Python make_annot_dfの例

コード例 #1

ファイル: smk_debug.py プロジェクト: Erotemic/ibeis

def testdata_dataframe(cfgdict=None, **kwargs):
    from ibeis.algo.hots.smk import smk_debug
    ibs, taids, daids, qaids, qreq_ = smk_debug.testdata_ibeis2(cfgdict=cfgdict, **kwargs)
    print('[smk_debug] testdata_dataframe')
    # Pandas Annotation Dataframe
    annots_df = smk_repr.make_annot_df(ibs)
    nWords = qreq_.qparams.nWords
    return ibs, annots_df, taids, daids, qaids, qreq_, nWords

コード例 #2

def testdata_dataframe(cfgdict=None, **kwargs):
    from ibeis.algo.hots.smk import smk_debug
    ibs, taids, daids, qaids, qreq_ = smk_debug.testdata_ibeis2(
        cfgdict=cfgdict, **kwargs)
    print('[smk_debug] testdata_dataframe')
    # Pandas Annotation Dataframe
    annots_df = smk_repr.make_annot_df(ibs)
    nWords = qreq_.qparams.nWords
    return ibs, annots_df, taids, daids, qaids, qreq_, nWords

コード例 #3

ファイル: smk_match.py プロジェクト: whaozl/ibeis

def execute_smk_L5(qreq_):
    """
    ibeis query interface

    Example:
        >>> from ibeis.algo.hots.smk.smk_match import *  # NOQA
        >>> from ibeis.algo.hots.smk import smk_match
        >>> from ibeis.algo.hots.smk import smk_debug
        >>> ibs, annots_df, daids, qaids, invindex, qreq_ = smk_debug.testdata_internals_full()
        >>> qaid2_scores, qaid2_chipmatch = smk_match.execute_smk_L5(qreq_)

    Dev::
        from ibeis.algo.hots import pipeline
        filt2_meta = {}
        # Get both spatial verified and not
        qaid2_chipmatch_FILT_ = qaid2_chipmatch
        qaid2_chipmatch_SVER_ = pipeline.spatial_verification(qaid2_chipmatch_FILT_, qreq_)
        qaid2_qres_FILT_ = pipeline.chipmatch_to_resdict(qaid2_chipmatch_FILT_, filt2_meta, qreq_)
        qaid2_qres_SVER_ = pipeline.chipmatch_to_resdict(qaid2_chipmatch_SVER_, filt2_meta, qreq_)
        qres_FILT = qaid2_qres_FILT_[qaids[0]]
        qres_SVER = qaid2_qres_SVER_[qaids[0]]
        fig1 = qres_FILT.show_top(ibs, fnum=1, figtitle='filt')
        fig2 = qres_SVER.show_top(ibs, fnum=2, figtitle='sver')
        fig1.show()
        fig2.show()

    CommandLine::
        python -m memory_profiler dev.py --db PZ_Mothers -t smk2 --allgt --index 0
        python dev.py -t smk2 --allgt --db GZ_ALL
        python dev.py -t smk2 --allgt --db GZ_ALL
        python dev.py -t smk2 --allgt --db GZ_ALL --index 2:10 --vf --va
        python dev.py -t smk2 --allgt --db GZ_ALL --index 2:10 --vf --va --print-cfgstr
        python dev.py -t smk2 --allgt --db GZ_ALL --index 2:20 --vf --va
        python dev.py -t smk2 --allgt --db GZ_ALL --noqcache --index 2:20 --va --vf
        python dev.py -t smk2 --allgt --db PZ_Master0 && python dev.py -t smk3 --allgt --db PZ_Master0
        python dev.py -t smk2 --allgt --db PZ_Master0 --index 2:10 --va
        python dev.py -t smk2 --allgt --db PZ_Mothers --index 20:30
        python dev.py -t smk2 --allgt --db PZ_Mothers --noqcache --index 18:20 --super-strict --va
        python dev.py -t smk2 --db PZ_Master0 --qaid 7199 --va --quality --vf --noqcache
        python dev.py -t smk3 --allgt --db GZ_ALL --index 2:10 --vf --va
        python dev.py -t smk5 --allgt --db PZ_Master0 --noqcache ; python dev.py -t smk5 --allgt --db GZ_ALL --noqcache
        python dev.py -t smkd --allgt --db PZ_Mothers --index 1:3 --va --quality --vf --noqcache

        python dev.py -t smk_8k --allgt --db PZ_Mothers --index 20:30 --va --vf
        python dev.py -t smk_8k --allgt --db PZ_Mothers --index 20:30 --echo-hardcase
        python dev.py -t smk_8k --allgt --db PZ_Mothers --index 20:30 --vh
        python dev.py -t smk_8k_compare --allgt --db PZ_Mothers --index 20:30 --view-hard
    """
    memtrack = ut.MemoryTracker('[SMK ENTRY]')
    qaids = qreq_.get_external_qaids()
    ibs = qreq_.ibs
    # Params
    qparams = qreq_.qparams
    memtrack.report('[SMK PREINIT]')
    # Build ~~Pandas~~ dataframe (or maybe not)
    annots_df = smk_repr.make_annot_df(ibs)
    words, invindex = prepare_qreq(qreq_, annots_df, memtrack)
    withinfo = True

