def test_transcriptmapper_TranscriptMapper_LCE3C(self): """NM_178434.2: LCE3C single exon, strand = +1, all coordinate input/output are in HGVS""" tx_ac = "NM_178434.2" alt_ac = "NC_000001.10" tm = TranscriptMapper(self.hdp, tx_ac, alt_ac, alt_aln_method="splign") parser = hgvs.parser.Parser() test_cases = [ # 5' { "g": parser.parse_g_interval("152573138"), "n": parser.parse_n_interval("1"), "c": parser.parse_c_interval("-70") }, { "g": parser.parse_g_interval("152573140"), "n": parser.parse_n_interval("3"), "c": parser.parse_c_interval("-68") }, # cds { "g": parser.parse_g_interval("152573207"), "n": parser.parse_n_interval("70"), "c": parser.parse_c_interval("-1") }, { "g": parser.parse_g_interval("152573208"), "n": parser.parse_n_interval("71"), "c": parser.parse_c_interval("1") }, # 3' { "g": parser.parse_g_interval("152573492"), "n": parser.parse_n_interval("355"), "c": parser.parse_c_interval("285") }, { "g": parser.parse_g_interval("152573493"), "n": parser.parse_n_interval("356"), "c": parser.parse_c_interval("*1") }, { "g": parser.parse_g_interval("152573560"), "n": parser.parse_n_interval("423"), "c": parser.parse_c_interval("*68") }, { "g": parser.parse_g_interval("152573562"), "n": parser.parse_n_interval("425"), "c": parser.parse_c_interval("*70") }, ] self.run_cases(tm, test_cases)
def test_transcriptmapper_TranscriptMapper_HIST3H2A(self): """NM_033445.2: LCE3C single exon, strand = -1, all coordinate input/output are in HGVS""" tx_ac = "NM_033445.2" alt_ac = "NC_000001.10" tm = TranscriptMapper(self.hdp, tx_ac, alt_ac, alt_aln_method="splign") parser = hgvs.parser.Parser() test_cases = [ # 3' { "g": parser.parse_g_interval("228645560"), "n": parser.parse_n_interval("1"), "c": parser.parse_c_interval("-42") }, { "g": parser.parse_g_interval("228645558"), "n": parser.parse_n_interval("3"), "c": parser.parse_c_interval("-40") }, # cds { "g": parser.parse_g_interval("228645519"), "n": parser.parse_n_interval("42"), "c": parser.parse_c_interval("-1") }, { "g": parser.parse_g_interval("228645518"), "n": parser.parse_n_interval("43"), "c": parser.parse_c_interval("1") }, # 5' { "g": parser.parse_g_interval("228645126"), "n": parser.parse_n_interval("435"), "c": parser.parse_c_interval("393") }, { "g": parser.parse_g_interval("228645125"), "n": parser.parse_n_interval("436"), "c": parser.parse_c_interval("*1") }, { "g": parser.parse_g_interval("228645124"), "n": parser.parse_n_interval("437"), "c": parser.parse_c_interval("*2") }, { "g": parser.parse_g_interval("228645065"), "n": parser.parse_n_interval("496"), "c": parser.parse_c_interval("*61") }, ] self.run_cases(tm, test_cases)
def test_transcriptmapper_TranscriptMapper_LCE3C_uncertain(self): """Use NM_178434.2 tests to test mapping with uncertain positions""" tx_ac = "NM_178434.2" alt_ac = "NC_000001.10" tm = TranscriptMapper(self.hdp, tx_ac, alt_ac, alt_aln_method="splign") parser = hgvs.parser.Parser() test_cases = [ { "g": parser.parse_g_interval("(152573138)"), "n": parser.parse_n_interval("(1)"), "c": parser.parse_c_interval("(-70)") }, { "g": parser.parse_g_interval("(152573138_152573139)"), "n": parser.parse_n_interval("(1_2)"), "c": parser.parse_c_interval("(-70_-69)") }, # ? is not yet supported # {"g": parser.parse_g_interval("(?_152573139)"), "n": parser.parse_n_interval("(?_2)"), "c": parser.parse_c_interval("(?_-69)")}, # {"g": parser.parse_g_interval("(152573138_?)"), "n": parser.parse_n_interval("(1_?)"), "c": parser.parse_c_interval("(-70_?)")}, ] self.run_cases(tm, test_cases)
