def test_SegStats_outputs(): output_map = dict(sf_avg_file=dict(), avgwf_txt_file=dict(), summary_file=dict(), avgwf_file=dict(), ) outputs = SegStats.output_spec() for key, metadata in output_map.items(): for metakey, value in metadata.items(): yield assert_equal, getattr(outputs.traits()[key], metakey), value
def test_SegStats_outputs(): output_map = dict(avgwf_file=dict(), avgwf_txt_file=dict(), sf_avg_file=dict(), summary_file=dict(), ) outputs = SegStats.output_spec() for key, metadata in output_map.items(): for metakey, value in metadata.items(): yield assert_equal, getattr(outputs.traits()[key], metakey), value
def test_SegStats_inputs(): input_map = dict(exclude_ctx_gm_wm=dict(argstr='--excl-ctxgmwm', ), calc_snr=dict(argstr='--snr', ), frame=dict(argstr='--frame %d', ), cortex_vol_from_surf=dict(argstr='--surf-ctx-vol', ), sf_avg_file=dict(argstr='--sfavg %s', ), etiv=dict(argstr='--etiv', ), exclude_id=dict(argstr='--excludeid %d', ), etiv_only=dict(), avgwf_txt_file=dict(argstr='--avgwf %s', ), default_color_table=dict(xor=('color_table_file', 'default_color_table', 'gca_color_table'), argstr='--ctab-default', ), mask_erode=dict(argstr='--maskerode %d', ), brain_vol=dict(), in_file=dict(argstr='--i %s', ), gca_color_table=dict(xor=('color_table_file', 'default_color_table', 'gca_color_table'), argstr='--ctab-gca %s', ), partial_volume_file=dict(argstr='--pv %f', ), color_table_file=dict(xor=('color_table_file', 'default_color_table', 'gca_color_table'), argstr='--ctab %s', ), ignore_exception=dict(nohash=True, usedefault=True, ), surf_label=dict(mandatory=True, xor=('segmentation_file', 'annot', 'surf_label'), argstr='--slabel %s %s %s', ), segmentation_file=dict(xor=('segmentation_file', 'annot', 'surf_label'), mandatory=True, argstr='--seg %s', ), args=dict(argstr='%s', ), avgwf_file=dict(argstr='--avgwfvol %s', ), terminal_output=dict(mandatory=True, nohash=True, ), subjects_dir=dict(), multiply=dict(argstr='--mul %f', ), mask_invert=dict(argstr='--maskinvert', ), mask_sign=dict(), non_empty_only=dict(argstr='--nonempty', ), calc_power=dict(argstr='--%s', ), mask_frame=dict(requires=['mask_file'], ), segment_id=dict(argstr='--id %s...', ), annot=dict(mandatory=True, xor=('segmentation_file', 'annot', 'surf_label'), argstr='--annot %s %s %s', ), wm_vol_from_surf=dict(argstr='--surf-wm-vol', ), environ=dict(nohash=True, usedefault=True, ), mask_thresh=dict(argstr='--maskthresh %f', ), mask_file=dict(argstr='--mask %s', ), vox=dict(argstr='--vox %s', ), summary_file=dict(argstr='--sum %s', genfile=True, ), ) inputs = SegStats.input_spec() for key, metadata in input_map.items(): for metakey, value in metadata.items(): yield assert_equal, getattr(inputs.traits()[key], metakey), value
def test_SegStats_inputs(): input_map = dict(annot=dict(argstr='--annot %s %s %s', mandatory=True, xor=('segmentation_file', 'annot', 'surf_label'), ), args=dict(argstr='%s', ), avgwf_file=dict(argstr='--avgwfvol %s', ), avgwf_txt_file=dict(argstr='--avgwf %s', ), brain_vol=dict(), calc_power=dict(argstr='--%s', ), calc_snr=dict(argstr='--snr', ), color_table_file=dict(argstr='--ctab %s', xor=('color_table_file', 'default_color_table', 'gca_color_table'), ), cortex_vol_from_surf=dict(argstr='--surf-ctx-vol', ), default_color_table=dict(argstr='--ctab-default', xor=('color_table_file', 'default_color_table', 'gca_color_table'), ), environ=dict(nohash=True, usedefault=True, ), etiv=dict(argstr='--etiv', ), etiv_only=dict(), exclude_ctx_gm_wm=dict(argstr='--excl-ctxgmwm', ), exclude_id=dict(argstr='--excludeid %d', ), frame=dict(argstr='--frame %d', ), gca_color_table=dict(argstr='--ctab-gca %s', xor=('color_table_file', 'default_color_table', 'gca_color_table'), ), ignore_exception=dict(nohash=True, usedefault=True, ), in_file=dict(argstr='--i %s', ), mask_erode=dict(argstr='--maskerode %d', ), mask_file=dict(argstr='--mask %s', ), mask_frame=dict(requires=['mask_file'], ), mask_invert=dict(argstr='--maskinvert', ), mask_sign=dict(), mask_thresh=dict(argstr='--maskthresh %f', ), multiply=dict(argstr='--mul %f', ), non_empty_only=dict(argstr='--nonempty', ), partial_volume_file=dict(argstr='--pv %f', ), segment_id=dict(argstr='--id %s...', ), segmentation_file=dict(argstr='--seg %s', mandatory=True, xor=('segmentation_file', 'annot', 'surf_label'), ), sf_avg_file=dict(argstr='--sfavg %s', ), subjects_dir=dict(), summary_file=dict(argstr='--sum %s', genfile=True, ), surf_label=dict(argstr='--slabel %s %s %s', mandatory=True, xor=('segmentation_file', 'annot', 'surf_label'), ), terminal_output=dict(mandatory=True, nohash=True, ), vox=dict(argstr='--vox %s', ), wm_vol_from_surf=dict(argstr='--surf-wm-vol', ), ) inputs = SegStats.input_spec() for key, metadata in input_map.items(): for metakey, value in metadata.items(): yield assert_equal, getattr(inputs.traits()[key], metakey), value