コード例 #1
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ファイル: Markov.py プロジェクト: airanmehr/bio
 def computeTransition(s, N, h=0.5, takeLog=False,nu0_N=None):
     if nu0_N is None:nu0=np.arange(2*N+1)/float(2*N)
     else: nu0=np.arange(2*nu0_N+1)/float(2*nu0_N)
     nu_t = map(lambda x: max(min(utl.fx(x, s, h=h), 1.), 0.), nu0)
     if takeLog:
         # T=pd.DataFrame(computeLogTransition(nu_t,N),index=nu0,columns=nu0) figure out normilzartion
         pass
     else:
         T=pd.DataFrame(computeTransition(nu_t,N),index=nu0,columns=nu0)
         if not nu0_N is None:
             T=T/T.sum(1)
     return T