Python put_in_boxの例

コード例 #1

ファイル: _otp_bulk.py プロジェクト: spraharsh/pele

 def draw(self, rbcoords, index):
     from pele.systems._opengl_tools import draw_box
     from pele.systems.morse_bulk import put_in_box
     cc = self.aatopology.coords_adapter(rbcoords)
     put_in_box(cc.posRigid, self.boxvec)
     super(OTPBulk, self).draw(rbcoords, index, shift_com=False)
     draw_box(self.boxvec)

コード例 #2

ファイル: _otp_bulk.py プロジェクト: Mahdisadjadi/pele

 def draw(self, rbcoords, index):
     from pele.systems._opengl_tools import draw_box
     from pele.systems.morse_bulk import put_in_box
     cc = self.aatopology.coords_adapter(rbcoords)
     put_in_box(cc.posRigid, self.boxvec)
     super(OTPBulk, self).draw(rbcoords, index, shift_com=False)
     draw_box(self.boxvec)

コード例 #3

ファイル: soft_sphere_bulk.py プロジェクト: yangxi1209/pele

 def draw(self, coordslinear, index):
     from pele.systems._opengl_tools import draw_atomic_binary_polydisperse, draw_box
     put_in_box(coordslinear, self.boxvec)
     draw_atomic_binary_polydisperse(coordslinear,
                                     index,
                                     bdim=self.boxvec.size,
                                     radii=self.radii)
     draw_box(self.boxvec)

コード例 #4

ファイル: blj_bulk_frozen.py プロジェクト: pele-python/pele

    def draw(self, coordslinear, index):
        """draw the frozen atoms differently from the mobile atoms"""
        from ._opengl_tools import draw_atoms, draw_box

        full_coords = self.coords_converter.get_full_coords(coordslinear)
        put_in_box(full_coords, self.boxvec)
        
        rA = 0.5
        rB = 0.44
        
        # draw A atoms
        if index == 1:
            cA = [0.65, 0.0, 0.0, 1.]
            cB = [0.25, 0.00, 0., 1.]
            cF = [0.24, 0.25, 0.25, 1.]
        else:
            cA = cB = cF = [0.00, 0.65, 0., 1.]
        draw_atoms(full_coords, self.mobile_Aatoms, radius=rA, color=cA)
        draw_atoms(full_coords, self.frozen_Aatoms, radius=rA, color=cF)
        draw_atoms(full_coords, self.mobile_Batoms, radius=rB, color=cB)
        draw_atoms(full_coords, self.frozen_Batoms, radius=rB, color=cF)
        
        draw_box(self.boxvec)

コード例 #5

ファイル: blj_bulk_frozen.py プロジェクト: spraharsh/pele

    def draw(self, coordslinear, index):
        """draw the frozen atoms differently from the mobile atoms"""
        from ._opengl_tools import draw_atoms, draw_box

        full_coords = self.coords_converter.get_full_coords(coordslinear)
        put_in_box(full_coords, self.boxvec)

        rA = 0.5
        rB = 0.44

        # draw A atoms
        if index == 1:
            cA = [0.65, 0.0, 0.0, 1.]
            cB = [0.25, 0.00, 0., 1.]
            cF = [0.24, 0.25, 0.25, 1.]
        else:
            cA = cB = cF = [0.00, 0.65, 0., 1.]
        draw_atoms(full_coords, self.mobile_Aatoms, radius=rA, color=cA)
        draw_atoms(full_coords, self.frozen_Aatoms, radius=rA, color=cF)
        draw_atoms(full_coords, self.mobile_Batoms, radius=rB, color=cB)
        draw_atoms(full_coords, self.frozen_Batoms, radius=rB, color=cF)

        draw_box(self.boxvec)

コード例 #6

ファイル: blj_bulk.py プロジェクト: Mahdisadjadi/pele

 def draw(self, coordslinear, index):
     from pele.systems._opengl_tools import draw_box
     put_in_box(coordslinear, self.boxvec)
     BLJCluster.draw(self, coordslinear, index, subtract_com=False)
     draw_box(self.boxvec)

コード例 #7

ファイル: soft_sphere_bulk.py プロジェクト: Mahdisadjadi/pele

 def draw(self, coordslinear, index):
     from pele.systems._opengl_tools import draw_atomic_binary_polydisperse, draw_box
     put_in_box(coordslinear, self.boxvec)
     draw_atomic_binary_polydisperse(coordslinear, index, bdim=self.boxvec.size, radii=self.radii)
     draw_box(self.boxvec)

コード例 #8

 def draw(self, coordslinear, index):
     from pele.systems._opengl_tools import draw_box
     put_in_box(coordslinear, self.boxvec)
     BLJCluster.draw(self, coordslinear, index, subtract_com=False)
     draw_box(self.boxvec)