Python fasta_to_fastaの例

コード例 #1

ファイル: fasta.py プロジェクト: bgruening/EDeN

def fasta_to_sequence(input, **options):
    """Load sequences tuples from fasta file."""
    lines = fasta_to_fasta(input, **options)
    for line in lines:
        header = line
        seq = lines.next()
        yield header, seq

コード例 #2

ファイル: fasta.py プロジェクト: bgruening/EDeN

def fasta_to_sequence(input, **options):
    """Load sequences tuples from fasta file."""
    lines = fasta_to_fasta(input, **options)
    for line in lines:
        header = line
        seq = lines.next()
        yield header, seq

コード例 #3

ファイル: fasta.py プロジェクト: BackofenLab/Graphlearn_long_range

def fasta_to_sequence(input, **options):
    """Load sequences tuples from fasta file."""

    lines = fasta_to_fasta(input, **options)
    for line in lines:
        header = line
        seq = lines.next()
        if len(seq) == 0:
            raise Exception('ERROR: empty sequence')
        yield header, seq