Python ValidateFastaAlignment.does_each_sequence_have_a_name_and_genomic_dataの例

コード例 #1

ファイル: test_validate_fasta_input.py プロジェクト: puethe/gubbins

 def test_does_the_sequence_have_sensible_characters(self):
     validate_fasta = ValidateFastaAlignment(
         'gubbins/tests/data/sequence_with_odd_chars.fa')
     self.assertFalse(
         validate_fasta.does_each_sequence_have_a_name_and_genomic_data())
     self.assertFalse(validate_fasta.is_input_fasta_file_valid())

コード例 #2

ファイル: test_validate_fasta_input.py プロジェクト: puethe/gubbins

 def test_does_each_sequence_have_a_name(self):
     validate_fasta = ValidateFastaAlignment(
         'gubbins/tests/data/sequence_without_a_name.fa')
     self.assertFalse(
         validate_fasta.does_each_sequence_have_a_name_and_genomic_data())
     self.assertFalse(validate_fasta.is_input_fasta_file_valid())

コード例 #3

ファイル: test_validate_fasta_input.py プロジェクト: andrewjpage/gubbins

 def test_does_the_sequence_have_sensible_characters(self):
     validate_fasta = ValidateFastaAlignment('gubbins/tests/data/sequence_with_odd_chars.fa')
     self.assertFalse(validate_fasta.does_each_sequence_have_a_name_and_genomic_data())
     self.assertFalse(validate_fasta.is_input_fasta_file_valid())

コード例 #4

ファイル: test_validate_fasta_input.py プロジェクト: zhaoxia413/gubbins

 def test_does_each_sequence_have_a_name(self):
     validate_fasta = ValidateFastaAlignment(
         os.path.join(data_dir, 'sequence_without_a_name.fa'))
     self.assertFalse(
         validate_fasta.does_each_sequence_have_a_name_and_genomic_data())
     self.assertFalse(validate_fasta.is_input_fasta_file_valid())

コード例 #5

ファイル: test_validate_fasta_input.py プロジェクト: andrewjpage/gubbins

 def test_does_each_sequence_have_a_name(self):
     validate_fasta = ValidateFastaAlignment('gubbins/tests/data/sequence_without_a_name.fa')
     self.assertFalse(validate_fasta.does_each_sequence_have_a_name_and_genomic_data())
     self.assertFalse(validate_fasta.is_input_fasta_file_valid())