
コード例 #2
0
 def set_peek(self, dataset, is_multi_byte=False):
     if not dataset.dataset.purged:
         dataset.peek = 'Image in %s format' % dataset.extension
         dataset.blurb = data.nice_size(dataset.get_size())
     else:
         dataset.peek = 'file does not exist'
         dataset.blurb = 'file purged from disk'
コード例 #3
0
ファイル: binary.py プロジェクト: usegalaxy-eu/galaxy
 def set_peek( self, dataset, is_multi_byte=False ):
     if not dataset.dataset.purged:
         dataset.peek  = "Gemini SQLite Database, version %s" % ( dataset.metadata.gemini_version or 'unknown' )
         dataset.blurb = data.nice_size( dataset.get_size() )
     else:
         dataset.peek = 'file does not exist'
         dataset.blurb = 'file purged from disk'
コード例 #4
0
ファイル: binary.py プロジェクト: gigascience/galaxy
 def set_peek( self, dataset, is_multi_byte=False ):
     if not dataset.dataset.purged:
         dataset.peek = "Gemini SQLite Database, version %s" % ( dataset.metadata.gemini_version or 'unknown' )
         dataset.blurb = data.nice_size( dataset.get_size() )
     else:
         dataset.peek = 'file does not exist'
         dataset.blurb = 'file purged from disk'
コード例 #5
0
ファイル: genetics.py プロジェクト: cidvbi/PathogenPortal
 def set_peek( self, dataset, **kwd ):
     if not dataset.dataset.purged:
         dataset.peek  = "Binary RGenetics file"
         dataset.blurb = data.nice_size( dataset.get_size() )
     else:
         dataset.peek = 'file does not exist'
         dataset.blurb = 'file purged from disk'
コード例 #6
0
ファイル: sequence.py プロジェクト: dbcls/dbcls-galaxy
 def set_peek( self, dataset ):
     if not dataset.dataset.purged:
         dataset.peek = data.get_file_peek( dataset.file_name )
         dataset.blurb = data.nice_size( dataset.get_size() )
     else:
         dataset.peek = 'file does not exist'
         dataset.blurb = 'file purged from disk'
コード例 #7
0
 def set_peek(self, dataset, is_multi_byte=False):
     if not dataset.dataset.purged:
         dataset.peek = "HTML file"
         dataset.blurb = data.nice_size(dataset.get_size())
     else:
         dataset.peek = 'file does not exist'
         dataset.blurb = 'file purged from disk'
コード例 #8
0
ファイル: images.py プロジェクト: gigascience/galaxy
 def set_peek( self, dataset, is_multi_byte=False ):
     if not dataset.dataset.purged:
         dataset.peek = "HTML file"
         dataset.blurb = data.nice_size( dataset.get_size() )
     else:
         dataset.peek = 'file does not exist'
         dataset.blurb = 'file purged from disk'
コード例 #9
0
ファイル: images.py プロジェクト: gigascience/galaxy
 def set_peek( self, dataset, is_multi_byte=False ):
     if not dataset.dataset.purged:
         dataset.peek = 'Image in %s format' % dataset.extension
         dataset.blurb = data.nice_size( dataset.get_size() )
     else:
         dataset.peek = 'file does not exist'
         dataset.blurb = 'file purged from disk'
コード例 #10
0
ファイル: binary.py プロジェクト: Anderrb/Dynamic-benchmark
 def set_peek(self, dataset, is_multi_byte=False):
     if not dataset.dataset.purged:
         dataset.peek = "Binary ab1 sequence file"
         dataset.blurb = data.nice_size(dataset.get_size())
     else:
         dataset.peek = "file does not exist"
         dataset.blurb = "file purged from disk"
コード例 #11
0
ファイル: genetics.py プロジェクト: anzh154/ReproPhyloGalaxy
 def set_peek(self, dataset, **kwd):
     if not dataset.dataset.purged:
         dataset.peek = "Binary RGenetics file"
         dataset.blurb = data.nice_size(dataset.get_size())
     else:
         dataset.peek = 'file does not exist'
         dataset.blurb = 'file purged from disk'
コード例 #12
0
ファイル: binary.py プロジェクト: msGenDev/galaxy-central
