Python OWLParserの例

コード例 #1

ファイル: testf.py プロジェクト: cmungall/tbn-go-python-lib

def main():
    print("Welcome:")
    p = OWLParser()
    mgr = p.parse("examples/mod.rdf")
    print(mgr)
    for i in mgr.all_individual():
        print("IND: {:s} '{:s}'".format(str(i), i.label("")))
        for f in i.facts_out():
            print("  FACT: {:s}".format(str(f)))

コード例 #2

ファイル: testf.py プロジェクト: cmungall/tbn-go-python-lib

def main():
    print("Welcome:")
    p = OWLParser()
    mgr = p.parse("examples/mod.rdf")
    print(mgr)
    for i in mgr.all_individual():
        print("IND: {:s} '{:s}'".format(str(i), i.label("")))
        for f in i.facts_out():
            print("  FACT: {:s}".format(str(f)))

コード例 #3

ファイル: test.py プロジェクト: cmungall/tbn-go-python-lib

def main():
    print("Welcome:")
    p = OWLParser()
    mgr = p.parse("examples/ceph.owl")
    mgr.load_prefix_map("examples/curies.yaml")
    print(mgr)
    for p in mgr.all_property():
        print("{:s} '{:s}' TR: '{:b}'".format(p.id, p.label, p.is_transitive))
    for c in mgr.all_cls():
        if not c.label:
            continue
        if c.definition:
            print("{:s} '{:s}' DEF: '{:s}'".format(c.id, c.label, c.definition))
        else:
            print("{:s} '{:s}'".format(c.id, c.label))
        for s in c.exactSynonyms:
            print("  AKA: {:s}".format(s))
        for s in c.superclasses():
            print("  SUPER: {:s} '{:s}'".format(s.id, s.label))
        for s in c.svf_superclasses(partOf):
            print("  PARTOF: {:s} '{:s}'".format(str(s), s.label))

コード例 #4

ファイル: test.py プロジェクト: cmungall/tbn-go-python-lib

def main():
    print("Welcome:")
    p = OWLParser()
    mgr = p.parse("examples/ceph.owl")
    mgr.load_prefix_map("examples/curies.yaml")
    print(mgr)
    for p in mgr.all_property():
        print("{:s} '{:s}' TR: '{:b}'".format(p.id, p.label, p.is_transitive))
    for c in mgr.all_cls():
        if not c.label:
            continue
        if c.definition:
            print("{:s} '{:s}' DEF: '{:s}'".format(c.id, c.label,
                                                   c.definition))
        else:
            print("{:s} '{:s}'".format(c.id, c.label))
        for s in c.exactSynonyms:
            print("  AKA: {:s}".format(s))
        for s in c.superclasses():
            print("  SUPER: {:s} '{:s}'".format(s.id, s.label))
        for s in c.svf_superclasses(partOf):
            print("  PARTOF: {:s} '{:s}'".format(str(s), s.label))

コード例 #5

ファイル: test_lego.py プロジェクト: cmungall/tbn-go-python-lib

 def setUp(self):
     p = OWLParser()
     self.manager = p.parse("examples/mod.rdf")
     self.manager.load_prefix_map("examples/curies.yaml")
     self.model = Model(self.manager)
     return

コード例 #6

 def setUp(self):
     p = OWLParser()
     self.manager = p.parse("examples/ceph.owl")
     self.manager.load_prefix_map("examples/curies.yaml")
     logger.info("LOADED")
     return

コード例 #7

ファイル: test_reasoner.py プロジェクト: cmungall/tbn-go-python-lib

 def setUp(self):
     p = OWLParser()
     self.manager = p.parse("examples/ceph.owl")
     self.manager.load_prefix_map("examples/curies.yaml")
     logger.info("LOADED")
     return

コード例 #8

ファイル: run-lego.py プロジェクト: cmungall/tbn-go-python-lib

import unittest

from legolib.rdf.OWLParser import OWLParser

import rdflib
from rdflib import Namespace
from rdflib.namespace import RDF
from rdflib.namespace import SKOS

RO = Namespace('http://purl.obolibrary.org/obo/RO_')
BFO = Namespace('http://purl.obolibrary.org/obo/BFO_')
OBO = Namespace('http://purl.obolibrary.org/obo/')

partOf = OBO.BFO_0000050

owlparser = OWLParser()

def main():

    parser = argparse.ArgumentParser(description='Lego'
                                                 'Client lib for Lego',
                                     formatter_class=argparse.RawTextHelpFormatter)

    parser.add_argument('-t', '--to', type=str, required=False,
                        help='Renderer')
    parser.add_argument('-p', '--prefixes', type=str, required=False,
                        help='Prefix map file')


    subparsers = parser.add_subparsers(dest='subcommand', help='sub-command help')