def test_SegStats_outputs():
output_map = dict(sf_avg_file=dict(),
avgwf_txt_file=dict(),
summary_file=dict(),
avgwf_file=dict(),
)
outputs = SegStats.output_spec()
for key, metadata in output_map.items():
for metakey, value in metadata.items():
yield assert_equal, getattr(outputs.traits()[key], metakey), value
def test_SegStats_outputs():
output_map = dict(avgwf_file=dict(),
avgwf_txt_file=dict(),
sf_avg_file=dict(),
summary_file=dict(),
)
outputs = SegStats.output_spec()
for key, metadata in output_map.items():
for metakey, value in metadata.items():
yield assert_equal, getattr(outputs.traits()[key], metakey), value
def test_SegStats_inputs():
input_map = dict(exclude_ctx_gm_wm=dict(argstr='--excl-ctxgmwm',
),
calc_snr=dict(argstr='--snr',
),
frame=dict(argstr='--frame %d',
),
cortex_vol_from_surf=dict(argstr='--surf-ctx-vol',
),
sf_avg_file=dict(argstr='--sfavg %s',
),
etiv=dict(argstr='--etiv',
),
exclude_id=dict(argstr='--excludeid %d',
),
etiv_only=dict(),
avgwf_txt_file=dict(argstr='--avgwf %s',
),
default_color_table=dict(xor=('color_table_file', 'default_color_table', 'gca_color_table'),
argstr='--ctab-default',
),
mask_erode=dict(argstr='--maskerode %d',
),
brain_vol=dict(),
in_file=dict(argstr='--i %s',
),
gca_color_table=dict(xor=('color_table_file', 'default_color_table', 'gca_color_table'),
argstr='--ctab-gca %s',
),
partial_volume_file=dict(argstr='--pv %f',
),
color_table_file=dict(xor=('color_table_file', 'default_color_table', 'gca_color_table'),
argstr='--ctab %s',
),
ignore_exception=dict(nohash=True,
usedefault=True,
),
surf_label=dict(mandatory=True,
xor=('segmentation_file', 'annot', 'surf_label'),
argstr='--slabel %s %s %s',
),
segmentation_file=dict(xor=('segmentation_file', 'annot', 'surf_label'),
mandatory=True,
argstr='--seg %s',
),
args=dict(argstr='%s',
),
avgwf_file=dict(argstr='--avgwfvol %s',
),
terminal_output=dict(mandatory=True,
nohash=True,
),
subjects_dir=dict(),
multiply=dict(argstr='--mul %f',
),
mask_invert=dict(argstr='--maskinvert',
),
mask_sign=dict(),
non_empty_only=dict(argstr='--nonempty',
),
calc_power=dict(argstr='--%s',
),
mask_frame=dict(requires=['mask_file'],
),
segment_id=dict(argstr='--id %s...',
),
annot=dict(mandatory=True,
xor=('segmentation_file', 'annot', 'surf_label'),
argstr='--annot %s %s %s',
),
wm_vol_from_surf=dict(argstr='--surf-wm-vol',
),
environ=dict(nohash=True,
usedefault=True,
),
mask_thresh=dict(argstr='--maskthresh %f',
),
mask_file=dict(argstr='--mask %s',
),
vox=dict(argstr='--vox %s',
),
summary_file=dict(argstr='--sum %s',
genfile=True,
),
)
inputs = SegStats.input_spec()
for key, metadata in input_map.items():
for metakey, value in metadata.items():
yield assert_equal, getattr(inputs.traits()[key], metakey), value
def test_SegStats_inputs():
input_map = dict(annot=dict(argstr='--annot %s %s %s',
mandatory=True,
xor=('segmentation_file', 'annot', 'surf_label'),
),
args=dict(argstr='%s',
),
avgwf_file=dict(argstr='--avgwfvol %s',
),
avgwf_txt_file=dict(argstr='--avgwf %s',
),
brain_vol=dict(),
calc_power=dict(argstr='--%s',
),
calc_snr=dict(argstr='--snr',
),
color_table_file=dict(argstr='--ctab %s',
xor=('color_table_file', 'default_color_table', 'gca_color_table'),
),
cortex_vol_from_surf=dict(argstr='--surf-ctx-vol',
),
default_color_table=dict(argstr='--ctab-default',
xor=('color_table_file', 'default_color_table', 'gca_color_table'),
),
environ=dict(nohash=True,
usedefault=True,
),
etiv=dict(argstr='--etiv',
),
etiv_only=dict(),
exclude_ctx_gm_wm=dict(argstr='--excl-ctxgmwm',
),
exclude_id=dict(argstr='--excludeid %d',
),
frame=dict(argstr='--frame %d',
),
gca_color_table=dict(argstr='--ctab-gca %s',
xor=('color_table_file', 'default_color_table', 'gca_color_table'),
),
ignore_exception=dict(nohash=True,
usedefault=True,
),
in_file=dict(argstr='--i %s',
),
mask_erode=dict(argstr='--maskerode %d',
),
mask_file=dict(argstr='--mask %s',
),
mask_frame=dict(requires=['mask_file'],
),
mask_invert=dict(argstr='--maskinvert',
),
mask_sign=dict(),
mask_thresh=dict(argstr='--maskthresh %f',
),
multiply=dict(argstr='--mul %f',
),
non_empty_only=dict(argstr='--nonempty',
),
partial_volume_file=dict(argstr='--pv %f',
),
segment_id=dict(argstr='--id %s...',
),
segmentation_file=dict(argstr='--seg %s',
mandatory=True,
xor=('segmentation_file', 'annot', 'surf_label'),
),
sf_avg_file=dict(argstr='--sfavg %s',
),
subjects_dir=dict(),
summary_file=dict(argstr='--sum %s',
genfile=True,
),
surf_label=dict(argstr='--slabel %s %s %s',
mandatory=True,
xor=('segmentation_file', 'annot', 'surf_label'),
),
terminal_output=dict(mandatory=True,
nohash=True,
),
vox=dict(argstr='--vox %s',
),
wm_vol_from_surf=dict(argstr='--surf-wm-vol',
),
)
inputs = SegStats.input_spec()
for key, metadata in input_map.items():
for metakey, value in metadata.items():
yield assert_equal, getattr(inputs.traits()[key], metakey), value
