Python _filter_builderの例

コード例 #1

ファイル: clipper_test.py プロジェクト: umich-brcf-bioinf/Katana

 def test_filter_builder_multiple(self):
     transform = MicroMock(primer_pair=MockPrimerPair(is_unmatched=True),
                           is_unmapped=False,
                           is_cigar_valid=False)
     self.assertEquals(["UNMATCHED_PRIMER_PAIR","INVALID_CIGAR"],
                       clipper._filter_builder(transform))
     transform = MicroMock(primer_pair=MockPrimerPair(is_unmatched=True),
                           is_unmapped=True,
                           is_cigar_valid=False)
     self.assertEquals(["UNMAPPED_ALIGNMENT"],
                       clipper._filter_builder(transform))

コード例 #2

ファイル: clipper_test.py プロジェクト: Python3pkg/Katana

 def test_filter_builder_multiple(self):
     transform = MicroMock(primer_pair=MockPrimerPair(is_unmatched=True),
                           is_unmapped=False,
                           is_cigar_valid=False)
     self.assertEquals(["UNMATCHED_PRIMER_PAIR", "INVALID_CIGAR"],
                       clipper._filter_builder(transform))
     transform = MicroMock(primer_pair=MockPrimerPair(is_unmatched=True),
                           is_unmapped=True,
                           is_cigar_valid=False)
     self.assertEquals(["UNMAPPED_ALIGNMENT"],
                       clipper._filter_builder(transform))

コード例 #3

ファイル: clipper_test.py プロジェクト: umich-brcf-bioinf/Katana

 def test_filter_builder_invalidCigar(self):
     transform = MicroMock(primer_pair=MockPrimerPair(is_unmatched=False),
                           is_unmapped=False,
                           is_cigar_valid=False)
     self.assertEquals(["INVALID_CIGAR"],
                       clipper._filter_builder(transform))

コード例 #4

ファイル: clipper_test.py プロジェクト: umich-brcf-bioinf/Katana

 def test_filter_builder_unmappedAlignment(self):
     transform = MicroMock(primer_pair=MockPrimerPair(is_unmatched=False),
                           is_unmapped=True,
                           is_cigar_valid=True)
     self.assertEquals(["UNMAPPED_ALIGNMENT"],
                       clipper._filter_builder(transform))

コード例 #5

ファイル: clipper_test.py プロジェクト: umich-brcf-bioinf/Katana

 def test_filter_builder_unmatchedPrimerPair(self):
     transform = MicroMock(primer_pair=MockPrimerPair(is_unmatched=True),
                           is_unmapped=False,
                           is_cigar_valid=True)
     self.assertEquals(["UNMATCHED_PRIMER_PAIR"],
                       clipper._filter_builder(transform))

コード例 #6

ファイル: clipper_test.py プロジェクト: umich-brcf-bioinf/Katana

 def test_filter_builder_noFilters(self):
     transform = MicroMock(primer_pair=MockPrimerPair(is_unmatched=False),
                           is_unmapped=False,
                           is_cigar_valid=True)
     self.assertEquals([], clipper._filter_builder(transform))

コード例 #7

ファイル: clipper_test.py プロジェクト: Python3pkg/Katana

 def test_filter_builder_invalidCigar(self):
     transform = MicroMock(primer_pair=MockPrimerPair(is_unmatched=False),
                           is_unmapped=False,
                           is_cigar_valid=False)
     self.assertEquals(["INVALID_CIGAR"],
                       clipper._filter_builder(transform))

コード例 #8

ファイル: clipper_test.py プロジェクト: Python3pkg/Katana

 def test_filter_builder_unmappedAlignment(self):
     transform = MicroMock(primer_pair=MockPrimerPair(is_unmatched=False),
                           is_unmapped=True,
                           is_cigar_valid=True)
     self.assertEquals(["UNMAPPED_ALIGNMENT"],
                       clipper._filter_builder(transform))

コード例 #9

ファイル: clipper_test.py プロジェクト: Python3pkg/Katana

 def test_filter_builder_unmatchedPrimerPair(self):
     transform = MicroMock(primer_pair=MockPrimerPair(is_unmatched=True),
                           is_unmapped=False,
                           is_cigar_valid=True)
     self.assertEquals(["UNMATCHED_PRIMER_PAIR"],
                       clipper._filter_builder(transform))

コード例 #10

ファイル: clipper_test.py プロジェクト: Python3pkg/Katana

 def test_filter_builder_noFilters(self):
     transform = MicroMock(primer_pair=MockPrimerPair(is_unmatched=False),
                           is_unmapped=False,
                           is_cigar_valid=True)
     self.assertEquals([], clipper._filter_builder(transform))