def test_transcriptmapper_TranscriptMapper_LCE2B(self): """NM_014357.4: LCE2B, two exons, strand = +1, all coordinate input/output are in HGVS""" tx_ac = 'NM_014357.4' alt_ac = 'NC_000001.10' tm = TranscriptMapper(self.hdp, tx_ac, alt_ac, alt_aln_method='splign') parser = hgvs.parser.Parser() test_cases = [ # 5' {'g': parser.parse_g_interval('152658599'), 'r': parser.parse_r_interval('1'), 'c': parser.parse_c_interval('-54')}, {'g': parser.parse_g_interval('152658601'), 'r': parser.parse_r_interval('3'), 'c': parser.parse_c_interval('-52')}, # cds {'g': parser.parse_g_interval('152659319'), 'r': parser.parse_r_interval('54'), 'c': parser.parse_c_interval('-1')}, {'g': parser.parse_g_interval('152659320'), 'r': parser.parse_r_interval('55'), 'c': parser.parse_c_interval('1')}, # around end of exon 1 {'g': parser.parse_g_interval('152658632'), 'r': parser.parse_r_interval('34'), 'c': parser.parse_c_interval('-21')}, {'g': parser.parse_g_interval('152658633'), 'r': parser.parse_r_interval('34+1'), 'c': parser.parse_c_interval('-21+1')}, # span {'g': parser.parse_g_interval('152658633_152659299'), 'r': parser.parse_r_interval('34+1_35-1'), 'c': parser.parse_c_interval('-21+1_-20-1')}, # around beginning of exon 2 {'g': parser.parse_g_interval('152659300'), 'r': parser.parse_r_interval('35'), 'c': parser.parse_c_interval('-20')}, {'g': parser.parse_g_interval('152659299'), 'r': parser.parse_r_interval('35-1'), 'c': parser.parse_c_interval('-20-1')}, # around end of exon 2 {'g': parser.parse_g_interval('152659652'), 'r': parser.parse_r_interval('387'), 'c': parser.parse_c_interval('333')}, {'g': parser.parse_g_interval('152659653'), 'r': parser.parse_r_interval('388'), 'c': parser.parse_c_interval('*1')}, # span {'g': parser.parse_g_interval('152659651_152659654'), 'r': parser.parse_r_interval('386_389'), 'c': parser.parse_c_interval('332_*2')}, # 3' {'g': parser.parse_g_interval('152659877'), 'r': parser.parse_r_interval('612'), 'c': parser.parse_c_interval('*225')}, ] self.run_cases(tm, test_cases)
def test_transcriptmapper_TranscriptMapper_HIST3H2A(self): """NM_033445.2: LCE3C single exon, strand = -1, all coordinate input/output are in HGVS""" tx_ac = 'NM_033445.2' alt_ac = 'NC_000001.10' tm = TranscriptMapper(self.hdp, tx_ac, alt_ac, alt_aln_method='splign') parser = hgvs.parser.Parser() test_cases = [ # 3' {'g': parser.parse_g_interval('228645560'), 'r': parser.parse_r_interval('1'), 'c': parser.parse_c_interval('-42')}, {'g': parser.parse_g_interval('228645558'), 'r': parser.parse_r_interval('3'), 'c': parser.parse_c_interval('-40')}, # cds {'g': parser.parse_g_interval('228645519'), 'r': parser.parse_r_interval('42'), 'c': parser.parse_c_interval('-1')}, {'g': parser.parse_g_interval('228645518'), 'r': parser.parse_r_interval('43'), 'c': parser.parse_c_interval('1')}, # 5' {'g': parser.parse_g_interval('228645126'), 'r': parser.parse_r_interval('435'), 'c': parser.parse_c_interval('393')}, {'g': parser.parse_g_interval('228645125'), 'r': parser.parse_r_interval('436'), 'c': parser.parse_c_interval('*1')}, {'g': parser.parse_g_interval('228645124'), 'r': parser.parse_r_interval('437'), 'c': parser.parse_c_interval('*2')}, {'g': parser.parse_g_interval('228645065'), 'r': parser.parse_r_interval('496'), 'c': parser.parse_c_interval('*61')}, ] self.run_cases(tm, test_cases)