 def set_peek( self, dataset, is_multi_byte=False ):
     if not dataset.dataset.purged:
         dataset.peek  = "Binary UCSC %s file" % self._name
         dataset.blurb = data.nice_size( dataset.get_size() )
     else:
         dataset.peek = 'file does not exist'
         dataset.blurb = 'file purged from disk'
コード例 #13
0
ファイル: binary.py プロジェクト: msGenDev/galaxy-central
 def set_peek( self, dataset, is_multi_byte=False ):
     """Set the peek and blurb text"""
     if not dataset.dataset.purged:
         dataset.peek = 'binary data'
         dataset.blurb = data.nice_size( dataset.get_size() )
     else:
         dataset.peek = 'file does not exist'
         dataset.blurb = 'file purged from disk'
コード例 #14
0
 def set_peek( self, dataset, is_multi_byte=False ):
     if not dataset.dataset.purged:
         export_url = "/history_add_to?" + urlencode( {'history_id':dataset.history_id,'ext':'ab1','name':'ab1 sequence','info':'Sequence file','dbkey':dataset.dbkey} )
         dataset.peek  = "Binary ab1 sequence file"
         dataset.blurb = data.nice_size( dataset.get_size() )
     else:
         dataset.peek = 'file does not exist'
         dataset.blurb = 'file purged from disk'
コード例 #15
0
ファイル: binary.py プロジェクト: BhairavValera/pdacs
 def set_peek( self, dataset, is_multi_byte=False ):
     """Set the peek and blurb text"""
     if not dataset.dataset.purged:
         dataset.peek = 'binary data'
         dataset.blurb = data.nice_size( dataset.get_size() )
     else:
         dataset.peek = 'file does not exist'
         dataset.blurb = 'file purged from disk'
コード例 #16
0
ファイル: binary.py プロジェクト: msGenDev/Yeps-EURAC
 def set_peek( self, dataset, is_multi_byte=False ):
     if not dataset.dataset.purged:
         zip_file = zipfile.ZipFile( dataset.file_name, "r" )
         num_files = len( zip_file.namelist() )
         dataset.peek  = "Archive of %s binary sequence files" % ( str( num_files ) )
         dataset.blurb = data.nice_size( dataset.get_size() )
     else:
         dataset.peek = 'file does not exist'
         dataset.blurb = 'file purged from disk'
コード例 #17
0
 def set_peek( self, dataset, is_multi_byte=False ):
     if not dataset.dataset.purged:
         zip_file = zipfile.ZipFile( dataset.file_name, "r" )
         num_files = len( zip_file.namelist() )
         dataset.peek  = "Archive of %s files" % ( str( num_files ) )
         dataset.blurb = data.nice_size( dataset.get_size() )
     else:
         dataset.peek = 'file does not exist'
         dataset.blurb = 'file purged from disk'
コード例 #18
0
ファイル: sequence.py プロジェクト: msGenDev/Yeps-EURAC
 def set_peek( self, dataset, is_multi_byte=False ):
     if not dataset.dataset.purged:
         dataset.peek = data.get_file_peek( dataset.file_name, is_multi_byte=is_multi_byte )
         if dataset.metadata.sequences:
             dataset.blurb = "%s sequences" % util.commaify( str( dataset.metadata.sequences ) )
         else:
             dataset.blurb = data.nice_size( dataset.get_size() )
     else:
         dataset.peek = 'file does not exist'
         dataset.blurb = 'file purged from disk'
コード例 #19
0
 def set_peek( self, dataset, is_multi_byte=False ):
     if not dataset.dataset.purged:
         dataset.peek = data.get_file_peek( dataset.file_name, is_multi_byte=is_multi_byte )
         if dataset.metadata.sequences:
             dataset.blurb = "%s sequences" % util.commaify( str( dataset.metadata.sequences ) )
         else:
             dataset.blurb = data.nice_size( dataset.get_size() )
     else:
         dataset.peek = 'file does not exist'
         dataset.blurb = 'file purged from disk'
コード例 #20
0
ファイル: qualityscore.py プロジェクト: dbcls/dbcls-galaxy
 def set_peek( self, dataset, line_count=None ):
