Python GeminiPlugin.dbの例

コード例 #1

ファイル: test_init.py プロジェクト: dnil/puzzle

def test_check_gemini_db(gemini_path, vcf_file):
    adapter = GeminiPlugin()
    adapter.db = gemini_path
    assert adapter.test_gemini_db()

    adapter.db = vcf_file
    with pytest.raises(DatabaseError):
        adapter.test_gemini_db()

コード例 #2

ファイル: test_gemini_init.py プロジェクト: stjmonde/puzzle-2

def test_check_gemini_db(gemini_path, vcf_file):
    adapter = GeminiPlugin()
    adapter.db = gemini_path
    assert adapter.test_gemini_db()
    
    adapter.db = vcf_file
    with pytest.raises(DatabaseError):
        adapter.test_gemini_db()

コード例 #3

ファイル: test_gemini_variant_extras.py プロジェクト: J35P312/puzzle

    def test_add_transcripts(self, gemini_case_obj, variant):
        adapter = GeminiPlugin()
        adapter.add_case(gemini_case_obj)
        adapter.db = gemini_case_obj.variant_source
    
        gemini_variant = {'variant_id': 1}
        adapter._add_transcripts(variant, gemini_variant)
        
        transcripts = variant.transcripts
        
        assert len(transcripts) == 2

        first_transcript = transcripts[0]

        assert first_transcript.transcript_id == 'ENST00000370383'
        assert first_transcript.hgnc_symbol == 'EPHX4'
        assert first_transcript.consequence == 'missense_variant'
        assert first_transcript.ensembl_id == None
        assert first_transcript.biotype == 'protein_coding'
        assert first_transcript.sift == 'deleterious'
        assert first_transcript.polyphen == 'probably_damaging'

コード例 #4

ファイル: test_gemini_variant_extras.py プロジェクト: stjmonde/puzzle-2

    def test_add_transcripts(self, gemini_case_obj, variant):
        adapter = GeminiPlugin()
        adapter.add_case(gemini_case_obj)
        adapter.db = gemini_case_obj.variant_source

        gemini_variant = {'variant_id': 1}
        adapter._add_transcripts(variant, gemini_variant)

        transcripts = variant.transcripts

        assert len(transcripts) == 2

        first_transcript = transcripts[0]

        assert first_transcript.transcript_id == 'ENST00000370383'
        assert first_transcript.hgnc_symbol == 'EPHX4'
        assert first_transcript.consequence == 'missense_variant'
        assert first_transcript.ensembl_id == None
        assert first_transcript.biotype == 'protein_coding'
        assert first_transcript.sift == 'deleterious'
        assert first_transcript.polyphen == 'probably_damaging'