Python get_aligner_versionの例

コード例 #1

ファイル: test_align.py プロジェクト: shenjia1/mavis

 def test_get_bwa_0_7_12(self):
     content = "\nProgram: bwa (alignment via Burrows-Wheeler transformation)\nVersion: 0.7.12-r1039"
     with mock.patch('subprocess.getoutput',
                     mock.Mock(return_value=content)):
         self.assertEqual(
             '0.7.12-r1039',
             align.get_aligner_version(align.SUPPORTED_ALIGNER.BWA_MEM))

コード例 #2

ファイル: test_align.py プロジェクト: shenjia1/mavis

 def test_get_blat_36x2(self):
     content = 'blat - Standalone BLAT v. 36x2 fast sequence search command line tool\n'
     with mock.patch('subprocess.getoutput',
                     mock.Mock(return_value=content)):
         self.assertEqual(
             '36x2',
             align.get_aligner_version(align.SUPPORTED_ALIGNER.BLAT))

コード例 #3

ファイル: test_align.py プロジェクト: bcgsc/mavis

 def test_get_bwa_0_7_15(self):
     content = (
         "\nProgram: bwa (alignment via Burrows-Wheeler transformation)\nVersion: 0.7.15-r1140"
     )
     with mock.patch('subprocess.getoutput', mock.Mock(return_value=content)):
         assert align.get_aligner_version(align.SUPPORTED_ALIGNER.BWA_MEM) == '0.7.15-r1140'

コード例 #4

ファイル: test_align.py プロジェクト: bcgsc/mavis

 def test_get_blat_36(self):
     content = "blat - Standalone BLAT v. 36 fast sequence search command line tool"
     with mock.patch('subprocess.getoutput', mock.Mock(return_value=content)):
         assert align.get_aligner_version(align.SUPPORTED_ALIGNER.BLAT) == '36'