def testdata_dataframe(cfgdict=None, **kwargs):
from ibeis.algo.hots.smk import smk_debug
ibs, taids, daids, qaids, qreq_ = smk_debug.testdata_ibeis2(cfgdict=cfgdict, **kwargs)
print('[smk_debug] testdata_dataframe')
# Pandas Annotation Dataframe
annots_df = smk_repr.make_annot_df(ibs)
nWords = qreq_.qparams.nWords
return ibs, annots_df, taids, daids, qaids, qreq_, nWords
def testdata_dataframe(cfgdict=None, **kwargs):
from ibeis.algo.hots.smk import smk_debug
ibs, taids, daids, qaids, qreq_ = smk_debug.testdata_ibeis2(
cfgdict=cfgdict, **kwargs)
print('[smk_debug] testdata_dataframe')
# Pandas Annotation Dataframe
annots_df = smk_repr.make_annot_df(ibs)
nWords = qreq_.qparams.nWords
return ibs, annots_df, taids, daids, qaids, qreq_, nWords
def execute_smk_L5(qreq_):
"""
ibeis query interface
Example:
>>> from ibeis.algo.hots.smk.smk_match import * # NOQA
>>> from ibeis.algo.hots.smk import smk_match
>>> from ibeis.algo.hots.smk import smk_debug
>>> ibs, annots_df, daids, qaids, invindex, qreq_ = smk_debug.testdata_internals_full()
>>> qaid2_scores, qaid2_chipmatch = smk_match.execute_smk_L5(qreq_)
Dev::
from ibeis.algo.hots import pipeline
filt2_meta = {}
# Get both spatial verified and not
qaid2_chipmatch_FILT_ = qaid2_chipmatch
qaid2_chipmatch_SVER_ = pipeline.spatial_verification(qaid2_chipmatch_FILT_, qreq_)
qaid2_qres_FILT_ = pipeline.chipmatch_to_resdict(qaid2_chipmatch_FILT_, filt2_meta, qreq_)
qaid2_qres_SVER_ = pipeline.chipmatch_to_resdict(qaid2_chipmatch_SVER_, filt2_meta, qreq_)
qres_FILT = qaid2_qres_FILT_[qaids[0]]
qres_SVER = qaid2_qres_SVER_[qaids[0]]
fig1 = qres_FILT.show_top(ibs, fnum=1, figtitle='filt')
fig2 = qres_SVER.show_top(ibs, fnum=2, figtitle='sver')
fig1.show()
fig2.show()
CommandLine::
python -m memory_profiler dev.py --db PZ_Mothers -t smk2 --allgt --index 0
python dev.py -t smk2 --allgt --db GZ_ALL
python dev.py -t smk2 --allgt --db GZ_ALL
python dev.py -t smk2 --allgt --db GZ_ALL --index 2:10 --vf --va
python dev.py -t smk2 --allgt --db GZ_ALL --index 2:10 --vf --va --print-cfgstr
python dev.py -t smk2 --allgt --db GZ_ALL --index 2:20 --vf --va
python dev.py -t smk2 --allgt --db GZ_ALL --noqcache --index 2:20 --va --vf
python dev.py -t smk2 --allgt --db PZ_Master0 && python dev.py -t smk3 --allgt --db PZ_Master0
python dev.py -t smk2 --allgt --db PZ_Master0 --index 2:10 --va
python dev.py -t smk2 --allgt --db PZ_Mothers --index 20:30
python dev.py -t smk2 --allgt --db PZ_Mothers --noqcache --index 18:20 --super-strict --va
python dev.py -t smk2 --db PZ_Master0 --qaid 7199 --va --quality --vf --noqcache
python dev.py -t smk3 --allgt --db GZ_ALL --index 2:10 --vf --va
python dev.py -t smk5 --allgt --db PZ_Master0 --noqcache ; python dev.py -t smk5 --allgt --db GZ_ALL --noqcache
python dev.py -t smkd --allgt --db PZ_Mothers --index 1:3 --va --quality --vf --noqcache
python dev.py -t smk_8k --allgt --db PZ_Mothers --index 20:30 --va --vf
python dev.py -t smk_8k --allgt --db PZ_Mothers --index 20:30 --echo-hardcase
python dev.py -t smk_8k --allgt --db PZ_Mothers --index 20:30 --vh
python dev.py -t smk_8k_compare --allgt --db PZ_Mothers --index 20:30 --view-hard
"""
memtrack = ut.MemoryTracker('[SMK ENTRY]')
qaids = qreq_.get_external_qaids()
ibs = qreq_.ibs
# Params
qparams = qreq_.qparams
memtrack.report('[SMK PREINIT]')
# Build ~~Pandas~~ dataframe (or maybe not)
annots_df = smk_repr.make_annot_df(ibs)
words, invindex = prepare_qreq(qreq_, annots_df, memtrack)
withinfo = True
# Execute smk for each query
memtrack.report('[SMK QREQ INITIALIZED]')