def test_transcriptmapper_TranscriptMapper_LCE3C(self): """NM_178434.2: LCE3C single exon, strand = +1, all coordinate input/output are in HGVS""" tx_ac = 'NM_178434.2' alt_ac = 'NC_000001.10' tm = TranscriptMapper(self.hdp, tx_ac, alt_ac, alt_aln_method='splign') parser = hgvs.parser.Parser() test_cases = [ # 5' {'g': parser.parse_g_interval('152573138'), 'r': parser.parse_r_interval('1'), 'c': parser.parse_c_interval('-70')}, {'g': parser.parse_g_interval('152573140'), 'r': parser.parse_r_interval('3'), 'c': parser.parse_c_interval('-68')}, # cds {'g': parser.parse_g_interval('152573207'), 'r': parser.parse_r_interval('70'), 'c': parser.parse_c_interval('-1')}, {'g': parser.parse_g_interval('152573208'), 'r': parser.parse_r_interval('71'), 'c': parser.parse_c_interval('1')}, # 3' {'g': parser.parse_g_interval('152573492'), 'r': parser.parse_r_interval('355'), 'c': parser.parse_c_interval('285')}, {'g': parser.parse_g_interval('152573493'), 'r': parser.parse_r_interval('356'), 'c': parser.parse_c_interval('*1')}, {'g': parser.parse_g_interval('152573560'), 'r': parser.parse_r_interval('423'), 'c': parser.parse_c_interval('*68')}, {'g': parser.parse_g_interval('152573562'), 'r': parser.parse_r_interval('425'), 'c': parser.parse_c_interval('*70')}, ] self.run_cases(tm, test_cases)
def test_transcriptmapper_TranscriptMapper_LCE3C_uncertain(self): """Use NM_178434.2 tests to test mapping with uncertain positions""" tx_ac = 'NM_178434.2' alt_ac = 'NC_000001.10' tm = TranscriptMapper(self.hdp, tx_ac, alt_ac, alt_aln_method='splign') parser = hgvs.parser.Parser() test_cases = [ {'g': parser.parse_g_interval('(152573138)'), 'r': parser.parse_r_interval('(1)'), 'c': parser.parse_c_interval('(-70)')}, {'g': parser.parse_g_interval('(152573138_152573139)'), 'r': parser.parse_r_interval('(1_2)'), 'c': parser.parse_c_interval('(-70_-69)')}, # ? is not yet supported # {'g': parser.parse_g_interval('(?_152573139)'), 'r': parser.parse_r_interval('(?_2)'), 'c': parser.parse_c_interval('(?_-69)')}, # {'g': parser.parse_g_interval('(152573138_?)'), 'r': parser.parse_r_interval('(1_?)'), 'c': parser.parse_c_interval('(-70_?)')}, ] self.run_cases(tm, test_cases)
def test_transcriptmapper_TranscriptMapper_PTH2(self): """NM_178449.3: PTH2, two exons, strand = -1, all coordinate input/output are in HGVS""" tx_ac = 'NM_178449.3' alt_ac = 'NC_000019.9' tm = TranscriptMapper(self.hdp, tx_ac, alt_ac, alt_aln_method='splign') parser = hgvs.parser.Parser() test_cases = [ # 3' {'g': parser.parse_g_interval('49926698'), 'r': parser.parse_r_interval('1'), 'c': parser.parse_c_interval('-102')}, # cds {'g': parser.parse_g_interval('49926597'), 'r': parser.parse_r_interval('102'), 'c': parser.parse_c_interval('-1')}, {'g': parser.parse_g_interval('49926596'), 'r': parser.parse_r_interval('103'), 'c': parser.parse_c_interval('1')}, # around end of exon 1 {'g': parser.parse_g_interval('49926469'), 'r': parser.parse_r_interval('230'), 'c': parser.parse_c_interval('128')}, {'g': parser.parse_g_interval('49926468'), 'r': parser.parse_r_interval('230+1'), 'c': parser.parse_c_interval('128+1')}, # span {'g': parser.parse_g_interval('49925901_49926467'), 'r': parser.parse_r_interval('230+2_231-2'), 'c': parser.parse_c_interval('128+2_129-2')}, # around beginning of exon 2 {'g': parser.parse_g_interval('49925900'), 'r': parser.parse_r_interval('231-1'), 'c': parser.parse_c_interval('129-1')}, {'g': parser.parse_g_interval('49925899'), 'r': parser.parse_r_interval('231'), 'c': parser.parse_c_interval('129')}, # around end of exon 2 {'g': parser.parse_g_interval('49925725'), 'r': parser.parse_r_interval('405'), 'c': parser.parse_c_interval('303')}, {'g': parser.parse_g_interval('49925724'), 'r': parser.parse_r_interval('406'), 'c': parser.parse_c_interval('*1')}, {'g': parser.parse_g_interval('49925671'), 'r': parser.parse_r_interval('459'), 'c': parser.parse_c_interval('*54')}, ] self.run_cases(tm, test_cases)