     if not dataset.dataset.purged:
         dataset.peek = data.get_file_peek( dataset.file_name )
         if line_count is None:
             dataset.blurb = data.nice_size( dataset.get_size() )
         else:
             dataset.blurb = "%s lines, 454 Quality score file" % util.commaify( str( line_count ) )
     else:
         dataset.peek = 'file does not exist'
         dataset.blurb = 'file purged from disk'
コード例 #21
0
ファイル: binary.py プロジェクト: msGenDev/galaxy-central
 def set_peek( self, dataset, is_multi_byte=False ):
     if not dataset.dataset.purged:
         dataset.peek  = "SQLite Database"
         lines = ['SQLite Database']
         if dataset.metadata.tables:
             for table in dataset.metadata.tables:
                 try:
                     lines.append('%s [%s]' % (table,dataset.metadata.table_row_count[table]))
                 except:
                     continue
         dataset.peek = '\n'.join(lines)
         dataset.blurb = data.nice_size( dataset.get_size() )
     else:
         dataset.peek = 'file does not exist'
         dataset.blurb = 'file purged from disk'
コード例 #22
0
ファイル: binary.py プロジェクト: BhairavValera/pdacs
 def set_peek( self, dataset, is_multi_byte=False ):
     if not dataset.dataset.purged:
         dataset.peek  = "SQLite Database"
         lines = ['SQLite Database']
         if dataset.metadata.tables:
             for table in dataset.metadata.tables:
                 try:
                     lines.append('%s [%s]' % (table,dataset.metadata.table_row_count[table]))
                 except:
                     continue
         dataset.peek = '\n'.join(lines)
         dataset.blurb = data.nice_size( dataset.get_size() )
     else:
         dataset.peek = 'file does not exist'
         dataset.blurb = 'file purged from disk'
コード例 #23
0
ファイル: binary.py プロジェクト: msGenDev/galaxy-central
 def display_peek( self, dataset ):
     try:
         return dataset.peek
     except:
         return "Binary UCSC %s file (%s)" % ( self._name, data.nice_size( dataset.get_size() ) )
コード例 #24
0
 def display_peek( self, dataset ):
     try:
         return dataset.peek
     except:
         return "Media (OGG) file (%s)" % ( data.nice_size( dataset.get_size() ) )
コード例 #25
0
ファイル: binary.py プロジェクト: msGenDev/galaxy-central
 def display_peek( self, dataset ):
     try:
         return dataset.peek
     except:
         return "Binary sff file (%s)" % ( data.nice_size( dataset.get_size() ) )
コード例 #26
0
ファイル: binary.py プロジェクト: BhairavValera/pdacs
 def display_peek( self, dataset ):
     try:
         return dataset.peek
     except:
         return "Binary bam alignments file (%s)" % ( data.nice_size( dataset.get_size() ) )
コード例 #27
0
ファイル: images.py プロジェクト: dbcls/dbcls-galaxy
 def display_peek(self, dataset):
     try:
         return dataset.peek
     except:
         return "Text sequence file archive (%s)" % ( data.nice_size( dataset.get_size() ) )
コード例 #28
0
 def display_peek( self, dataset ):
     try:
         return dataset.peek
     except:
         return "Video (AVI) file (%s)" % ( data.nice_size( dataset.get_size() ) )
コード例 #29
0
 def display_peek( self, dataset ):
     try:
         return dataset.peek
     except:
         return "Binary file archive (%s)" % ( data.nice_size( dataset.get_size() ) )
コード例 #30
0
ファイル: binary.py プロジェクト: BhairavValera/pdacs
 def display_peek( self, dataset ):
     try:
         return dataset.peek
     except:
         return "SQLite Database (%s)" % ( data.nice_size( dataset.get_size() ) )
コード例 #31
0
ファイル: binary.py プロジェクト: BhairavValera/pdacs
 def display_peek(self, dataset):
     try:
         return dataset.peek
     except:
