Python ValidateFastaAlignment.does_each_sequence_have_the_same_lengthの例

コード例 #1

ファイル: test_validate_fasta_input.py プロジェクト: andrewjpage/gubbins

 def test_are_all_sequences_the_same_length(self):
     validate_fasta = ValidateFastaAlignment('gubbins/tests/data/valid_alignment.aln')
     self.assertTrue(validate_fasta.does_each_sequence_have_the_same_length())
     self.assertTrue(validate_fasta.is_input_fasta_file_valid())
     
     validate_fasta = ValidateFastaAlignment('gubbins/tests/data/sequences_of_different_lengths.fa')
     self.assertFalse(validate_fasta.does_each_sequence_have_the_same_length())
     self.assertFalse(validate_fasta.is_input_fasta_file_valid())

コード例 #2

ファイル: test_validate_fasta_input.py プロジェクト: puethe/gubbins

    def test_are_all_sequences_the_same_length(self):
        validate_fasta = ValidateFastaAlignment(
            'gubbins/tests/data/valid_alignment.aln')
        self.assertTrue(
            validate_fasta.does_each_sequence_have_the_same_length())
        self.assertTrue(validate_fasta.is_input_fasta_file_valid())

        validate_fasta = ValidateFastaAlignment(
            'gubbins/tests/data/sequences_of_different_lengths.fa')
        self.assertFalse(
            validate_fasta.does_each_sequence_have_the_same_length())
        self.assertFalse(validate_fasta.is_input_fasta_file_valid())

コード例 #3

ファイル: test_validate_fasta_input.py プロジェクト: zhaoxia413/gubbins

    def test_are_all_sequences_the_same_length(self):
        validate_fasta = ValidateFastaAlignment(
            os.path.join(data_dir, 'valid_alignment.aln'))
        self.assertTrue(
            validate_fasta.does_each_sequence_have_the_same_length())
        self.assertTrue(validate_fasta.is_input_fasta_file_valid())

        validate_fasta = ValidateFastaAlignment(
            os.path.join(data_dir, 'sequences_of_different_lengths.fa'))
        self.assertFalse(
            validate_fasta.does_each_sequence_have_the_same_length())
        self.assertFalse(validate_fasta.is_input_fasta_file_valid())