    # Execute smk for each query
    memtrack.report('[SMK QREQ INITIALIZED]')
    print('[SMK_MEM] invindex is using ' + ut.get_object_size_str(invindex))
    print('[SMK_MEM] qreq_ is using ' + ut.get_object_size_str(qreq_))

    if ut.DEBUG2:
        from ibeis.algo.hots.smk import smk_debug
        smk_debug.invindex_dbgstr(invindex)

    qaid2_scores, qaid2_chipmatch = execute_smk_L4(annots_df, qaids, invindex,
                                                   qparams, withinfo)
    memtrack.report('[SMK QREQ FINISHED]')
    return qaid2_scores, qaid2_chipmatch

コード例 #4

ファイル: smk_match.py プロジェクト: Erotemic/ibeis

def execute_smk_L5(qreq_):
    """
    ibeis query interface

    Example:
        >>> from ibeis.algo.hots.smk.smk_match import *  # NOQA
        >>> from ibeis.algo.hots.smk import smk_match
        >>> from ibeis.algo.hots.smk import smk_debug
        >>> ibs, annots_df, daids, qaids, invindex, qreq_ = smk_debug.testdata_internals_full()
        >>> qaid2_scores, qaid2_chipmatch = smk_match.execute_smk_L5(qreq_)

    Dev::
        from ibeis.algo.hots import pipeline
        filt2_meta = {}
        # Get both spatial verified and not
        qaid2_chipmatch_FILT_ = qaid2_chipmatch
        qaid2_chipmatch_SVER_ = pipeline.spatial_verification(qaid2_chipmatch_FILT_, qreq_)
        qaid2_qres_FILT_ = pipeline.chipmatch_to_resdict(qaid2_chipmatch_FILT_, filt2_meta, qreq_)
        qaid2_qres_SVER_ = pipeline.chipmatch_to_resdict(qaid2_chipmatch_SVER_, filt2_meta, qreq_)
        qres_FILT = qaid2_qres_FILT_[qaids[0]]
        qres_SVER = qaid2_qres_SVER_[qaids[0]]
        fig1 = qres_FILT.show_top(ibs, fnum=1, figtitle='filt')
        fig2 = qres_SVER.show_top(ibs, fnum=2, figtitle='sver')
        fig1.show()
        fig2.show()

    CommandLine::
        python -m memory_profiler dev.py --db PZ_Mothers -t smk2 --allgt --index 0
        python dev.py -t smk2 --allgt --db GZ_ALL
        python dev.py -t smk2 --allgt --db GZ_ALL
        python dev.py -t smk2 --allgt --db GZ_ALL --index 2:10 --vf --va
        python dev.py -t smk2 --allgt --db GZ_ALL --index 2:10 --vf --va --print-cfgstr
        python dev.py -t smk2 --allgt --db GZ_ALL --index 2:20 --vf --va
        python dev.py -t smk2 --allgt --db GZ_ALL --noqcache --index 2:20 --va --vf
        python dev.py -t smk2 --allgt --db PZ_Master0 && python dev.py -t smk3 --allgt --db PZ_Master0
        python dev.py -t smk2 --allgt --db PZ_Master0 --index 2:10 --va
        python dev.py -t smk2 --allgt --db PZ_Mothers --index 20:30
        python dev.py -t smk2 --allgt --db PZ_Mothers --noqcache --index 18:20 --super-strict --va
        python dev.py -t smk2 --db PZ_Master0 --qaid 7199 --va --quality --vf --noqcache
        python dev.py -t smk3 --allgt --db GZ_ALL --index 2:10 --vf --va
        python dev.py -t smk5 --allgt --db PZ_Master0 --noqcache ; python dev.py -t smk5 --allgt --db GZ_ALL --noqcache
        python dev.py -t smkd --allgt --db PZ_Mothers --index 1:3 --va --quality --vf --noqcache

        python dev.py -t smk_8k --allgt --db PZ_Mothers --index 20:30 --va --vf
        python dev.py -t smk_8k --allgt --db PZ_Mothers --index 20:30 --echo-hardcase
        python dev.py -t smk_8k --allgt --db PZ_Mothers --index 20:30 --vh
        python dev.py -t smk_8k_compare --allgt --db PZ_Mothers --index 20:30 --view-hard
    """
    memtrack = ut.MemoryTracker('[SMK ENTRY]')
    qaids = qreq_.get_external_qaids()
    ibs   = qreq_.ibs
    # Params
    qparams = qreq_.qparams
    memtrack.report('[SMK PREINIT]')
    # Build ~~Pandas~~ dataframe (or maybe not)
    annots_df = smk_repr.make_annot_df(ibs)
    words, invindex = prepare_qreq(qreq_, annots_df, memtrack)
    withinfo = True

    # Execute smk for each query
    memtrack.report('[SMK QREQ INITIALIZED]')
    print('[SMK_MEM] invindex is using ' + ut.get_object_size_str(invindex))
    print('[SMK_MEM] qreq_ is using ' + ut.get_object_size_str(qreq_))

    if ut.DEBUG2:
        from ibeis.algo.hots.smk import smk_debug
        smk_debug.invindex_dbgstr(invindex)

    qaid2_scores, qaid2_chipmatch = execute_smk_L4(annots_df, qaids, invindex, qparams, withinfo)
    memtrack.report('[SMK QREQ FINISHED]')
    return qaid2_scores, qaid2_chipmatch