Python assert_flagsの例

コード例 #1

ファイル: __init__.py プロジェクト: TuftsBCB/pybcb

def mk_bowdb_pdbs(name, pdb_files):
    flags.assert_flags('frag-lib')
    bowdb = ejoin(name)

    cached_cmd([bowdb],
        'flib', 'mk-bowdb', '--overwrite', '--cpu', str(flags.config.cpu),
        bowdb, flags.config.frag_lib, *pdb_files)

コード例 #2

ファイル: __init__.py プロジェクト: TuftsBCB/pybcb

def mk_bowdb(name, protein_files):
    flags.assert_flags('frag-lib', 'seq-hhm-db', 'pdb-hhm-db',
                       'hhfrag-inc', 'hhfrag-min', 'hhfrag-max', 'blits')

    bowdb = ejoin(name)

    args = [
       'flib',
       'mk-bowdb',
       '--overwrite', # let the `cached_cmd` work out the deets
       '--cpu', str(flags.config.cpu),
       bowdb,
       flags.config.frag_lib,
    ]
    args += protein_files

    cached_cmd([bowdb], *args)

コード例 #3

ファイル: __init__.py プロジェクト: TuftsBCB/pybcb

def mk_bowdb(name, protein_files):
    flags.assert_flags('frag-lib', 'seq-hhm-db', 'pdb-hhm-db', 'hhfrag-inc',
                       'hhfrag-min', 'hhfrag-max', 'blits')

    bowdb = ejoin(name)

    args = [
        'flib',
        'mk-bowdb',
        '--overwrite',  # let the `cached_cmd` work out the deets
        '--cpu',
        str(flags.config.cpu),
        bowdb,
        flags.config.frag_lib,
    ]
    args += protein_files

    cached_cmd([bowdb], *args)

コード例 #4

ファイル: __init__.py プロジェクト: TuftsBCB/pybcb

def mk_bowdb_pdbs(name, pdb_files):
    flags.assert_flags('frag-lib')
    bowdb = ejoin(name)

    cached_cmd([bowdb], 'flib', 'mk-bowdb', '--overwrite', '--cpu',
               str(flags.config.cpu), bowdb, flags.config.frag_lib, *pdb_files)