def test_transcriptmapper_TranscriptMapper_PTH2(self): """NM_178449.3: PTH2, two exons, strand = -1, all coordinate input/output are in HGVS""" tx_ac = "NM_178449.3" alt_ac = "NC_000019.9" tm = TranscriptMapper(self.hdp, tx_ac, alt_ac, alt_aln_method="splign") parser = hgvs.parser.Parser() test_cases = [ # 3' { "g": parser.parse_g_interval("49926698"), "n": parser.parse_n_interval("1"), "c": parser.parse_c_interval("-102") }, # cds { "g": parser.parse_g_interval("49926597"), "n": parser.parse_n_interval("102"), "c": parser.parse_c_interval("-1") }, { "g": parser.parse_g_interval("49926596"), "n": parser.parse_n_interval("103"), "c": parser.parse_c_interval("1") }, # around end of exon 1 { "g": parser.parse_g_interval("49926469"), "n": parser.parse_n_interval("230"), "c": parser.parse_c_interval("128") }, { "g": parser.parse_g_interval("49926468"), "n": parser.parse_n_interval("230+1"), "c": parser.parse_c_interval("128+1") }, # span { "g": parser.parse_g_interval("49925901_49926467"), "n": parser.parse_n_interval("230+2_231-2"), "c": parser.parse_c_interval("128+2_129-2") }, # around beginning of exon 2 { "g": parser.parse_g_interval("49925900"), "n": parser.parse_n_interval("231-1"), "c": parser.parse_c_interval("129-1") }, { "g": parser.parse_g_interval("49925899"), "n": parser.parse_n_interval("231"), "c": parser.parse_c_interval("129") }, # around end of exon 2 { "g": parser.parse_g_interval("49925725"), "n": parser.parse_n_interval("405"), "c": parser.parse_c_interval("303") }, { "g": parser.parse_g_interval("49925724"), "n": parser.parse_n_interval("406"), "c": parser.parse_c_interval("*1") }, { "g": parser.parse_g_interval("49925671"), "n": parser.parse_n_interval("459"), "c": parser.parse_c_interval("*54") }, ] self.run_cases(tm, test_cases)
def test_transcriptmapper_TranscriptMapper_LCE2B(self): """NM_014357.4: LCE2B, two exons, strand = +1, all coordinate input/output are in HGVS""" tx_ac = "NM_014357.4" alt_ac = "NC_000001.10" tm = TranscriptMapper(self.hdp, tx_ac, alt_ac, alt_aln_method="splign") parser = hgvs.parser.Parser() test_cases = [ # 5' { "g": parser.parse_g_interval("152658599"), "n": parser.parse_n_interval("1"), "c": parser.parse_c_interval("-54") }, { "g": parser.parse_g_interval("152658601"), "n": parser.parse_n_interval("3"), "c": parser.parse_c_interval("-52") }, # cds { "g": parser.parse_g_interval("152659319"), "n": parser.parse_n_interval("54"), "c": parser.parse_c_interval("-1") }, { "g": parser.parse_g_interval("152659320"), "n": parser.parse_n_interval("55"), "c": parser.parse_c_interval("1") }, # around end of exon 1 { "g": parser.parse_g_interval("152658632"), "n": parser.parse_n_interval("34"), "c": parser.parse_c_interval("-21") }, { "g": parser.parse_g_interval("152658633"), "n": parser.parse_n_interval("34+1"), "c": parser.parse_c_interval("-21+1") }, # span { "g": parser.parse_g_interval("152658633_152659299"), "n": parser.parse_n_interval("34+1_35-1"), "c": parser.parse_c_interval("-21+1_-20-1") }, # around beginning of exon 2 { "g": parser.parse_g_interval("152659300"), "n": parser.parse_n_interval("35"), "c": parser.parse_c_interval("-20") }, { "g": parser.parse_g_interval("152659299"), "n": parser.parse_n_interval("35-1"), "c": parser.parse_c_interval("-20-1") }, # around end of exon 2 { "g": parser.parse_g_interval("152659652"), "n": parser.parse_n_interval("387"), "c": parser.parse_c_interval("333") }, { "g": parser.parse_g_interval("152659653"), "n": parser.parse_n_interval("388"), "c": parser.parse_c_interval("*1") }, # span { "g": parser.parse_g_interval("152659651_152659654"), "n": parser.parse_n_interval("386_389"), "c": parser.parse_c_interval("332_*2") }, # 3' { "g": parser.parse_g_interval("152659877"), "n": parser.parse_n_interval("612"), "c": parser.parse_c_interval("*225") }, ] self.run_cases(tm, test_cases)