コード例 #1
0
def get_transcript_dict(gp_path):
    """
    Loads the reference genePred as Transcript objects
    """
    transcripts = seq_lib.get_gene_pred_transcripts(gp_path)
    transcript_dict = seq_lib.transcript_list_to_dict(transcripts)
    return transcript_dict
コード例 #2
0
 def getAnnotationDict(self):
     self.annotations = seq_lib.get_gene_pred_transcripts(self.annotationGp)
     self.annotationDict = seq_lib.transcript_list_to_dict(
         self.annotations, noDuplicates=True)
コード例 #3
0
 def getTranscriptDict(self):
     self.transcripts = seq_lib.get_gene_pred_transcripts(self.targetGp)
     self.transcriptDict = seq_lib.transcript_list_to_dict(
         self.transcripts, noDuplicates=True)
コード例 #4
0
 def getAugustusTranscriptDict(self):
     self.augustusTranscripts = seq_lib.get_gene_pred_transcripts(
         self.augustusGp)
     self.augustusTranscriptDict = seq_lib.transcript_list_to_dict(
         self.augustusTranscripts, noDuplicates=True)
コード例 #5
0
 def getAugustusTranscriptDict(self):
     self.augustusTranscripts = seq_lib.get_gene_pred_transcripts(self.augustusGp)
     self.augustusTranscriptDict = seq_lib.transcript_list_to_dict(self.augustusTranscripts, noDuplicates=True)
コード例 #6
0
 def getAnnotationDict(self):
     self.annotations = seq_lib.get_gene_pred_transcripts(self.annotationGp)
     self.annotationDict = seq_lib.transcript_list_to_dict(self.annotations, noDuplicates=True)
コード例 #7
0
 def getTranscriptDict(self):
     self.transcripts = seq_lib.get_gene_pred_transcripts(self.targetGp)
     self.transcriptDict = seq_lib.transcript_list_to_dict(self.transcripts, noDuplicates=True)