         return "Binary TwoBit format nucleotide file (%s)" % (data.nice_size(dataset.get_size()))
コード例 #32
0
ファイル: binary.py プロジェクト: BhairavValera/pdacs
 def set_peek(self, dataset, is_multi_byte=False):
     if not dataset.dataset.purged:
         dataset.peek = "Binary TwoBit format nucleotide file"
         dataset.blurb = data.nice_size(dataset.get_size())
     else:
         return super(TwoBit, self).set_peek(dataset, is_multi_byte)
コード例 #33
0
ファイル: qualityscore.py プロジェクト: dbcls/dbcls-galaxy
 def display_peek(self, dataset):
     try:
         return dataset.peek
     except:
         return "454 Quality score file (%s)" % ( data.nice_size( dataset.get_size() ) )
コード例 #34
0
 def display_peek(self, dataset):
     try:
         return dataset.peek
     except:
         return 'Binary sra file (%s)' % (data.nice_size(
             dataset.get_size()))
コード例 #35
0
ファイル: binary.py プロジェクト: msGenDev/galaxy-central
 def set_peek(self, dataset, is_multi_byte=False):
     if not dataset.dataset.purged:
         dataset.peek = "Binary TwoBit format nucleotide file"
         dataset.blurb = data.nice_size(dataset.get_size())
     else:
         return super(TwoBit, self).set_peek(dataset, is_multi_byte)
コード例 #36
0
ファイル: binary.py プロジェクト: BhairavValera/pdacs
 def display_peek( self, dataset ):
     try:
         return dataset.peek
     except:
         return "Binary ab1 sequence file (%s)" % ( data.nice_size( dataset.get_size() ) )
コード例 #37
0
ファイル: binary.py プロジェクト: msGenDev/galaxy-central
 def display_peek(self, dataset):
     try:
         return dataset.peek
     except:
         return "Binary TwoBit format nucleotide file (%s)" % (data.nice_size(dataset.get_size()))
コード例 #38
0
ファイル: images.py プロジェクト: jmchilton/galaxy-central
 def set_peek(self, dataset):
     dataset.peek = "HTML file (%s)" % (data.nice_size(dataset.get_size()))
     dataset.blurb = data.nice_size(dataset.get_size())
コード例 #39
0
ファイル: binary.py プロジェクト: msGenDev/galaxy-central
 def display_peek( self, dataset ):
     try:
         return dataset.peek
     except:
         return "SQLite Database (%s)" % ( data.nice_size( dataset.get_size() ) )
コード例 #40
0
ファイル: binary.py プロジェクト: gigascience/galaxy
 def display_peek( self, dataset ):
     try:
         return dataset.peek
     except:
         return "Compressed binary file (%s)" % ( data.nice_size( dataset.get_size() ) )
コード例 #41
0
 def display_peek( self, dataset ):
     try:
         return dataset.peek
     except:
         return "Audio (MP3) file (%s)" % ( data.nice_size( dataset.get_size() ) )
コード例 #42
0
ファイル: images.py プロジェクト: jmchilton/galaxy-central
 def set_peek(self, dataset):
     dataset.peek = 'Image in %s format (%s)' % (
         dataset.extension, data.nice_size(dataset.get_size()))
     dataset.blurb = 'image'
コード例 #43
0
ファイル: images.py プロジェクト: blankenberg/galaxy-central
 def set_peek( self, dataset ):
     dataset.peek  = "HTML file (%s)" % ( data.nice_size( dataset.get_size() ) )
     dataset.blurb = data.nice_size( dataset.get_size() )
コード例 #44
0
 def display_peek(self, dataset):
     try:
         return dataset.peek
     except:
         return "Compressed binary file (%s)" % (data.nice_size(
             dataset.get_size()))
コード例 #45
0
ファイル: binary.py プロジェクト: BhairavValera/pdacs
 def display_peek( self, dataset ):
     try:
         return dataset.peek
     except:
         return "Binary UCSC %s file (%s)" % ( self._name, data.nice_size( dataset.get_size() ) )
コード例 #46
0
ファイル: images.py プロジェクト: blankenberg/galaxy-central
 def set_peek( self, dataset ):
     dataset.peek  = 'Image in %s format (%s)' % ( dataset.extension, data.nice_size( dataset.get_size() ) )
     dataset.blurb = 'image'