print('[SMK_MEM] invindex is using ' + ut.get_object_size_str(invindex))
print('[SMK_MEM] qreq_ is using ' + ut.get_object_size_str(qreq_))
if ut.DEBUG2:
from ibeis.algo.hots.smk import smk_debug
smk_debug.invindex_dbgstr(invindex)
qaid2_scores, qaid2_chipmatch = execute_smk_L4(annots_df, qaids, invindex,
qparams, withinfo)
memtrack.report('[SMK QREQ FINISHED]')
return qaid2_scores, qaid2_chipmatch
def execute_smk_L5(qreq_):
"""
ibeis query interface
Example:
>>> from ibeis.algo.hots.smk.smk_match import * # NOQA
>>> from ibeis.algo.hots.smk import smk_match
>>> from ibeis.algo.hots.smk import smk_debug
>>> ibs, annots_df, daids, qaids, invindex, qreq_ = smk_debug.testdata_internals_full()
>>> qaid2_scores, qaid2_chipmatch = smk_match.execute_smk_L5(qreq_)
Dev::
from ibeis.algo.hots import pipeline
filt2_meta = {}
# Get both spatial verified and not
qaid2_chipmatch_FILT_ = qaid2_chipmatch
qaid2_chipmatch_SVER_ = pipeline.spatial_verification(qaid2_chipmatch_FILT_, qreq_)
qaid2_qres_FILT_ = pipeline.chipmatch_to_resdict(qaid2_chipmatch_FILT_, filt2_meta, qreq_)
qaid2_qres_SVER_ = pipeline.chipmatch_to_resdict(qaid2_chipmatch_SVER_, filt2_meta, qreq_)
qres_FILT = qaid2_qres_FILT_[qaids[0]]
qres_SVER = qaid2_qres_SVER_[qaids[0]]
fig1 = qres_FILT.show_top(ibs, fnum=1, figtitle='filt')
fig2 = qres_SVER.show_top(ibs, fnum=2, figtitle='sver')
fig1.show()
fig2.show()
CommandLine::
python -m memory_profiler dev.py --db PZ_Mothers -t smk2 --allgt --index 0
python dev.py -t smk2 --allgt --db GZ_ALL
python dev.py -t smk2 --allgt --db GZ_ALL
python dev.py -t smk2 --allgt --db GZ_ALL --index 2:10 --vf --va
python dev.py -t smk2 --allgt --db GZ_ALL --index 2:10 --vf --va --print-cfgstr
python dev.py -t smk2 --allgt --db GZ_ALL --index 2:20 --vf --va
python dev.py -t smk2 --allgt --db GZ_ALL --noqcache --index 2:20 --va --vf
python dev.py -t smk2 --allgt --db PZ_Master0 && python dev.py -t smk3 --allgt --db PZ_Master0
python dev.py -t smk2 --allgt --db PZ_Master0 --index 2:10 --va
python dev.py -t smk2 --allgt --db PZ_Mothers --index 20:30
python dev.py -t smk2 --allgt --db PZ_Mothers --noqcache --index 18:20 --super-strict --va
python dev.py -t smk2 --db PZ_Master0 --qaid 7199 --va --quality --vf --noqcache
python dev.py -t smk3 --allgt --db GZ_ALL --index 2:10 --vf --va
python dev.py -t smk5 --allgt --db PZ_Master0 --noqcache ; python dev.py -t smk5 --allgt --db GZ_ALL --noqcache
python dev.py -t smkd --allgt --db PZ_Mothers --index 1:3 --va --quality --vf --noqcache
python dev.py -t smk_8k --allgt --db PZ_Mothers --index 20:30 --va --vf
python dev.py -t smk_8k --allgt --db PZ_Mothers --index 20:30 --echo-hardcase
python dev.py -t smk_8k --allgt --db PZ_Mothers --index 20:30 --vh
python dev.py -t smk_8k_compare --allgt --db PZ_Mothers --index 20:30 --view-hard
"""
memtrack = ut.MemoryTracker('[SMK ENTRY]')
qaids = qreq_.get_external_qaids()
ibs = qreq_.ibs
# Params
qparams = qreq_.qparams
memtrack.report('[SMK PREINIT]')
# Build ~~Pandas~~ dataframe (or maybe not)
annots_df = smk_repr.make_annot_df(ibs)
words, invindex = prepare_qreq(qreq_, annots_df, memtrack)
withinfo = True
# Execute smk for each query
memtrack.report('[SMK QREQ INITIALIZED]')
print('[SMK_MEM] invindex is using ' + ut.get_object_size_str(invindex))
print('[SMK_MEM] qreq_ is using ' + ut.get_object_size_str(qreq_))
if ut.DEBUG2:
from ibeis.algo.hots.smk import smk_debug
smk_debug.invindex_dbgstr(invindex)
qaid2_scores, qaid2_chipmatch = execute_smk_L4(annots_df, qaids, invindex, qparams, withinfo)
memtrack.report('[SMK QREQ FINISHED]')
return qaid2_scores, qaid2_chipmatch