Python make_ent_hierarchyの例

コード例 #1

ファイル: update_resources.py プロジェクト: RohitChattopadhyay/indra

def update_entity_hierarchy():
    logger.info('--Updating entity hierarchy----')
    fname = os.path.join(path, 'famplex/relations.csv')
    g = make_ent_hierarchy(fname)
    g_chebi = make_chebi_hierarchy()
    g += g_chebi
    gb = g.serialize(format='nt')
    gb = gb.replace(b'\n\n', b'\n').strip()
    rows = b'\n'.join(sorted(gb.split(b'\n')))
    fname = os.path.join(path, 'entity_hierarchy.rdf')
    with open(fname, 'wb') as fh:
        fh.write(rows)

コード例 #2

ファイル: update_resources.py プロジェクト: jmuhlich/indra

def update_entity_hierarchy():
    logger.info('--Updating entity hierarchy----')
    fname = os.path.join(path, '../../bioentities/relations.csv')
    make_ent_hierarchy(fname)

コード例 #3

def update_entity_hierarchy():
    logger.info('--Updating entity hierarchy----')
    fname = os.path.join(path, '../../bioentities/relations.csv')
    make_ent_hierarchy(fname)